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lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树绘制求助

各位虫友,最近有mega5绘制微生物进化树,发现两个问题不知怎么处理,希望有经验的朋友能给予指导:
1.我是通过将菌株序列与ncbi比对好,选取约20个max identity最大的进行比对,结果发现未知菌与最相近的菌前边的横线只有60多,最少的20多,不知什么原因?
1.同上,一些菌株最近的是uncultured bacterium。。。这又是什么原因?
急求有经验的虫友指导!
谢谢各位!
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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励交流 2011-07-13 16:07:27
你选择别的一些菌试试,60多其实还是可以的,一般50以上的都还可以,就是说比例占到一半以上了;
你的很多都很小,说明你用的这些序列之间不好分开,那就再选择不同的菌序列试试了……还有,个人认为,你用来建树的序列,尽量不要选择uncultrued,那些序列,别人都不能确定是什么东西,你选择上去能用它来证明你自己的序列是什么吗?
6楼2011-07-13 09:23:54
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-07-12 14:55:49
横线上面的数字不代表相似性,而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌,这个很正常。

另外,请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。如果是反向互补的,那么你做的树就不对了。
2楼2011-07-12 09:01:47
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lihongyeer

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-12 09:01:47:
横线上面的数字不代表相似性,而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌,这个很正常。

另外,请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。 ...

谢谢!我看了一些文献前边的数字都是90多,做一很疑惑,如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢?
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
3楼2011-07-12 14:57:42
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lihongyeer

金虫 (正式写手)

同志们,熟悉的出来吼两声
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
4楼2011-07-13 08:39:15
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