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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】关于序列去genbank比对的问题
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fanta911

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于序列去genbank比对的问题 已有9人参与

看得好多虫虫求助关于，序列比对，ITS菌种鉴定的问题，可是好像一直都没有得到解决啊，希望了解这一块的同学，能给我们不是很懂的人一些指点，相互交流一下，诚挚感谢。
在做系统发育分析的时候，常遇到这么几个问题，
1，做出来的树不知道该如何确定待测的菌株与已知菌株的关系，也就是说如何确定该菌株是属于这个属或者这个科，是根据进化距离嘛？
2，拿自己的菌株的ITS序列去genbank比对的时候，有时候大部分是不相关的uncultured fungi，这种情况怎么找到相关的菌株啊，有一个identity值，一般多少是可用的啊，多少可以订到属，多少可以定到科呢？
本人外行，刚刚涉及到这一块，不知道大家能看懂么，也可能问题比较低级见笑了。

[ Last edited by fanta911 on 2010-7-12 at 20:14 ]
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1楼 2010-07-12 10:23:44
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xbtwomen
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997:请虫友不要纯表发帖。 2010-07-12 15:05:21
2楼2010-07-12 10:27:28
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fanta911

新虫 (初入文坛)
怎么没人顶啊，希望帖子不要沉下去哦。
赞一下 回复此楼
3楼2010-07-12 12:15:17
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fanta911

新虫 (初入文坛)
大家辛苦，回相关的内容就有金币哦，高手小弟也不会吝惜金币的
赞一下 回复此楼
4楼2010-07-12 12:17:58
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qiangfeng

金虫 (小有名气)
★
fanta911(金币+1):谢谢参与
对于系统进发育分析，我也不太懂，希望有高手来解答之。
让我们也学习学习。。。。
赞一下(1人) 回复此楼
顺势而行，问心无愧！
5楼2010-07-12 14:55:40
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diaoyuhua

金虫 (小有名气)
★
fanta911(金币+1):谢谢参与
本人不太懂，帮你顶下
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-07-12 18:04:11
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guixiaohua

禁虫 (小有名气)
★ ★
fanta911(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+1):感谢分享经验~ 2010-07-12 19:18:46
本帖内容被屏蔽
7楼2010-07-12 19:12:07
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senoy

木虫 (正式写手)
★
fanta911(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by guixiaohua at 2010-07-12 19:12:07:
我刚做过菌种鉴定，整个过程是这样的，你先利用16Sr RNA通用引物进行PCR，得到16Sr RNA，然后进行测序，得到序列后，你跟NCBI基因库进行比对，一般排前面的可能性大，你做了16后，还要做其他的，比方说5 ，以及IT ...

请问16r rna通用引物序列是什么？
然后你PCR得到的是转录16R RNA的基因吧？
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-07-12 19:19:44
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lingn

木虫 (正式写手)
★
fanta911(金币+1):谢谢参与
做过序列比对，但是没做过进化树，这个要找作进化的人才知道
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-07-12 19:43:00
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guixiaohua

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
10楼2010-07-12 19:56:08
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