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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 进化树绘制求助
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lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树绘制求助

各位虫友，最近有mega5绘制微生物进化树，发现两个问题不知怎么处理，希望有经验的朋友能给予指导：
1.我是通过将菌株序列与ncbi比对好，选取约20个max identity最大的进行比对，结果发现未知菌与最相近的菌前边的横线只有60多，最少的20多，不知什么原因？
1.同上，一些菌株最近的是uncultured bacterium。。。这又是什么原因？
急求有经验的虫友指导！
谢谢各位！
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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
1楼 2011-07-11 22:33:36
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-07-12 14:55:49
横线上面的数字不代表相似性，而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌，这个很正常。

另外，请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。如果是反向互补的，那么你做的树就不对了。
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2楼2011-07-12 09:01:47
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lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-12 09:01:47:
横线上面的数字不代表相似性，而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌，这个很正常。

另外，请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。 ...

谢谢！我看了一些文献前边的数字都是90多，做一很疑惑，如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢？
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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
3楼2011-07-12 14:57:42
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lihongyeer

金虫 (正式写手)
同志们，熟悉的出来吼两声
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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
4楼2011-07-13 08:39:15
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-12 14:57:42:
谢谢！我看了一些文献前边的数字都是90多，做一很疑惑，如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢？

那就看相似性是多少了，如果低于97%，就不能确定是什么菌种了。
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5楼2011-07-13 09:09:05
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励交流 2011-07-13 16:07:27
你选择别的一些菌试试，60多其实还是可以的，一般50以上的都还可以，就是说比例占到一半以上了；
你的很多都很小，说明你用的这些序列之间不好分开，那就再选择不同的菌序列试试了……还有，个人认为，你用来建树的序列，尽量不要选择uncultrued,那些序列，别人都不能确定是什么东西，你选择上去能用它来证明你自己的序列是什么吗？
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6楼2011-07-13 09:23:54
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lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-13 09:23:54:
你选择别的一些菌试试，60多其实还是可以的，一般50以上的都还可以，就是说比例占到一半以上了；
你的很多都很小，说明你用的这些序列之间不好分开，那就再选择不同的菌序列试试了……还有，个人认为，你用来建树 ...

多谢你的建议，我使用MEGA做的，这种软件做出来的权威吗？发文章时别人后不会质疑这种软件？
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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
7楼2011-07-13 10:44:40
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lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-13 09:09:05:
那就看相似性是多少了，如果低于97%，就不能确定是什么菌种了。

嗯，谢谢你的建议
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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
8楼2011-07-13 10:44:57
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-13 10:44:40:
多谢你的建议，我使用MEGA做的，这种软件做出来的权威吗？发文章时别人后不会质疑这种软件？

MEGA做树，软件不会受到质疑，这软件估计是现在最受欢迎的NJ软件之一了。。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lihongyeer
9楼2011-07-13 11:37:02
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lihongyeer

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-13 11:37:02:
MEGA做树，软件不会受到质疑，这软件估计是现在最受欢迎的NJ软件之一了。。

好的，多谢啦
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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
10楼2011-07-13 11:50:40
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