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忧游鸟

铜虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线

求助关于简并引物设计的问题,希望各位大虾帮忙

   本人做的是漆酶基因多样性的东西,这是dnaman中比对的ncbi 下载的序列,有四个部分出现的保守区域还是不少,命名为1 2 3 4,放到codehop中之后要自己肉眼判断保守区域的那一段 然后手动设计引物么??学环境的 好多东西实在是不懂~~ 希望大家不吝赐教啊~

[ Last edited by 忧游鸟 on 2011-3-31 at 20:28 ]
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by csdyg at 2011-03-26 05:11:41:
在CODEHOP里粘贴进你要比对的序列,生成比对结果之后,用引物设计,软件会自动在保守区序列上生成引物。

但是生成的引物效率并不一定很高,根据我的经验,你最好人工检查,然后根据codehop的基本设计原则自己设 ...

是的 就是放进去比对了之后又很多什么block unknown A B C D E  之类的了 然后分值都是六十多 最后还是要根据自己的保守区域来选取么  需要反过来查找相应的碱基序列来选择密码子的偏好性的碱基么
4楼2011-03-26 11:19:22
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忧游鸟

铜虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by csdyg at 2011-03-27 09:58:22:
楼主可以依照codehop的引物设计理念,查找到相应的保守区后,在保守区周围设计引物。

找到你实验用的物种的密码子偏好性表,然后对应保守序列中的每个氨基酸残基给出相应的编码三联密码子。对于保守区内存在两 ...

您好~~  我要扩增的是一类功能基因,就是可能有不同的物种,有的是细菌,有的是放线菌,有的是子囊菌等,这样就好像没有办法在那个网站里面找密码子偏好表,只能一个一个去找么?
9楼2011-03-28 20:48:04
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