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fanta911

新虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助/交流】关于序列去genbank比对的问题已有9人参与

看得好多虫虫求助关于，序列比对，ITS菌种鉴定的问题，可是好像一直都没有得到解决啊，希望了解这一块的同学，能给我们不是很懂的人一些指点，相互交流一下，诚挚感谢。
在做系统发育分析的时候，常遇到这么几个问题，
1，做出来的树不知道该如何确定待测的菌株与已知菌株的关系，也就是说如何确定该菌株是属于这个属或者这个科，是根据进化距离嘛？
2，拿自己的菌株的ITS序列去genbank比对的时候，有时候大部分是不相关的uncultured fungi，这种情况怎么找到相关的菌株啊，有一个identity值，一般多少是可用的啊，多少可以订到属，多少可以定到科呢？
本人外行，刚刚涉及到这一块，不知道大家能看懂么，也可能问题比较低级见笑了。

[ Last edited by fanta911 on 2010-7-12 at 20:14 ]

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1楼2010-07-12 10:23:44

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senoy

木虫 (正式写手)

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fanta911(金币+1):谢谢参与

引用回帖:

Originally posted by guixiaohua at 2010-07-12 19:12:07:
我刚做过菌种鉴定，整个过程是这样的，你先利用16Sr RNA通用引物进行PCR，得到16Sr RNA，然后进行测序，得到序列后，你跟NCBI基因库进行比对，一般排前面的可能性大，你做了16后，还要做其他的，比方说5 ，以及IT ...

请问16r rna通用引物序列是什么？
然后你PCR得到的是转录16R RNA的基因吧？