| 查看: 2524 | 回复: 12 | |||
[交流]
【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线
|
求助关于简并引物设计的问题，希望各位大虾帮忙 本人做的是漆酶基因多样性的东西，这是dnaman中比对的ncbi 下载的序列，有四个部分出现的保守区域还是不少，命名为1 2 3 4，放到codehop中之后要自己肉眼判断保守区域的那一段 然后手动设计引物么？？学环境的 好多东西实在是不懂~~ 希望大家不吝赐教啊~ [ Last edited by 忧游鸟 on 2011-3-31 at 20:28 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
三氯氧磷跟酚
已经有1人回复
-
关于举办2024年化工制药与材料类优秀大学生暑期夏令营的通知
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有199人回复
-
M9培养基浑浊
已经有1人回复
-
面上评审意见-帮忙看一下等级（没上会）
已经有80人回复
-
目的基因序列中有多个引物插入
已经有1人回复
-
链霉亲和素磁珠偶联biotin修饰分子好还是点击反应偶联分子好？
已经有0人回复
-
磁珠法纯化蛋白相比层析柱有什么优势？
已经有3人回复
-
磁固相萃取在药物分析中有潜在应用价值吗？
已经有0人回复
-
关于为什么要在生物传感形成图案的原因求助
已经有0人回复
-
华东理工大学化工学院胡静课题组招博士生和博士后。欢迎有志科研青年加入！
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助：帮忙设计引物
已经有6人回复
- 求助，紧急求助。。。。。
已经有8人回复
- 实例图解简并引物设计（By Raindy）
已经有517人回复
- 如何利用co1基因对物种进行分类？不同物种有不同co1的引物吗？
已经有4人回复
- 求助，CODEHOP 设计的简并引物结果怎么选取~
已经有7人回复
- 请问这样的简并引物是什么意思？
已经有10人回复
- 引物设计区域选择问题
已经有7人回复
- 哪些公司能免费设计引物？求各位虫虫给予指导
已经有12人回复
- 关于引物设计的问题
已经有5人回复
- 紧急求助：关于Video conference
已经有7人回复
- Gene H. Golub, Charles F. Van Loan 经典著作 Matrix Computation 电子书 【转载】
已经有26人回复
- 请帮我看一下我设计的简并引物
已经有30人回复
- 引物设计的问题
已经有6人回复
- 关于引物设计的
已经有12人回复
- 自设简并引物几对，请高手帮检查下~~~
已经有18人回复
- EQCM使用求助 紧急求助 在线等
已经有11人回复
- 【求助/交流】设计的简并引物扩不出目的条带，求助
已经有18人回复
- 【求助/交流】引物设计的 序列选择问题
已经有9人回复
- 【求助/交流】急求！我应该选什么引物去P？？？？？
已经有13人回复
- 【求助/交流】求助SSR引物开发方法
已经有6人回复
- 【求助/交流】求助：关于做过量表达的基因的引物设计！
已经有4人回复
- 【求助/交流】codehop设计的引物怎么修改？
已经有9人回复
- 急求：构建载体时引物设计的问题
已经有7人回复
- 关于单引物验证..
已经有5人回复
- 引物设计求助~
已经有13人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
2024年资源区版主交流帖
+2/516
-
关于虫友“三分糖的柠檬”错误举报的声明后续进展，有些事情道歉解决不了
+1/227
-
湖北民族大学招聘光电信息科学与工程专业教师
+1/180
-
湖州第一人民医院/湖州师范学院医学院招聘合作博士后，助理研究员等优秀人才（全职）
+1/83
-
湖州第一人民医院/湖州师范学院医学院招聘合作博士后，助理研究员等优秀人才（全职）
+1/82
-
深圳技术大学未来技术学院刘清侠院士课题组招聘科研助理
+2/40
-
Texas Tech University HSC 诚聘生物信息学、计算基因组学数据分析软件开发博士后数名
+1/19
-
山东大学集成电路学院柔性电子方向博士后招聘
+1/16
-
坐标北京及京津冀附近，真诚征女友
+1/10
-
香港大学化学系李瑛课题组招收博士后(有RNA研究背景者优先)
+1/10
-
ISO 22744-1 中的Tetra-n-ethyltin（CAS NO.597–64–8）是否需要假阳性确认
+1/8
-
导师招生
+1/7
-
关于微量稀释法做关于幽门螺杆菌的药敏实验
+1/5
-
常年招收以色列理工学院全额奖学金硕士研究生Full-scholarship MSc Students
+1/5
-
N-甲基哌嗪核磁谱图分析求助
+1/4
-
【诚聘博后】金属结构材料、高熵合金方向 | 大湾区大学（筹）物质科学学院何海燕课题�
+1/2
-
核心期刊哪个阶段最难
+1/2
-
港科大&香港科学园 招募大模型AI agent和人机交互HCI方向 科研/研发助理
+1/2
-
中国科学技术大学国家级青年人才招聘材料方向博士/博士后/特聘副研究员
+1/1
-
XPS无法手动寻峰
+1/1
+2/516
2楼2011-03-26 01:13:29
3楼2011-03-26 05:11:41
4楼2011-03-26 11:19:22
5楼2011-03-26 17:58:43
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+5): 鼓励 2011-03-28 10:36:11
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+5): 鼓励 2011-03-28 10:36:11
|
楼主可以依照codehop的引物设计理念，查找到相应的保守区后，在保守区周围设计引物。 找到你实验用的物种的密码子偏好性表，然后对应保守序列中的每个氨基酸残基给出相应的编码三联密码子。对于保守区内存在两个或多个不同氨基酸残基的位点，分别找出各氨基酸残基的编码密码子，在这些位点上设计简并碱基。一般说来，在进化过程中，即便是氨基酸序列发生改变，也极有可能是因为三位密码子的其中一位突变引起，所以其他两位点均可能为保守。 引物近5’端序列尽量依照密码子偏好性找到最大可能的编码密码子，尽可能不涉及简并碱基，并且5‘端要稍长。3’端序列可以加入3、4个简并碱基，但是要注意的是，3’端最后两位需按照密码子偏好性找到编码序列的前两位，也就是说确定最后两个碱基的正确性。 在数据库中查找相应比对序列时，尽量找亲缘相近物种。 我们可以共同讨论，codehop我是两年前用过设计了不少简并引物，效果都不错。当时查找资料很困难，用这个软件设计引物的不多，而且都没有详细介绍。有时间可以考虑写点这个软件的应用，以抛砖引玉。 楼主用好了也可以分享经验。我都快忘光了，刚才拿出来试了一下，手生了很多。 楼上不知道是不是没找到正确的软件地址，我给你一个在线的，掌握了基本设计理念之后，上手还是蛮快的，个人感觉。 https://icodehop.cphi.washington.edu/i-codehop-context/Welcome [ Last edited by csdyg on 2011-3-27 at 09:59 ] |
6楼2011-03-27 09:58:22
谢谢，地址找到了，试了试，用着还不行，就想学学这个怎么用，我再摸索摸索7楼2011-03-27 20:44:03
★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5): 热心 2011-03-29 08:42:11
dhd997(金币+5): 热心 2011-03-29 08:42:11
|
可以去看看这个帖子，我刚发上，有关CODEHOP http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3011161&fpage=1 |
8楼2011-03-28 16:31:05
9楼2011-03-28 20:48:04
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+6): good 2011-03-29 08:42:31
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+6): good 2011-03-29 08:42:31
|
你好，如果你确定每次扩增中使用的模板来自单一物种，那最好是分别设计引物针对不同物种进行扩增。 如果你使用的模板是从多物种环境样品中提取出来的，那就不好说了，比较有难度对照不同物种的密码子偏好。不过楼主不用太担心这一问题，因为绝大部分情况下编码同一氨基酸的密码子前两位是固定的，即使偏好性不同也只是在第3位上发生了改变。这样的情况下，只在第三位上进行简并，简并碱基尽量降低简并度，尽量少使用N\D\V\B等高简并度的设计，这需要你在核苷酸序列比对时多做工作，弄清进化过程中同一氨基酸的编码子的保守性。 |
10楼2011-03-28 21:42:33
11楼2012-09-02 09:02:32
12楼2012-09-05 20:39:17
13楼2012-09-06 16:21:13
