应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】关于序列去genbank比对的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
121/2返回列表12下一页
查看: 2022  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fanta911

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于序列去genbank比对的问题 已有9人参与

看得好多虫虫求助关于，序列比对，ITS菌种鉴定的问题，可是好像一直都没有得到解决啊，希望了解这一块的同学，能给我们不是很懂的人一些指点，相互交流一下，诚挚感谢。
在做系统发育分析的时候，常遇到这么几个问题，
1，做出来的树不知道该如何确定待测的菌株与已知菌株的关系，也就是说如何确定该菌株是属于这个属或者这个科，是根据进化距离嘛？
2，拿自己的菌株的ITS序列去genbank比对的时候，有时候大部分是不相关的uncultured fungi，这种情况怎么找到相关的菌株啊，有一个identity值，一般多少是可用的啊，多少可以订到属，多少可以定到科呢？
本人外行，刚刚涉及到这一块，不知道大家能看懂么，也可能问题比较低级见笑了。

[ Last edited by fanta911 on 2010-7-12 at 20:14 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-07-12 10:23:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xbtwomen
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997:请虫友不要纯表发帖。 2010-07-12 15:05:21
2楼2010-07-12 10:27:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanta911

新虫 (初入文坛)
怎么没人顶啊，希望帖子不要沉下去哦。
赞一下 回复此楼
3楼2010-07-12 12:15:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanta911

新虫 (初入文坛)
大家辛苦，回相关的内容就有金币哦，高手小弟也不会吝惜金币的
赞一下 回复此楼
4楼2010-07-12 12:17:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qiangfeng

金虫 (小有名气)
★
fanta911(金币+1):谢谢参与
对于系统进发育分析，我也不太懂，希望有高手来解答之。
让我们也学习学习。。。。
赞一下(1人) 回复此楼
顺势而行，问心无愧！
5楼2010-07-12 14:55:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

diaoyuhua

金虫 (小有名气)
★
fanta911(金币+1):谢谢参与
本人不太懂，帮你顶下
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-07-12 18:04:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guixiaohua

禁虫 (小有名气)
★ ★
fanta911(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+1):感谢分享经验~ 2010-07-12 19:18:46
本帖内容被屏蔽
7楼2010-07-12 19:12:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

senoy

木虫 (正式写手)
★
fanta911(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by guixiaohua at 2010-07-12 19:12:07:
我刚做过菌种鉴定，整个过程是这样的，你先利用16Sr RNA通用引物进行PCR，得到16Sr RNA，然后进行测序，得到序列后，你跟NCBI基因库进行比对，一般排前面的可能性大，你做了16后，还要做其他的，比方说5 ，以及IT ...

请问16r rna通用引物序列是什么？
然后你PCR得到的是转录16R RNA的基因吧？
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-07-12 19:19:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingn

木虫 (正式写手)
★
fanta911(金币+1):谢谢参与
做过序列比对，但是没做过进化树，这个要找作进化的人才知道
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-07-12 19:43:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guixiaohua

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
10楼2010-07-12 19:56:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fanta911 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +4 张.1 2026-04-05 4/200 2026-04-05 15:29 by 今天星期八LQ
[考研] 312求调剂 +3 Say Never 2026-04-04 3/150 2026-04-05 11:19 by guoweigw
[考研] 电子信息调剂交叉学科有推荐吗 +6 jhtfeybgj 2026-04-01 9/450 2026-04-05 11:13 by 猪会飞
[考研] 288环境专硕,求调材料方向 +13 lllllos 2026-04-04 14/700 2026-04-04 23:34 by lqwchd
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-02 13/650 2026-04-04 23:10 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +7 xzghyuj 2026-04-04 7/350 2026-04-04 22:25 by oooqiao
[考研] 调剂 +11 JLLLLLLLLLL 2026-04-03 11/550 2026-04-04 22:21 by hemengdong
[考研] 求调剂 +4 晟功? 2026-04-03 4/200 2026-04-04 21:58 by hemengdong
[考研] 一志愿沪9，求生物学调剂，326分 +6 刘墨墨 2026-04-04 6/300 2026-04-04 19:44 by 唐沐儿
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +4 zhouzhen654 2026-04-03 4/200 2026-04-04 18:10 by 猪会飞
[考研] 329求调剂，一志愿西北工业大学，材料工程（085601） +8 小小机灵虫 2026-03-29 14/700 2026-04-03 19:38 by lijunpoly
[考研] 工科341分调剂 +3 洛多罗 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:20 by 1753564080
[考研] 11408，284分，二战真诚求调剂 +4 12.27 2026-04-02 4/200 2026-04-03 14:14 by dxiaoxin
[考研] 330求调剂 +3 白神呜呼呼 2026-04-02 3/150 2026-04-03 10:15 by 蓝云思雨
[考研] 考研调剂 +12 Amber00 2026-03-31 12/600 2026-04-02 09:04 by sanrepian
[考研] 一志愿西安交大材料学硕（英一数二）347，求调剂到高分子/材料相关专业 +7 zju51 2026-03-31 9/450 2026-04-01 19:35 by CFQZAFU
[考研] 一志愿北交材料工程总分358 +5 cs0106 2026-04-01 7/350 2026-04-01 11:45 by wangjy2002
[考研] 求调剂 +8 11ggg 2026-03-30 8/400 2026-03-31 13:56 by nanaliuyun
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
[考研] 调剂 +4 GK72 2026-03-30 4/200 2026-03-30 20:32 by dick_runner
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭