| 查看: 1579 | 回复: 4 | |||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
引物设计
|
|||
各位大虾，我现在在设计一个名叫suv39h1基因的引物，最后连接到N1载体上面去，导师让我在设计引物的时候把下游的TAG终止密码子给去掉，所以下游的选择空间很小，只能紧挨着TAG前面设计下游引物，前面一次已经设计了一次，F ctcgagGGAAAGATGGCGGAAAAT R cttaaggGAAGAGGTATTTGCGGCAG 但是可能是上下引物互补太厉害了（-5.3kcal/mol)上下引物tm值大概在62，如果调到67是否可以，现在我想是否可以先扩下TAG，然后在此基础上继续设计引物，这是下下策，我想问下除了这种方法还有什么好的方法。谢谢哈 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 【分子生物】EPI帖 |
» 猜你喜欢
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有271人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有9人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
gwbk
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 54
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2293.5
- 红花: 24
- 帖子: 529
- 在线: 186.9小时
- 虫号: 1320681
- 注册: 2011-06-11
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
5楼2011-08-02 19:22:37
gwbk
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 54
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2293.5
- 红花: 24
- 帖子: 529
- 在线: 186.9小时
- 虫号: 1320681
- 注册: 2011-06-11
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, MolEPI+1): good 2011-08-01 08:20:40
保护你的大树(金币+10): 非常的感谢，我想再问问你用的软件是不是oligo5啊？还有为什么在F端得酶切位点上加TAT，在R端得酶切位点上加TAG,这几个碱基我看了下也不是什么保护碱基，而加他们的原因是什么呢？ 2011-08-01 16:59:22
保护你的大树(金币+10): 谢谢哈，我现在已经基本上懂了，只是想再问问，你先说XhoI是需要加引物的，而EcorI是可以不加引物的，这些都是在PCR后连在18T载体上的基础上还是在PCR后直接酶切连在目的载体的基础上？哪些酶切位点是必须加保护碱基的，哪些酶切位点是可以不加保护碱基的。 2011-08-02 08:57:11
dhd997(金币+5, MolEPI+1): good 2011-08-01 08:20:40
保护你的大树(金币+10): 非常的感谢，我想再问问你用的软件是不是oligo5啊？还有为什么在F端得酶切位点上加TAT，在R端得酶切位点上加TAG,这几个碱基我看了下也不是什么保护碱基，而加他们的原因是什么呢？ 2011-08-01 16:59:22
保护你的大树(金币+10): 谢谢哈，我现在已经基本上懂了，只是想再问问，你先说XhoI是需要加引物的，而EcorI是可以不加引物的，这些都是在PCR后连在18T载体上的基础上还是在PCR后直接酶切连在目的载体的基础上？哪些酶切位点是必须加保护碱基的，哪些酶切位点是可以不加保护碱基的。 2011-08-02 08:57:11
|
1，楼主的酶切位点是Xho I/EcoR I，Xho I需要加保护碱基的，EcoR I加不加无所谓。 2，加完保护碱基后，3'端互补情况仍然没有得到解决，采用延长引物方法消除不了上下游引物的互补情况，加TAG也不能解决这个问题的。 3，可以减少R的3'端碱基数量，如：F TATctcgagGGAAAGATGGCGGAAAAT R TAGcttaaggGAAGAGGTATTTGC（本设计仅供参考！） 4，特别强调的是，楼主可以通过减少3'端碱基数量重新设计这个引物（引物与模板互补序列不少于12bp就可以了）。 修改前  修改后  |
2楼2011-07-31 23:59:42
gwbk
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 54
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2293.5
- 红花: 24
- 帖子: 529
- 在线: 186.9小时
- 虫号: 1320681
- 注册: 2011-06-11
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
3楼2011-08-01 19:09:25
4楼2011-08-02 08:52:20
