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cuizk3

新虫 (初入文坛)

[求助] NCBI上的mRNA序列的一个问题

我在NCBI上找到一个基因组,并从中找到一个mRNA序列,但是我始终搞不明白的是,这个mRNA序列的后半段我能把它反向互补在这个基因组中找到原序列,但是前面的一段我始终在基因组中找不到原序列。请大虾们帮我解答一下呗,谢谢!
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超越自我
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yuzhiming

捐助贵宾 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
基因组中有内含子,mRNA的序列是不包含内含子的。所以你上面的序列可能是跨越内含子的外显子序列,当然直接比对出不来结果的啊。
正常。
2楼2012-07-09 23:24:17
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cuizk3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yuzhiming at 2012-07-09 23:24:17
基因组中有内含子,mRNA的序列是不包含内含子的。所以你上面的序列可能是跨越内含子的外显子序列,当然直接比对出不来结果的啊。
正常。

我的情况是这样的这个mRNA(我以fasta格式下载下来)是1219bp的,而这个mRNA的787bp(令人奇怪的是在整个mRNA的后半部分连续的787bp)我可以在基因组里反向互补找到,而这787bp正好是NCBI上标注的mRNA的序列(在基因组中已经被完整标注)。但是这个NCBI上提供的mRNA的432bp(整个mRNA的前半部分)我是死后找不到
超越自我
3楼2012-07-09 23:34:35
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angie8610

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用spidey在线软件输入基因组序列和mRNA序列比较一下
新手上路,多多关照!
4楼2012-07-12 09:38:41
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cuizk3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by angie8610 at 2012-07-12 09:38:41
用spidey在线软件输入基因组序列和mRNA序列比较一下

我用傍边的runblast比对了一下,确实是前面的432bp没有比对上
超越自我
5楼2012-07-13 21:41:24
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skuy1223

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是不是因为选择性剪切的原因啊?可能包含有内含子的序列。
努力!
6楼2012-07-13 22:28:21
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cuizk3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by skuy1223 at 2012-07-13 22:28:21
是不是因为选择性剪切的原因啊?可能包含有内含子的序列。

我的意思是这样的,假如gtctgctgcatagaaacacagtagagtttctcactggaagaaaaataaacacttctgtttgcagttccagtccctgaaaacactgcagcttcacttcttccatgcgcacgtgtgtgcgtctgtgtgtttgagtctatttgagacacacacacacacacacatagtctctcagctcatctagtcacataaaccagttttctagaactttttttaaagtctgctttggtgtgtaagggctgacagagggtgttttgggtact
gatctgtgcatgtgttcaggtttggtatcaggtgtgtcctgcagacggggcgtcccccagccggatactgcccaggaaggtggtgtggttgctcatggagatggaggtgtcctcgtataccatgcgaatggagattctctgacgagctcgtaacaaacacactccggctgtgtagcaggtgttgaacttgcgctggccggtttcgatgcttctggtgcagcgtaagaacggagttttgtccaccatcacctcgtaactggcaatgtcggtgaaattcaggtaatatac这段序列,只有下面的序列能比对上,而上面的那一段完全在原序列上找不到
您能举个例子说明一下嘛,我不太明白你的意思
超越自我
7楼2012-07-16 10:53:14
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xiao20020757

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这个问题比较难办,飘过
做出点成绩来
8楼2012-07-16 13:32:10
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9楼2012-07-18 09:03:33
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