应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 16S rRNA序列测定后如何查询菌的种属
131/2返回列表12下一页
查看: 1989  |  回复: 12
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

celia2012

铜虫 (小有名气)

[求助] 16S rRNA序列测定后如何查询菌的种属

最近拿单菌落进行菌落PCR后，拿到测序公司去测序，现在有结果了，有峰图和序列图，但不知道怎么鉴定好坏，还有如何通过基因序列鉴定菌种，还有谁晓得啊？万分感谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2012-08-03 15:53:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2012-08-03 18:15:28
celia2012: 金币+3 2012-08-04 09:33:24
看测序质量，你就看峰图中每个峰是不是分的狠清楚 信号强度是不是很强，如果有很多混杂的峰那就不行。 鉴定菌种就把你得到的序列拿到NCBI里去BLAST就行
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-03 17:34:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weiyasong

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
celia2012: 金币+1 2012-08-04 09:34:38
可以通过NCBI上的Blast进行比对！
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-03 17:36:23
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

celia2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by weiyasong at 2012-08-03 17:36:23
可以通过NCBI上的Blast进行比对！

序列有点长，是选一部分吗~
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-03 19:29:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limin2012

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
序列长短没有关系，直接在NCBI上比对就可以。峰图上没有杂峰，或碱基缺失的就可以用。
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-04 09:02:02
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mada1986

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
celia2012: 金币+3 2012-08-04 09:32:52
http://nocardia.nih.go.jp/fp4/ 这是韩国的一个菌种鉴定的二级数据库，和NCBI连接的，用起来很方便，结过比NCBI里Blast结果直观一些，但是只包括了标准菌株。使用的时候需要注册一下，填上邮箱即可，还能自动保存检索结果 推荐新手使用，在框里贴上序列，然后点cookin'就可以了
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-04 09:20:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

celia2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by limin2012 at 2012-08-04 09:02:02
序列长短没有关系，直接在NCBI上比对就可以。峰图上没有杂峰，或碱基缺失的就可以用。

比对出来，怎么看结果啊，好多一样的，100%的
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-04 09:58:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eagles123

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by celia2012 at 2012-08-04 09:58:44
比对出来，怎么看结果啊，好多一样的，100%的...

你看成coverage那一项了吧， 要看最后一项 identity
赞一下 回复此楼
8楼2012-08-04 10:22:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你看成coverage哪项了吧， 要看最后一项 identity
赞一下 回复此楼
9楼2012-08-04 10:23:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

celia2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by eagles123 at 2012-08-04 10:23:59
你看成coverage哪项了吧， 要看最后一项 identity

峰从50到七百百这样是正常的，前段后后端就不行了，那是拿中间正常的那段去比对吗？
赞一下 回复此楼
10楼2012-08-04 10:41:21
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 celia2012 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭