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匿名

用户注销 (正式写手)

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yemuren

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
dhd997(金币+4): good 2011-09-14 18:15:34
周游1166(金币+8): 很好,很强大 2011-09-15 01:41:43
wanhscn: 鼓励继续解答,将会授予专家指数! 2011-09-15 08:20:40
wanhscn: 决定授予专家指数,见6楼! 2011-09-16 14:28:31
特异性引物是在一条序列上设计的引物,LZ下载了很多序列是要设计简并引物?用CodeHop可以在线设计很好的简并引物。
用Primer5.0可以输入多条序列并设计引物:首先把各序列分别存储为fasta格式,再在 file-open-DNA sequence 里边把各个序列依次加入,然后点击alignment,比对完之后再点击primer,调整参数进行search或手工拉动选择引物。表现的形式是非简并性的,但是你从下边可以看得出来哪个碱基是非简并性的,然后手动调整。
我的专长叫做流浪,所以我就做了流氓~
2楼2011-09-14 13:50:39
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dongxiangquan

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): 鼓励交流 2011-09-14 18:15:44
周游1166(金币+5): 2011-09-15 01:42:16
可以,导入aln文件即可,不过设计的效果一般,有专门设计通用引物的软件,去查查,具体名字忘记了
3楼2011-09-14 16:54:05
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匿名

用户注销 (正式写手)

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4楼2011-09-15 01:25:25
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博杰冲

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

周游1166(金币+5): 求过程啊,呵呵。谢谢! 2011-09-15 19:24:16
我一般都用DNAstar进行序列比对,然后再用olig6设计引物。然后再用blast进行分析引物设计的好不好使。
5楼2011-09-15 08:17:57
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yemuren

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
周游1166(金币+2): 恩,等我摸索看看,谢谢! 2011-09-15 19:24:58
wanhscn(金币+3, MolEPI+1): 根据楼主的悬赏金币数,以及解答效果,再三考虑,决定授予一个专家指数! 2011-09-16 14:27:09
引用回帖:
4楼: Originally posted by 周游1166 at 2011-09-15 01:25:25:
你好,我的意思是,我下了很多这个属的序列,也下了其它属的序列。然后想设计这个属的特异性引物,比如尖孢炭疽菌的特异性引物一样,只能扩增尖孢炭疽菌。
这个该如何操作呢?谢谢你了,高人啊!

你下载几个和你目的菌株同一属中同种的相关序列,用clustalX比对,选取同源性高的区段,然后在这些设计引物就行了。我觉得其他属的序列就不必了,当然,如果比对发现同源性高的话也是可以的;或者你直接把下载的序列复制到CodeHop在线引物设计中去,设置好简并度,就会出来一些引物,你根据自己的需要和它提供的参数选择理想的引物就好了,这种方法比较简单。
我的专长叫做流浪,所以我就做了流氓~
6楼2011-09-15 09:01:53
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2893519569

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dongxiangquan at 2011-09-14 16:54:05
可以,导入aln文件即可,不过设计的效果一般,有专门设计通用引物的软件,去查查,具体名字忘记了

怎样导入.aln文件,为什么我的aln文件导不进去Primer6.0啊,能不能具体的教下我
7楼2018-09-09 20:46:29
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