| 查看: 1453 | 回复: 4 | |||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | |||
[求助]
引物设计
|
|||
各位大虾，我现在在设计一个名叫suv39h1基因的引物，最后连接到N1载体上面去，导师让我在设计引物的时候把下游的TAG终止密码子给去掉，所以下游的选择空间很小，只能紧挨着TAG前面设计下游引物，前面一次已经设计了一次，F ctcgagGGAAAGATGGCGGAAAAT R cttaaggGAAGAGGTATTTGCGGCAG 但是可能是上下引物互补太厉害了（-5.3kcal/mol)上下引物tm值大概在62，如果调到67是否可以，现在我想是否可以先扩下TAG，然后在此基础上继续设计引物，这是下下策，我想问下除了这种方法还有什么好的方法。谢谢哈 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 【分子生物】EPI帖 |
» 猜你喜欢
为什么蛋白质氨基酸测定大家都测17种?
已经有5人回复
-
《灰分记：我与坩埚的“灰烬”之恋》
已经有3人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有266人回复
-
求助 食品检验工（基础知识），中国劳动社会出版社 电子版
已经有5人回复
-
胶体几丁质的结晶度？
已经有0人回复
-
诚挚招收全日制博士！！！中国农业科学院麻类研究所谭志坚研究员课题组招收博士
已经有2人回复
-
三甲基羟乙基丙二胺的合成路线
已经有5人回复
gwbk
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 54
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2293.5
- 红花: 24
- 帖子: 529
- 在线: 186.9小时
- 虫号: 1320681
- 注册: 2011-06-11
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, MolEPI+1): good 2011-08-01 08:20:40
保护你的大树(金币+10): 非常的感谢，我想再问问你用的软件是不是oligo5啊？还有为什么在F端得酶切位点上加TAT，在R端得酶切位点上加TAG,这几个碱基我看了下也不是什么保护碱基，而加他们的原因是什么呢？ 2011-08-01 16:59:22
保护你的大树(金币+10): 谢谢哈，我现在已经基本上懂了，只是想再问问，你先说XhoI是需要加引物的，而EcorI是可以不加引物的，这些都是在PCR后连在18T载体上的基础上还是在PCR后直接酶切连在目的载体的基础上？哪些酶切位点是必须加保护碱基的，哪些酶切位点是可以不加保护碱基的。 2011-08-02 08:57:11
dhd997(金币+5, MolEPI+1): good 2011-08-01 08:20:40
保护你的大树(金币+10): 非常的感谢，我想再问问你用的软件是不是oligo5啊？还有为什么在F端得酶切位点上加TAT，在R端得酶切位点上加TAG,这几个碱基我看了下也不是什么保护碱基，而加他们的原因是什么呢？ 2011-08-01 16:59:22
保护你的大树(金币+10): 谢谢哈，我现在已经基本上懂了，只是想再问问，你先说XhoI是需要加引物的，而EcorI是可以不加引物的，这些都是在PCR后连在18T载体上的基础上还是在PCR后直接酶切连在目的载体的基础上？哪些酶切位点是必须加保护碱基的，哪些酶切位点是可以不加保护碱基的。 2011-08-02 08:57:11
|
1，楼主的酶切位点是Xho I/EcoR I，Xho I需要加保护碱基的，EcoR I加不加无所谓。 2，加完保护碱基后，3'端互补情况仍然没有得到解决，采用延长引物方法消除不了上下游引物的互补情况，加TAG也不能解决这个问题的。 3，可以减少R的3'端碱基数量，如：F TATctcgagGGAAAGATGGCGGAAAAT R TAGcttaaggGAAGAGGTATTTGC（本设计仅供参考！） 4，特别强调的是，楼主可以通过减少3'端碱基数量重新设计这个引物（引物与模板互补序列不少于12bp就可以了）。 修改前  修改后  |
2楼2011-07-31 23:59:42
gwbk
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 54
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2293.5
- 红花: 24
- 帖子: 529
- 在线: 186.9小时
- 虫号: 1320681
- 注册: 2011-06-11
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
3楼2011-08-01 19:09:25
4楼2011-08-02 08:52:20
gwbk
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 54
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2293.5
- 红花: 24
- 帖子: 529
- 在线: 186.9小时
- 虫号: 1320681
- 注册: 2011-06-11
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
5楼2011-08-02 19:22:37