| 查看: 6082 | 回复: 12 | ||||
taotao1825银虫 (小有名气)
|
[交流]
NCBI blast 结果一些参数的含义求高手指点 已有7人参与
|
|||
|
Score = 1092 bits (591), Expect = 0.0 Identities = 677/720 (94%), Gaps = 0/720 (0%) Strand=Plus/Minus 这是我BLAST的结果里的,各项都表示什么意思呢? |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
没有任何消息-是不是就凉了
已经有8人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
人气不行了
已经有10人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有6人回复
-
我面上完蛋了
已经有10人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有24人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有17人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有19人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有16人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 高手们，求助了，急急急！！！
已经有4人回复
- 各位高手，怎么在windows下编译LAMMPS？
已经有4人回复
- 咨询一下公益基金应急性、基础性、培育性的具体含义
已经有6人回复
- 痛苦的找工作啊……求指点……
已经有31人回复
- 国基申报书遭受考验，请各位朋友指点迷津！
已经有22人回复
- 求高手指点：对于保守性较低的基因可以用简并引物来扩吗？
已经有9人回复
- 老板秘书发信说了一些关于办理DS-2019表的事情(附原文)~N多不明白，求指点~
已经有10人回复
- 是否可以用求模型参数的数据来验证求模型参数方法的可靠性？（van Genuchten）
已经有24人回复
- 【教程】NCBI、blast相关教程
已经有233人回复
- 愈伤组织，哪种利于分化？求指点，亲们！
已经有64人回复
- PCR测序结果出来后怎样在NCBI上进行比对？求各位高手帮忙！
已经有12人回复
- NCBI中的BLAST使用
已经有12人回复
gyesang
荣誉版主 (著名写手)
-
专家经验: +24 - BioEPI: 1
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 2.689
- 金币: 24338.9
- 散金: 1088
- 红花: 88
- 沙发: 2
- 帖子: 2327
- 在线: 623.1小时
- 虫号: 849017
- 注册: 2009-09-16
- 性别: GG
- 专业: 细胞信号转导
- 管辖: 分子生物
★ ★ ★
taotao1825(金币+3,VIP+0):呵呵,谢谢,非常感谢 11-14 09:30
taotao1825(金币+3,VIP+0):呵呵,谢谢,非常感谢 11-14 09:30
|
“请问score和expect有没有一个具体的数值范围?为什么输出的每一个结果里都有Strand=Plus/Minus?难道都和互补链匹配?这个怎么看出来的呢?困惑啊……”score 和expect没有具体的阈值，没有具体的数字范围，score的值是由你的序列长度决定的，序列越长，匹配越完全，score值越大，这个你可以用不同长度的序列blast试试，你的blast结果是按score从大到小排列的，expect从小到大排列的，expect没有数值范围，最小为0，说明序列是完全匹配，越小说明系统呈给你的序列是随机呈现的概率为0。 Strand=Plus/Minus?难道都和互补链匹配?这个怎么看出来的呢?困惑啊。难道都和互补链匹配，什么意思啊，NCBI里面收录的只是一条链的序列，而你进行blast的序列可能是与数据库里面收录的序列是相同的，也可能是相反的，如果你的序列和数据库里面的序列同向，就是plus/plus，反向就是plus/minus，基因在染色体上又不只是一个方向，DNA的两条链都有基因的分布。 |
3楼2009-11-14 08:57:44
gyesang
荣誉版主 (著名写手)
-
专家经验: +24 - BioEPI: 1
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 2.689
- 金币: 24338.9
- 散金: 1088
- 红花: 88
- 沙发: 2
- 帖子: 2327
- 在线: 623.1小时
- 虫号: 849017
- 注册: 2009-09-16
- 性别: GG
- 专业: 细胞信号转导
- 管辖: 分子生物
★ ★
taotao1825(金币+2,VIP+0):请问score和expect有没有一个具体的数值范围?为什么输出的每一个结果里都有Strand=Plus/Minus?难道都和互补链匹配?这个怎么看出来的呢?困惑啊…… 11-14 08:42
taotao1825(金币+2,VIP+0):请问score和expect有没有一个具体的数值范围?为什么输出的每一个结果里都有Strand=Plus/Minus?难道都和互补链匹配?这个怎么看出来的呢?困惑啊…… 11-14 08:42
|
score是打分矩阵计算出来的值，是搜索算法决定的，这个值越大说明你的序列跟目标序列匹配程度越大 Expect是你的序列被随机搜索出来的概率，这个值越小越好，例如是0，说明结果随机出来的概率是0，系统是经过分析后给你的，可以这么理解 identities是相似程度，就是你的序列和搜索序列有94%的序列匹配 Gaps就是空白，比对序列那边只有一条链上有碱基 strand=plus/minus就是你的序列和数据库里面序列的互补链匹配 |
2楼2009-11-13 23:59:11
qqsvery
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2895.9
- 红花: 3
- 帖子: 1688
- 在线: 18.6小时
- 虫号: 592166
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 造血、造血调控与造血微环
4楼2009-12-08 09:45:41
guyue2885
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1474.2
- 散金: 8
- 帖子: 412
- 在线: 46.6小时
- 虫号: 712946
- 注册: 2009-03-02
- 性别: GG
- 专业: 生物
5楼2009-12-08 10:45:41
scelab
荣誉版主 (文坛精英)
小木虫之有关部门负责人
- 应助: 63 (初中生)
- 贵宾: 1.475
- 金币: 8294.6
- 散金: 4158
- 红花: 39
- 沙发: 99
- 帖子: 21277
- 在线: 3169.3小时
- 虫号: 482065
- 注册: 2007-12-20
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
- 管辖: 微生物
6楼2009-12-08 11:18:04
billowzeng
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 742.6
- 散金: 1185
- 红花: 7
- 帖子: 368
- 在线: 173小时
- 虫号: 731012
- 注册: 2009-03-25
- 专业: 环境微生物学
7楼2010-06-18 16:12:46
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵 |
本帖内容被屏蔽 |
8楼2011-12-10 15:10:17
| 感谢分享 |
9楼2012-03-26 20:25:50
sherrysure
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1117.5
- 散金: 8
- 红花: 2
- 帖子: 121
- 在线: 82.4小时
- 虫号: 1285648
- 注册: 2011-05-04
- 专业: 兽医寄生虫学
10楼2012-06-16 13:21:23
20