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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 原来引物设计真的不是件容易的事~
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刘仕博

金虫 (著名写手)

[交流] 原来引物设计真的不是件容易的事~ 已有5人参与

以前一直没想过引物设计是件这么可怕的事情。我一共买过两次引物，一次买了8个，扔了3个；第二次买了5个，全扔了。当我正为扩增效率低而郁闷的时候，忽然看了下自己设计的引物，忽然发现那里面都是发夹。之前我在查发夹结构的时候只看有相同字母的，今天才发现原来3个不一样的字母也能和后面的3个不一样的字母形成发夹，疯了~
再看看之前设计成功的，里面也有不少发夹。发夹结构对以后的扩增效率有很大的影响，对于这一点我现在深信不疑。
发现了这个事情，我疯了一样的站在我们实验室的桌子上面开始研究我师姐之前找的引物。后来发现她的引物里面也有。不过她的十个引物里面有两个是这样的，我的十个里面有八个是这样的。
不过现在没有别的办法，我还不会自己用手设计引物，还只能老老实实按照引物设计的黄金法则用软件设计，不过我会继续研究加油的，呵呵~
一旦有什么心得就会马上和大家分享的！
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生命在于折腾~
1楼 2009-11-17 22:31:26
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695

木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
呵呵，是的，做认真了没有什么事情是容易的，加油
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2楼2009-11-17 22:36:03
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tingl0087

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
嗯嗯，我师兄也是设计了好几次引物才p出东西来……
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3楼2009-11-18 00:12:05
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yanxiangru

金虫 (小有名气)
没做过，来学习的
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4楼2009-11-18 07:45:43
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358219418

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好像有软件可以检测是否有发夹结构的，合成之前试试。
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木虫，快乐并坚强着
5楼2009-11-18 09:28:28
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刘仕博

金虫 (著名写手)
昨天在网上下了好几个传说中的primer5。不知道是我没弄对还是没下对，反正就是一直不能用，基因序列输入不进去。研究到3点半我就坚持不住了~
今天打算接着研究。发现自己的学习能力变强了，很多不知道的东西都是自己研究明白的，这个我也打算攻克了，呵呵
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生命在于折腾~
6楼2009-11-18 11:19:00
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biogefart

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
做PCR了吗？如果没有做就扔了太可惜了，理论和实践有差距
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闹太套
7楼2009-11-18 12:57:13
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漫迹

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
设计之前一定要谨慎，引物自身，引物之间的发夹结构都要特别注意，退火温度也不能差的太多的，要是不加酶切位点就简单多了，加了酶切位点5·端就要加上保护碱基，我以前也没设计过，设计过一次，知道一些注意点再设计就顺利多了
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8楼2009-11-18 14:05:12
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cato8163

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 刘仕博 at 2009-11-18 11:19:
昨天在网上下了好几个传说中的primer5。不知道是我没弄对还是没下对，反正就是一直不能用，基因序列输入不进去。研究到3点半我就坚持不住了~
今天打算接着研究。发现自己的学习能力变强了，很多不知道的东西都是 ...

小可刚入门，不过，实验室有博后、博士、师姐、师兄。不会就请教他们。软件直接向他们要。
来这里交流了。
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9楼2009-11-18 14:08:09
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小白3521

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 刘仕博 at 2009-11-18 11:19:
昨天在网上下了好几个传说中的primer5。不知道是我没弄对还是没下对，反正就是一直不能用，基因序列输入不进去。研究到3点半我就坚持不住了~
今天打算接着研究。发现自己的学习能力变强了，很多不知道的东西都是 ...

去下个注册机，就能用了
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10楼2009-11-18 14:55:57
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