24小时热门版块排行榜    

查看: 1717  |  回复: 9

lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树绘制求助

各位虫友,最近有mega5绘制微生物进化树,发现两个问题不知怎么处理,希望有经验的朋友能给予指导:
1.我是通过将菌株序列与ncbi比对好,选取约20个max identity最大的进行比对,结果发现未知菌与最相近的菌前边的横线只有60多,最少的20多,不知什么原因?
1.同上,一些菌株最近的是uncultured bacterium。。。这又是什么原因?
急求有经验的虫友指导!
谢谢各位!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-07-12 14:55:49
横线上面的数字不代表相似性,而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌,这个很正常。

另外,请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。如果是反向互补的,那么你做的树就不对了。
2楼2011-07-12 09:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-12 09:01:47:
横线上面的数字不代表相似性,而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌,这个很正常。

另外,请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。 ...

谢谢!我看了一些文献前边的数字都是90多,做一很疑惑,如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢?
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
3楼2011-07-12 14:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

同志们,熟悉的出来吼两声
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
4楼2011-07-13 08:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-12 14:57:42:
谢谢!我看了一些文献前边的数字都是90多,做一很疑惑,如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢?

那就看相似性是多少了,如果低于97%,就不能确定是什么菌种了。
5楼2011-07-13 09:09:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励交流 2011-07-13 16:07:27
你选择别的一些菌试试,60多其实还是可以的,一般50以上的都还可以,就是说比例占到一半以上了;
你的很多都很小,说明你用的这些序列之间不好分开,那就再选择不同的菌序列试试了……还有,个人认为,你用来建树的序列,尽量不要选择uncultrued,那些序列,别人都不能确定是什么东西,你选择上去能用它来证明你自己的序列是什么吗?
6楼2011-07-13 09:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-13 09:23:54:
你选择别的一些菌试试,60多其实还是可以的,一般50以上的都还可以,就是说比例占到一半以上了;
你的很多都很小,说明你用的这些序列之间不好分开,那就再选择不同的菌序列试试了……还有,个人认为,你用来建树 ...

多谢你的建议,我使用MEGA做的,这种软件做出来的权威吗?发文章时别人后不会质疑这种软件?
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
7楼2011-07-13 10:44:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-13 09:09:05:
那就看相似性是多少了,如果低于97%,就不能确定是什么菌种了。

嗯,谢谢你的建议
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
8楼2011-07-13 10:44:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-13 10:44:40:
多谢你的建议,我使用MEGA做的,这种软件做出来的权威吗?发文章时别人后不会质疑这种软件?

MEGA做树,软件不会受到质疑,这软件估计是现在最受欢迎的NJ软件之一了。。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

9楼2011-07-13 11:37:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-13 11:37:02:
MEGA做树,软件不会受到质疑,这软件估计是现在最受欢迎的NJ软件之一了。。

好的,多谢啦
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
10楼2011-07-13 11:50:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lihongyeer 的主题更新
信息提示
请填处理意见