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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » NCBI上的mRNA序列的一个问题
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cuizk3

新虫 (初入文坛)

[求助] NCBI上的mRNA序列的一个问题

我在NCBI上找到一个基因组，并从中找到一个mRNA序列，但是我始终搞不明白的是，这个mRNA序列的后半段我能把它反向互补在这个基因组中找到原序列，但是前面的一段我始终在基因组中找不到原序列。请大虾们帮我解答一下呗，谢谢！
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超越自我
1楼 2012-07-09 23:13:40
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yuzhiming

捐助贵宾 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
基因组中有内含子，mRNA的序列是不包含内含子的。所以你上面的序列可能是跨越内含子的外显子序列，当然直接比对出不来结果的啊。
正常。
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2楼2012-07-09 23:24:17
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cuizk3

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuzhiming at 2012-07-09 23:24:17
基因组中有内含子，mRNA的序列是不包含内含子的。所以你上面的序列可能是跨越内含子的外显子序列，当然直接比对出不来结果的啊。
正常。

我的情况是这样的这个mRNA（我以fasta格式下载下来）是1219bp的，而这个mRNA的787bp（令人奇怪的是在整个mRNA的后半部分连续的787bp）我可以在基因组里反向互补找到，而这787bp正好是NCBI上标注的mRNA的序列（在基因组中已经被完整标注）。但是这个NCBI上提供的mRNA的432bp（整个mRNA的前半部分）我是死后找不到
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超越自我
3楼2012-07-09 23:34:35
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angie8610

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用spidey在线软件输入基因组序列和mRNA序列比较一下
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新手上路，多多关照！
4楼2012-07-12 09:38:41
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cuizk3

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by angie8610 at 2012-07-12 09:38:41
用spidey在线软件输入基因组序列和mRNA序列比较一下

我用傍边的runblast比对了一下，确实是前面的432bp没有比对上
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超越自我
5楼2012-07-13 21:41:24
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skuy1223

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是不是因为选择性剪切的原因啊？可能包含有内含子的序列。
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努力！
6楼2012-07-13 22:28:21
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cuizk3

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by skuy1223 at 2012-07-13 22:28:21
是不是因为选择性剪切的原因啊？可能包含有内含子的序列。

我的意思是这样的，假如gtctgctgcatagaaacacagtagagtttctcactggaagaaaaataaacacttctgtttgcagttccagtccctgaaaacactgcagcttcacttcttccatgcgcacgtgtgtgcgtctgtgtgtttgagtctatttgagacacacacacacacacacatagtctctcagctcatctagtcacataaaccagttttctagaactttttttaaagtctgctttggtgtgtaagggctgacagagggtgttttgggtact
gatctgtgcatgtgttcaggtttggtatcaggtgtgtcctgcagacggggcgtcccccagccggatactgcccaggaaggtggtgtggttgctcatggagatggaggtgtcctcgtataccatgcgaatggagattctctgacgagctcgtaacaaacacactccggctgtgtagcaggtgttgaacttgcgctggccggtttcgatgcttctggtgcagcgtaagaacggagttttgtccaccatcacctcgtaactggcaatgtcggtgaaattcaggtaatatac这段序列，只有下面的序列能比对上，而上面的那一段完全在原序列上找不到
您能举个例子说明一下嘛，我不太明白你的意思
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超越自我
7楼2012-07-16 10:53:14
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xiao20020757

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这个问题比较难办，飘过
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做出点成绩来
8楼2012-07-16 13:32:10
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lrrnd
9楼2012-07-18 09:03:33
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