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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线

求助关于简并引物设计的问题，希望各位大虾帮忙

   本人做的是漆酶基因多样性的东西，这是dnaman中比对的ncbi 下载的序列，有四个部分出现的保守区域还是不少，命名为1 2 3 4，放到codehop中之后要自己肉眼判断保守区域的那一段 然后手动设计引物么？？学环境的 好多东西实在是不懂~~ 希望大家不吝赐教啊~

[ Last edited by 忧游鸟 on 2011-3-31 at 20:28 ]
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1楼 2011-03-24 20:20:36
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csdyg

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+5): 鼓励 2011-03-28 10:36:11
楼主可以依照codehop的引物设计理念，查找到相应的保守区后，在保守区周围设计引物。

找到你实验用的物种的密码子偏好性表，然后对应保守序列中的每个氨基酸残基给出相应的编码三联密码子。对于保守区内存在两个或多个不同氨基酸残基的位点，分别找出各氨基酸残基的编码密码子，在这些位点上设计简并碱基。一般说来，在进化过程中，即便是氨基酸序列发生改变，也极有可能是因为三位密码子的其中一位突变引起，所以其他两位点均可能为保守。

引物近5’端序列尽量依照密码子偏好性找到最大可能的编码密码子，尽可能不涉及简并碱基，并且5‘端要稍长。3’端序列可以加入3、4个简并碱基，但是要注意的是，3’端最后两位需按照密码子偏好性找到编码序列的前两位，也就是说确定最后两个碱基的正确性。

在数据库中查找相应比对序列时，尽量找亲缘相近物种。

我们可以共同讨论，codehop我是两年前用过设计了不少简并引物，效果都不错。当时查找资料很困难，用这个软件设计引物的不多，而且都没有详细介绍。有时间可以考虑写点这个软件的应用，以抛砖引玉。

楼主用好了也可以分享经验。我都快忘光了，刚才拿出来试了一下，手生了很多。

楼上不知道是不是没找到正确的软件地址，我给你一个在线的，掌握了基本设计理念之后，上手还是蛮快的，个人感觉。
https://icodehop.cphi.washington.edu/i-codehop-context/Welcome

[ Last edited by csdyg on 2011-3-27 at 09:59 ]
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6楼2011-03-27 09:58:22
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csdyg

木虫 (正式写手)
★
1949stone(金币+1): 呵呵 不错 2011-03-28 10:35:47
我有一些这方面的经验，codehop用了几次，还不错，这会没时间，等我下了班回去再给你说，或者你能详细说你一下你的情况

[ Last edited by csdyg on 2011-3-26 at 19:09 ]
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2楼2011-03-26 01:13:29
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csdyg

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
dhd997(金币+3): 很热心，在这里讨论不方便吗？ 2011-03-26 08:49:06
忧游鸟(金币+20): 2011-03-26 11:06:43
在CODEHOP里粘贴进你要比对的序列，生成比对结果之后，用引物设计，软件会自动在保守区序列上生成引物。

但是生成的引物效率并不一定很高，根据我的经验，你最好人工检查，然后根据codehop的基本设计原则自己设计引物
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3楼2011-03-26 05:11:41
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by csdyg at 2011-03-26 05:11:41:
在CODEHOP里粘贴进你要比对的序列，生成比对结果之后，用引物设计，软件会自动在保守区序列上生成引物。

但是生成的引物效率并不一定很高，根据我的经验，你最好人工检查，然后根据codehop的基本设计原则自己设 ...

是的 就是放进去比对了之后又很多什么block unknown A B C D E  之类的了 然后分值都是六十多 最后还是要根据自己的保守区域来选取么  需要反过来查找相应的碱基序列来选择密码子的偏好性的碱基么
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4楼2011-03-26 11:19:22
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