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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何从GENBANK上查询菌株的的Acession No
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clearth

木虫之王 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】如何从GENBANK上查询菌株的的Acession No

我从DGGE上对条带进行切割、测序后到NCBI上BLAST，获得相似性最高的菌株排列（图一和二），但不知从哪里获得Acession No，应该不是图一中的第一列，也不是图二中的ACCESSION那一行吧。我看到文献上Acession No一般都是“2个字母+5个阿拉伯数字”的形式，烦请各路大侠赐教！




[ Last edited by scelab on 2011-4-5 at 10:39 ]
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1楼 2011-04-05 08:38:26
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)
★ ★ ★
rainwander(金币+3): 鼓励交流~~ 2011-04-05 12:07:06
clearth(金币+10): 2011-04-05 17:09:05
你说的这些可以
只是有些小小的区别
比较长的那些是做全基因组测序的时候的片段编号
带下划线的是NCBI ref no，写文章时这些都可以用

建议用图1的，NC_014976是全基因组的no，你的片段没这么长
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2楼2011-04-05 10:37:42
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biogas

木虫 (初入文坛)

ACCESSION

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wolfebst(金币+1): 谢谢你的支持 2011-04-08 11:17:15
ACCESSION

序列记录的唯一识别码，常由字母和数字组成，不会改变，RefSeq（专家标释）数据库中的登录号为两个字母跟一下划线后加6个或更多数字组成
如  NT_123456        指constructed genomic  contigs
       NM_123456      指mRNAs
       NP_123456        指proteins
       NC_123456        指chromosomes
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3楼2011-04-06 18:03:08
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)
看不见你的图，呵呵
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4楼2011-04-08 09:37:36
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
rainwander(金币+1): 鼓励 2011-04-09 14:26:12
你这个在比对的时候没有设置好参数吧，比对结果都是genome，DGGE比出来的应该是16S rRNA gene partial sequence.
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5楼2011-04-09 11:55:27
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clearth

木虫之王 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mirror3895 at 2011-04-09 11:55:27:
你这个在比对的时候没有设置好参数吧，比对结果都是genome，DGGE比出来的应该是16S rRNA gene partial sequence.

请问应该怎么设置参数呢？
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6楼2011-04-11 19:03:10
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