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ncuskniejian

新虫 (初入文坛)

[求助] NCBI序列比对问题

各位大神,我们实验室是刚开始做分子,我是新手,老师也不是学分子的,我们实验室想扩出蘑菇酪氨酸酶全长,现在已经把保守区域的DNA弄出来了,到NCBI比对,发现和另外两种有99%相识,但是是反向相识,即我们的是从前到后25-505,而另外,是由大到小874-460,匹配,是不是测序序列搞反了,这对我们进行后续5'RACE设引物是否有影响?因为我们的5‘RACE一直做不出来,追问,各位大神能不能推荐用别的方法扩全长?感谢
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dy_ai

金虫 (小有名气)

推荐  反向PCR  先做个酶切试试
专研,兴趣,and征服的乐趣
5楼2013-04-28 11:00:14
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gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ncuskniejian(gyesang代发): 金币+1, 鼓励应助! 2013-04-26 14:57:10
ncuskniejian: 金币+4, 有帮助 2013-04-27 16:57:38
如果知道基因理论序列,就可以设计一个引物在基因里,另一个在UTR上,
如果基因太大,还需要分段。
2楼2013-04-26 08:56:46
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ncuskniejian

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gongeleven at 2013-04-26 08:56:46
如果知道基因理论序列,就可以设计一个引物在基因里,另一个在UTR上,
如果基因太大,还需要分段。

大概多大,要分段?
3楼2013-04-27 16:58:29
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gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ncuskniejian at 2013-04-27 16:58:29
大概多大,要分段?...

500bp 左右的比较容易PCR
4楼2013-04-28 08:41:25
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