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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 16S rRNA序列测定后如何查询菌的种属
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celia2012

铜虫 (小有名气)

[求助] 16S rRNA序列测定后如何查询菌的种属

最近拿单菌落进行菌落PCR后，拿到测序公司去测序，现在有结果了，有峰图和序列图，但不知道怎么鉴定好坏，还有如何通过基因序列鉴定菌种，还有谁晓得啊？万分感谢
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1楼 2012-08-03 15:53:51
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eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2012-08-03 18:15:28
celia2012: 金币+3 2012-08-04 09:33:24
看测序质量，你就看峰图中每个峰是不是分的狠清楚 信号强度是不是很强，如果有很多混杂的峰那就不行。 鉴定菌种就把你得到的序列拿到NCBI里去BLAST就行
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2楼2012-08-03 17:34:41
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weiyasong

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
celia2012: 金币+1 2012-08-04 09:34:38
可以通过NCBI上的Blast进行比对！
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3楼2012-08-03 17:36:23
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celia2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by weiyasong at 2012-08-03 17:36:23
可以通过NCBI上的Blast进行比对！

序列有点长，是选一部分吗~
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4楼2012-08-03 19:29:26
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limin2012

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
序列长短没有关系，直接在NCBI上比对就可以。峰图上没有杂峰，或碱基缺失的就可以用。
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5楼2012-08-04 09:02:02
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mada1986

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
celia2012: 金币+3 2012-08-04 09:32:52
http://nocardia.nih.go.jp/fp4/ 这是韩国的一个菌种鉴定的二级数据库，和NCBI连接的，用起来很方便，结过比NCBI里Blast结果直观一些，但是只包括了标准菌株。使用的时候需要注册一下，填上邮箱即可，还能自动保存检索结果 推荐新手使用，在框里贴上序列，然后点cookin'就可以了
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6楼2012-08-04 09:20:42
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celia2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by limin2012 at 2012-08-04 09:02:02
序列长短没有关系，直接在NCBI上比对就可以。峰图上没有杂峰，或碱基缺失的就可以用。

比对出来，怎么看结果啊，好多一样的，100%的
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7楼2012-08-04 09:58:44
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eagles123

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by celia2012 at 2012-08-04 09:58:44
比对出来，怎么看结果啊，好多一样的，100%的...

你看成coverage那一项了吧， 要看最后一项 identity
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8楼2012-08-04 10:22:30
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eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你看成coverage哪项了吧， 要看最后一项 identity
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9楼2012-08-04 10:23:59
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celia2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by eagles123 at 2012-08-04 10:23:59
你看成coverage哪项了吧， 要看最后一项 identity

峰从50到七百百这样是正常的，前段后后端就不行了，那是拿中间正常的那段去比对吗？
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10楼2012-08-04 10:41:21
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