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finesand

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样在ncbi blast的比对结果上找到最相似的序列呢

怎样在ncbi blast的比对结果上找到最相似的序列呢?在我的结果里有些Max ident高的序列Max score却低,覆盖率这一项又应该怎么考虑呢?哪一项是首要的,应该如何结合着看呢?像下面的结果应该怎样取舍,从左到右的是Max score,Total score,Query coverage, E value ,Max ident.很是困惑,请大家多多指教,如果可以麻烦大家尽快回复,情况比较着急!谢谢!

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gastrodia

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
finesand: 金币+1, ★★★很有帮助, 迟到的谢谢!O(∩_∩)O谢谢 2013-02-15 23:32:50
从上到下,得分最高就是最相似的序列,
2楼2013-01-24 10:35:26
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finesand

铜虫 (小有名气)

谢谢!顺便问下:Program selection选择Somewhat similar sequences ( blastn ) 得出的结果分值较低,出现较多其他物种的序列,如果我的目的是要找最相似序列选择highly similar sequences (megablast)可以吗?
3楼2013-01-24 21:18:07
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by finesand at 2013-01-24 21:18:07
谢谢!顺便问下:Program selection选择Somewhat similar sequences ( blastn ) 得出的结果分值较低,出现较多其他物种的序列,如果我的目的是要找最相似序列选择highly similar sequences (megablast)可以吗?

是的,如果你只需要高同源性的,就选highly similar sequences 就行了
4楼2013-01-25 10:50:03
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ll小可mir

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是滴,点一下最上面的那个,就可以按照那个进行排名~
5楼2013-01-25 22:08:38
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finesand

铜虫 (小有名气)

Somewhat similar sequences ( blastn )和highly similar sequences (megablast)除了上述不同外,还有什么不同呢?blastn和megablast是什么含义,我做的是DNA。
6楼2013-01-25 23:55:27
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马敏马

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gastrodia at 2013-01-24 10:35:26
从上到下,得分最高就是最相似的序列,

请问您说的这个“得分最高”说的是max score 还是total score?
7楼2016-10-09 09:55:15
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马敏马

新虫 (初入文坛)

楼主你好!我现在也遇到同样的疑惑了,想向你请教此贴中你提到的5个参考值中,哪一项是确定相似度最高的指标?
8楼2016-10-09 09:58:13
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