应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 【求助/交流】如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?
121/1返回列表
查看: 7118  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

biofeixue

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?

本人没有做过分子,所以来问一个很菜的问题.如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?如下列基因:
本人比较笨,请用图来说明,谢谢!
Arabidopsis thaliana TUB2; GTP binding / GTPase/ structural molecule (TUB2) mRNA, complete cds
1 aaacacagag aggagtgagc aataataaaa gctcactcac tcacactttt attcatttct
       61 ctgaaaaccc ttaaatctcc ggatttcgat tcccgaggct cgaaaaaacc ctaaatctct
      121 tctccgttca ctcatccaac cgaagatgcg tgagattctt cacatccagg gtggtcaatg
      181 cggtaaccag atcggcgcca agttctggga agtggtttgc gccgagcacg gcatcgatcc
      241 aaccggaagg tacaccggag actcagatct gcaacttgag cgcatcaacg tttactacaa
      301 tgaagcgagt tgcggtagat tcgttcctcg tgcagtgctc atggatttgg agcctgggac
      361 tatggatagt ctcagatctg gaccgtacgg tcagaccttt cgacctgata acttcgtctt
      421 tggccaatcc ggtgctggta acaactgggc caagggacac tacacggaag gagctgaact
      481 aatcgattcc gttctcgatg ttgttcgtaa ggaagctgag aactgtgact gtctccaagg
      541 gttccaggtt tgtcactcgt tgggaggagg aactggatct ggtatgggaa cattgttgat
      601 ctctaagatc cgtgaagagt acccagatcg catgatgctt accttctcgg tgttcccttc
      661 accaaaggtt tctgatactg tggttgagcc ttacaacgct actctgtctg tccatcagct
      721 tgttgagaat gctgatgagt gcatggttct tgataatgag gccttgtacg atatttgctt
      781 caggactctc aaactcacta cccccagctt tggtgatttg aaccacttga tttctgctac
      841 tatgtctggt gtgacttgct gtctgaggtt ccctggtcaa ctcaactctg acctccgaaa
      901 gcttgctgtg aatctcatcc cattcccccg tcttcacttc ttcatggtgg gttttgctcc
      961 tctcacctca agaggttctc agcagtaccg ttccctcaca gtccctgagc tcacccagca
     1021 aatgtgggac tccaagaaca tgatgtgtgc tgcagaccca aggcacggac gctacctcac
     1081 agcctctgcc atgttccgtg gcaagatgag cacaaaggaa gttgacgagc agatgctgaa
     1141 tgtgcagaac aagaactcgt cctactttgt ggagtggatc cccaacaacg tgaaatcgac
     1201 agtctgtgac atcccaccta ctggtctgaa gatggcatca actttcattg gaaactcaac
     1261 atcaatccaa gagatgttca ggcgagtgag tgagcagttc acagctatgt tcaggagaaa
     1321 ggctttcttg cattggtaca caggtgaggg aatggacgag atggaattca cagaagcgga
     1381 gagcaacatg aacgatcttg tgtcagagta ccagcaatac caagatgcaa ctgcggatga
     1441 agaaggtgac tacgaggatg aggaagaagg tgaatatcaa caggaggaag agtactgaga
     1501 ataatttagt tataactgct ttaaaaacaa aaacaattta gtcgtttgct acttttcttt
     1561 tttttaaaag gaacacctca actaccagtt gtagtttttt tctctgcttg tatttgacat
     1621 atctggttga tgtttctgta cttttgttct taatcttgtt attgcctgtg atgtttctat
     1681 taatattttc cagttgtact gtcttcaatc tttggtcttc tatcct
//
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

zytandlzy

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-04 05:54:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

游侠892

铁杆木虫 (著名写手)
★
1949stone(金币+1): 貌似可以 2011-04-04 09:44:41
biofeixue(金币+3): 2011-04-05 04:28:25
个人愚见：Genscan后对氨基酸再进行BlastP，就可以知道保守序列了。不知道是不是对的？也请高人指点
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-04-04 08:55:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caolvchong

银虫 (小有名气)
★
1949stone(金币+1): 可以 2011-04-04 14:10:55
biofeixue(金币+2): 2011-04-05 04:28:17
应该是找到不同物种的这个基因序列，做比对，就能找到保守序列了
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-04-04 12:08:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
biofeixue(金币+5): 2011-04-05 04:28:07
dhd997(金币+3): 热心 2011-04-05 08:48:57
看看这个是不是你要的：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Stru ... p;SEQUENCE=18424620
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-04 19:11:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

merely

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-04-04 19:11:27:
看看这个是不是你要的：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Stru ... p;SEQUENCE=18424620

请问这个具体是怎么看的，我们不懂的，看着很茫然。非常感谢您的不吝赐教！
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-04-18 15:05:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangni

新虫 (正式写手)
我也想知道 顶
回复此楼
6楼2012-03-05 22:59:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柚在淮北

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西瓜: , 可以再发个帖哈 2012-04-01 17:30:59
我也想问问 做序列的内含子分析如果用vector NTI 的话，也是一样用BLAST的功能来找到保守序列？等于就是找到的内含子的头和尾了？
赞一下 回复此楼
7楼2012-04-01 09:59:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞鸟009

银虫 (小有名气)
我也想知道
回复此楼
8楼2012-12-09 16:58:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zytandlzy

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
如何用NCBI的BLAST来找到一个基因的保守序列?
赞一下 回复此楼
9楼2013-01-30 12:59:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青色玉

新虫 (初入文坛)
*****
回复此楼
10楼2013-03-07 21:06:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

308047410

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by merely at 2011-04-18 15:05:22
请问这个具体是怎么看的，我们不懂的，看着很茫然。非常感谢您的不吝赐教！...

请问楼主问题解决了吗？我也想知道怎么找保守序列，谢谢了
赞一下 回复此楼
11楼2015-04-17 22:10:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱笑的芳宝8

新虫 (初入文坛)
我也想知道

发自小木虫Android客户端
回复此楼
12楼2017-02-17 17:25:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 biofeixue 的主题更新
121/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭