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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » primer5能输入多序列么？
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匿名

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【分子生物】EPI帖

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1楼2011-09-14 13:23:15
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yemuren

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
dhd997(金币+4): good 2011-09-14 18:15:34
周游1166(金币+8): 很好，很强大 2011-09-15 01:41:43
wanhscn: 鼓励继续解答，将会授予专家指数！ 2011-09-15 08:20:40
wanhscn: 决定授予专家指数，见6楼！ 2011-09-16 14:28:31
特异性引物是在一条序列上设计的引物，LZ下载了很多序列是要设计简并引物？用CodeHop可以在线设计很好的简并引物。
用Primer5.0可以输入多条序列并设计引物：首先把各序列分别存储为fasta格式，再在 file-open-DNA sequence 里边把各个序列依次加入，然后点击alignment，比对完之后再点击primer，调整参数进行search或手工拉动选择引物。表现的形式是非简并性的，但是你从下边可以看得出来哪个碱基是非简并性的，然后手动调整。
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我的专长叫做流浪，所以我就做了流氓~
2楼2011-09-14 13:50:39
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dongxiangquan

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): 鼓励交流 2011-09-14 18:15:44
周游1166(金币+5): 2011-09-15 01:42:16
可以，导入aln文件即可，不过设计的效果一般，有专门设计通用引物的软件，去查查，具体名字忘记了
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3楼2011-09-14 16:54:05
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匿名

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4楼2011-09-15 01:25:25
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博杰冲

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

周游1166(金币+5): 求过程啊，呵呵。谢谢！ 2011-09-15 19:24:16
我一般都用DNAstar进行序列比对，然后再用olig6设计引物。然后再用blast进行分析引物设计的好不好使。
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5楼2011-09-15 08:17:57
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yemuren

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
周游1166(金币+2): 恩，等我摸索看看，谢谢！ 2011-09-15 19:24:58
wanhscn(金币+3, MolEPI+1): 根据楼主的悬赏金币数，以及解答效果，再三考虑，决定授予一个专家指数！ 2011-09-16 14:27:09
引用回帖:
4楼: Originally posted by 周游1166 at 2011-09-15 01:25:25:
你好，我的意思是，我下了很多这个属的序列，也下了其它属的序列。然后想设计这个属的特异性引物，比如尖孢炭疽菌的特异性引物一样，只能扩增尖孢炭疽菌。
这个该如何操作呢？谢谢你了，高人啊！

你下载几个和你目的菌株同一属中同种的相关序列，用clustalX比对，选取同源性高的区段，然后在这些设计引物就行了。我觉得其他属的序列就不必了，当然，如果比对发现同源性高的话也是可以的；或者你直接把下载的序列复制到CodeHop在线引物设计中去，设置好简并度，就会出来一些引物，你根据自己的需要和它提供的参数选择理想的引物就好了，这种方法比较简单。
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我的专长叫做流浪，所以我就做了流氓~
6楼2011-09-15 09:01:53
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2893519569

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dongxiangquan at 2011-09-14 16:54:05
可以，导入aln文件即可，不过设计的效果一般，有专门设计通用引物的软件，去查查，具体名字忘记了

怎样导入.aln文件，为什么我的aln文件导不进去Primer6.0啊，能不能具体的教下我
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7楼2018-09-09 20:46:29
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