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finesand

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样在ncbi blast的比对结果上找到最相似的序列呢

怎样在ncbi blast的比对结果上找到最相似的序列呢？在我的结果里有些Max ident高的序列Max score却低，覆盖率这一项又应该怎么考虑呢？哪一项是首要的，应该如何结合着看呢？像下面的结果应该怎样取舍，从左到右的是Max score,Total score,Query coverage, E value ,Max ident.很是困惑，请大家多多指教，如果可以麻烦大家尽快回复，情况比较着急！谢谢！

360桌面截图20130124093826.jpg
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1楼 2013-01-24 09:48:13
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gastrodia

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
finesand: 金币+1, ★★★很有帮助, 迟到的谢谢!O(∩_∩)O谢谢 2013-02-15 23:32:50
从上到下，得分最高就是最相似的序列，
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2楼2013-01-24 10:35:26
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finesand

铜虫 (小有名气)
谢谢！顺便问下：Program selection选择Somewhat similar sequences ( blastn ) 得出的结果分值较低，出现较多其他物种的序列，如果我的目的是要找最相似序列选择highly similar sequences (megablast)可以吗？
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3楼2013-01-24 21:18:07
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by finesand at 2013-01-24 21:18:07
谢谢！顺便问下：Program selection选择Somewhat similar sequences ( blastn ) 得出的结果分值较低，出现较多其他物种的序列，如果我的目的是要找最相似序列选择highly similar sequences (megablast)可以吗？

是的，如果你只需要高同源性的，就选highly similar sequences 就行了
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4楼2013-01-25 10:50:03
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ll小可mir

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是滴，点一下最上面的那个，就可以按照那个进行排名~
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5楼2013-01-25 22:08:38
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finesand

铜虫 (小有名气)
Somewhat similar sequences ( blastn )和highly similar sequences (megablast)除了上述不同外，还有什么不同呢？blastn和megablast是什么含义，我做的是DNA。
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6楼2013-01-25 23:55:27
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马敏马

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gastrodia at 2013-01-24 10:35:26
从上到下，得分最高就是最相似的序列，

请问您说的这个“得分最高”说的是max score 还是total score？
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7楼2016-10-09 09:55:15
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马敏马

新虫 (初入文坛)
楼主你好！我现在也遇到同样的疑惑了，想向你请教此贴中你提到的5个参考值中，哪一项是确定相似度最高的指标？
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8楼2016-10-09 09:58:13
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