应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 进化树绘制求助
51/1返回列表
查看: 2289  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树绘制求助

各位虫友，最近有mega5绘制微生物进化树，发现两个问题不知怎么处理，希望有经验的朋友能给予指导：
1.我是通过将菌株序列与ncbi比对好，选取约20个max identity最大的进行比对，结果发现未知菌与最相近的菌前边的横线只有60多，最少的20多，不知什么原因？
1.同上，一些菌株最近的是uncultured bacterium。。。这又是什么原因？
急求有经验的虫友指导！
谢谢各位！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
1楼 2011-07-11 22:33:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励交流 2011-07-13 16:07:27
你选择别的一些菌试试，60多其实还是可以的，一般50以上的都还可以，就是说比例占到一半以上了；
你的很多都很小，说明你用的这些序列之间不好分开，那就再选择不同的菌序列试试了……还有，个人认为，你用来建树的序列，尽量不要选择uncultrued,那些序列，别人都不能确定是什么东西，你选择上去能用它来证明你自己的序列是什么吗？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-07-13 09:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-07-12 14:55:49
横线上面的数字不代表相似性，而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌，这个很正常。

另外，请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。如果是反向互补的，那么你做的树就不对了。
赞一下 回复此楼
2楼2011-07-12 09:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-12 09:01:47:
横线上面的数字不代表相似性，而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌，这个很正常。

另外，请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。 ...

谢谢！我看了一些文献前边的数字都是90多，做一很疑惑，如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢？
赞一下 回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
3楼2011-07-12 14:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
同志们，熟悉的出来吼两声
赞一下 回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
4楼2011-07-13 08:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 4/200 2026-11-07 16:50 by Xc2FxHsHkBNc
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 6/300 2026-11-07 15:44 by Xc2FxHsHkBNc
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”：确已离世，正核实举报内容 +3 yexuqing 2026-11-04 5/250 2026-11-07 13:22 by 苏东坡二世
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 23/1150 2026-11-07 06:49 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +10 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 22/1100 2026-11-06 17:18 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 7/350 2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 17/850 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 11/550 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 10/500 2026-11-06 05:32 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 12/600 2026-11-06 05:32 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 kvewwGtKktqB 2026-11-04 11/550 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 10/500 2026-11-06 01:51 by qL1cU46YIdK0
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-05 11:10 by PYZmcHr5kSaq
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭