应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 进化树绘制求助
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 1843  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树绘制求助

各位虫友，最近有mega5绘制微生物进化树，发现两个问题不知怎么处理，希望有经验的朋友能给予指导：
1.我是通过将菌株序列与ncbi比对好，选取约20个max identity最大的进行比对，结果发现未知菌与最相近的菌前边的横线只有60多，最少的20多，不知什么原因？
1.同上，一些菌株最近的是uncultured bacterium。。。这又是什么原因？
急求有经验的虫友指导！
谢谢各位！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
1楼 2011-07-11 22:33:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-07-12 14:55:49
横线上面的数字不代表相似性，而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌，这个很正常。

另外，请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。如果是反向互补的，那么你做的树就不对了。
赞一下 回复此楼
2楼2011-07-12 09:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-12 09:01:47:
横线上面的数字不代表相似性，而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌，这个很正常。

另外，请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。 ...

谢谢！我看了一些文献前边的数字都是90多，做一很疑惑，如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢？
赞一下 回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
3楼2011-07-12 14:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
同志们，熟悉的出来吼两声
赞一下 回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
4楼2011-07-13 08:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-12 14:57:42:
谢谢！我看了一些文献前边的数字都是90多，做一很疑惑，如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢？

那就看相似性是多少了，如果低于97%，就不能确定是什么菌种了。
赞一下 回复此楼
5楼2011-07-13 09:09:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励交流 2011-07-13 16:07:27
你选择别的一些菌试试，60多其实还是可以的，一般50以上的都还可以，就是说比例占到一半以上了；
你的很多都很小，说明你用的这些序列之间不好分开，那就再选择不同的菌序列试试了……还有，个人认为，你用来建树的序列，尽量不要选择uncultrued,那些序列，别人都不能确定是什么东西，你选择上去能用它来证明你自己的序列是什么吗？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-07-13 09:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-13 09:23:54:
你选择别的一些菌试试，60多其实还是可以的，一般50以上的都还可以，就是说比例占到一半以上了；
你的很多都很小，说明你用的这些序列之间不好分开，那就再选择不同的菌序列试试了……还有，个人认为，你用来建树 ...

多谢你的建议，我使用MEGA做的，这种软件做出来的权威吗？发文章时别人后不会质疑这种软件？
赞一下 回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
7楼2011-07-13 10:44:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-13 09:09:05:
那就看相似性是多少了，如果低于97%，就不能确定是什么菌种了。

嗯，谢谢你的建议
回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
8楼2011-07-13 10:44:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-13 10:44:40:
多谢你的建议，我使用MEGA做的，这种软件做出来的权威吗？发文章时别人后不会质疑这种软件？

MEGA做树，软件不会受到质疑，这软件估计是现在最受欢迎的NJ软件之一了。。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lihongyeer
9楼2011-07-13 11:37:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-13 11:37:02:
MEGA做树，软件不会受到质疑，这软件估计是现在最受欢迎的NJ软件之一了。。

好的，多谢啦
回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
10楼2011-07-13 11:50:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lihongyeer 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 348求调剂 +6 wukira 2026-04-04 6/300 2026-04-05 18:11 by 猪会飞
[考研] 生物与医药调剂 +3 十七sa 2026-04-05 3/150 2026-04-05 13:28 by jp9609
[考研] 调剂求助 +10 想换手机不想解� 2026-04-02 13/650 2026-04-05 09:41 by sam3303
[考研] 男生，一志愿沪9生物学071000，初试308求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:26 by barlinike
[考研] 286求调剂 +3 草木不言 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:40 by lbsjt
[考研] 考研调剂 +4 美丽的youth_ 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:16 by imissbao
[考研] 求调剂 +3 农业工程与信息� 2026-04-04 3/150 2026-04-04 12:19 by 舍而后得
[考研] 268求调剂 +8 你好tg 2026-04-03 9/450 2026-04-04 05:08 by gswylq
[考研] 材料科学与工程考研 +10 拯救皮特托先生 2026-04-02 10/500 2026-04-03 23:57 by userper
[考研] 322求调剂 +6 FZAC123 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:23 by 科研小专家
[考研] 考研调剂 +3 Draa 2026-04-03 3/150 2026-04-03 17:37 by hgwz7468
[考研] 一志愿中国科学院大学265求调剂 +9 恬淡ye 2026-03-31 10/500 2026-04-03 11:10 by txp1986
[考研] 303求调剂 +3 一色清羽 2026-04-02 4/200 2026-04-03 10:22 by 蓝云思雨
[考研] 材料专硕322分 +11 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 11/550 2026-04-02 10:52 by lnilvy
[考研] 一志愿安徽大学计算机科学与技术学硕，331分求调剂 +5 蒋昌鹏qtj 2026-04-01 5/250 2026-04-02 08:10 by fxue1114
[考研] 一志愿西安交大材料学硕（英一数二）347，求调剂到高分子/材料相关专业 +7 zju51 2026-03-31 9/450 2026-04-01 19:35 by CFQZAFU
[考研] 085600 一志愿9 总分351 求调剂学校 +7 czhcz 2026-03-31 9/450 2026-04-01 19:24 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +4 图鉴212 2026-03-30 5/250 2026-04-01 15:32 by 图鉴212
[考研] 322求调剂 +8 三水sss 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:19 by 唐沐儿
[考研] 085601 329分调剂 +6 yzsa12 2026-03-31 6/300 2026-03-31 15:23 by yanflower7133
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭