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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » NCBI序列比对问题
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ncuskniejian

新虫 (初入文坛)

[求助] NCBI序列比对问题

各位大神，我们实验室是刚开始做分子，我是新手，老师也不是学分子的，我们实验室想扩出蘑菇酪氨酸酶全长，现在已经把保守区域的DNA弄出来了，到NCBI比对，发现和另外两种有99%相识，但是是反向相识，即我们的是从前到后25-505，而另外，是由大到小874-460，匹配，是不是测序序列搞反了，这对我们进行后续5'RACE设引物是否有影响？因为我们的5‘RACE一直做不出来，追问，各位大神能不能推荐用别的方法扩全长？感谢
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1楼 2013-04-25 17:19:29
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gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ncuskniejian(gyesang代发): 金币+1, 鼓励应助！ 2013-04-26 14:57:10
ncuskniejian: 金币+4, ★有帮助 2013-04-27 16:57:38
如果知道基因理论序列，就可以设计一个引物在基因里，另一个在UTR上，
如果基因太大，还需要分段。
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2楼2013-04-26 08:56:46
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ncuskniejian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gongeleven at 2013-04-26 08:56:46
如果知道基因理论序列，就可以设计一个引物在基因里，另一个在UTR上，
如果基因太大，还需要分段。

大概多大，要分段？
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3楼2013-04-27 16:58:29
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gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ncuskniejian at 2013-04-27 16:58:29
大概多大，要分段？...

500bp 左右的比较容易PCR
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4楼2013-04-28 08:41:25
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dy_ai

金虫 (小有名气)
推荐  反向PCR  先做个酶切试试
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专研，兴趣，and征服的乐趣
5楼2013-04-28 11:00:14
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ncuskniejian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dy_ai at 2013-04-28 11:00:14
推荐  反向PCR  先做个酶切试试

嗯，好的，刚接手，不知道，回去我先学习学习，再试试~
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6楼2013-04-29 21:00:15
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zhangquan084

木虫 (正式写手)
我也是新手！
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生而不息，奋斗不止！
7楼2013-04-29 21:45:00
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