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【求助/交流】关于序列去genbank比对的问题 已有9人参与
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看得好多虫虫求助关于，序列比对，ITS菌种鉴定的问题，可是好像一直都没有得到解决啊，希望了解这一块的同学，能给我们不是很懂的人一些指点，相互交流一下，诚挚感谢。 在做系统发育分析的时候，常遇到这么几个问题， 1，做出来的树不知道该如何确定待测的菌株与已知菌株的关系，也就是说如何确定该菌株是属于这个属或者这个科，是根据进化距离嘛？ 2，拿自己的菌株的ITS序列去genbank比对的时候，有时候大部分是不相关的uncultured fungi，这种情况怎么找到相关的菌株啊，有一个identity值，一般多少是可用的啊，多少可以订到属，多少可以定到科呢？ 本人外行，刚刚涉及到这一块，不知道大家能看懂么，也可能问题比较低级见笑了。 [ Last edited by fanta911 on 2010-7-12 at 20:14 ] |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997:请虫友不要纯表发帖。 2010-07-12 15:05:21
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997:请虫友不要纯表发帖。 2010-07-12 15:05:21
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2楼2010-07-12 10:27:28
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qiangfeng
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fanta911(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+1):感谢分享经验~ 2010-07-12 19:18:46
fanta911(金币+1):谢谢参与
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7楼2010-07-12 19:12:07
senoy
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