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taotao1825银虫 (小有名气)
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NCBI blast 结果一些参数的含义求高手指点 已有7人参与
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Score = 1092 bits (591), Expect = 0.0 Identities = 677/720 (94%), Gaps = 0/720 (0%) Strand=Plus/Minus 这是我BLAST的结果里的,各项都表示什么意思呢? |
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gyesang
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taotao1825(金币+3,VIP+0):呵呵,谢谢,非常感谢 11-14 09:30
taotao1825(金币+3,VIP+0):呵呵,谢谢,非常感谢 11-14 09:30
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“请问score和expect有没有一个具体的数值范围?为什么输出的每一个结果里都有Strand=Plus/Minus?难道都和互补链匹配?这个怎么看出来的呢?困惑啊……”score 和expect没有具体的阈值，没有具体的数字范围，score的值是由你的序列长度决定的，序列越长，匹配越完全，score值越大，这个你可以用不同长度的序列blast试试，你的blast结果是按score从大到小排列的，expect从小到大排列的，expect没有数值范围，最小为0，说明序列是完全匹配，越小说明系统呈给你的序列是随机呈现的概率为0。 Strand=Plus/Minus?难道都和互补链匹配?这个怎么看出来的呢?困惑啊。难道都和互补链匹配，什么意思啊，NCBI里面收录的只是一条链的序列，而你进行blast的序列可能是与数据库里面收录的序列是相同的，也可能是相反的，如果你的序列和数据库里面的序列同向，就是plus/plus，反向就是plus/minus，基因在染色体上又不只是一个方向，DNA的两条链都有基因的分布。 |
3楼2009-11-14 08:57:44
gyesang
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taotao1825(金币+2,VIP+0):请问score和expect有没有一个具体的数值范围?为什么输出的每一个结果里都有Strand=Plus/Minus?难道都和互补链匹配?这个怎么看出来的呢?困惑啊…… 11-14 08:42
taotao1825(金币+2,VIP+0):请问score和expect有没有一个具体的数值范围?为什么输出的每一个结果里都有Strand=Plus/Minus?难道都和互补链匹配?这个怎么看出来的呢?困惑啊…… 11-14 08:42
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score是打分矩阵计算出来的值，是搜索算法决定的，这个值越大说明你的序列跟目标序列匹配程度越大 Expect是你的序列被随机搜索出来的概率，这个值越小越好，例如是0，说明结果随机出来的概率是0，系统是经过分析后给你的，可以这么理解 identities是相似程度，就是你的序列和搜索序列有94%的序列匹配 Gaps就是空白，比对序列那边只有一条链上有碱基 strand=plus/minus就是你的序列和数据库里面序列的互补链匹配 |
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2楼2009-11-13 23:59:11
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4楼2009-12-08 09:45:41
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