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【求助/交流】如何从GENBANK上查询菌株的的Acession No
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clearth
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[交流]
【求助/交流】如何从GENBANK上查询菌株的的Acession No
我从DGGE上对条带进行切割、测序后到NCBI上BLAST,获得相似性最高的菌株排列(图一和二),但不知从哪里获得Acession No,应该不是图一中的第一列,也不是图二中的ACCESSION那一行吧。我看到文献上Acession No一般都是“2个字母+5个阿拉伯数字”的形式,烦请各路大侠赐教!
[
Last edited by scelab on 2011-4-5 at 10:39
]
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2011-04-05 08:38:26
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ACCESSION
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):给个红包,谢谢回帖交流
wolfebst(金币+1): 谢谢你的支持 2011-04-08 11:17:15
ACCESSION
序列记录的唯一识别码,常由字母和数字组成,不会改变,RefSeq(专家标释)数据库中的登录号为两个字母跟一下划线后加6个或更多数字组成
如 NT_123456 指constructed genomic contigs
NM_123456 指mRNAs
NP_123456 指proteins
NC_123456 指chromosomes
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3楼
2011-04-06 18:03:08
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scelab
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rainwander(金币+3): 鼓励交流~~ 2011-04-05 12:07:06
clearth(金币+10): 2011-04-05 17:09:05
你说的这些可以
只是有些小小的区别
比较长的那些是做全基因组测序的时候的片段编号
带下划线的是NCBI ref no,写文章时这些都可以用
建议用图1的,NC_014976是全基因组的no,你的片段没这么长
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2楼
2011-04-05 10:37:42
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看不见你的图,呵呵
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2011-04-08 09:37:36
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):给个红包,谢谢回帖交流
rainwander(金币+1): 鼓励 2011-04-09 14:26:12
你这个在比对的时候没有设置好参数吧,比对结果都是genome,DGGE比出来的应该是16S rRNA gene partial sequence.
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2011-04-09 11:55:27
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