24小时热门版块排行榜    

查看: 1814  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树绘制求助

各位虫友,最近有mega5绘制微生物进化树,发现两个问题不知怎么处理,希望有经验的朋友能给予指导:
1.我是通过将菌株序列与ncbi比对好,选取约20个max identity最大的进行比对,结果发现未知菌与最相近的菌前边的横线只有60多,最少的20多,不知什么原因?
1.同上,一些菌株最近的是uncultured bacterium。。。这又是什么原因?
急求有经验的虫友指导!
谢谢各位!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励交流 2011-07-13 16:07:27
你选择别的一些菌试试,60多其实还是可以的,一般50以上的都还可以,就是说比例占到一半以上了;
你的很多都很小,说明你用的这些序列之间不好分开,那就再选择不同的菌序列试试了……还有,个人认为,你用来建树的序列,尽量不要选择uncultrued,那些序列,别人都不能确定是什么东西,你选择上去能用它来证明你自己的序列是什么吗?
6楼2011-07-13 09:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-07-12 14:55:49
横线上面的数字不代表相似性,而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌,这个很正常。

另外,请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。如果是反向互补的,那么你做的树就不对了。
2楼2011-07-12 09:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-12 09:01:47:
横线上面的数字不代表相似性,而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌,这个很正常。

另外,请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。 ...

谢谢!我看了一些文献前边的数字都是90多,做一很疑惑,如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢?
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
3楼2011-07-12 14:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

同志们,熟悉的出来吼两声
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
4楼2011-07-13 08:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +17 不知道叫什么! 2026-03-15 19/950 2026-03-19 15:06 by 尽舜尧1
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 一志愿985,本科211,0817化学工程与技术319求调剂 +10 Liwangman 2026-03-15 10/500 2026-03-19 10:25 by 无际的草原
[考研] 304求调剂 +6 司空. 2026-03-18 6/300 2026-03-18 23:03 by 星空星月
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +3 xbxudjdn 2026-03-18 3/150 2026-03-18 22:14 by zhq0425
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +8 Ncdx123456 2026-03-13 9/450 2026-03-18 14:40 by haxia
[考研] 297求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-17 8/400 2026-03-18 14:30 by laoshidan
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家,不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 招收0805(材料)调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
信息提示
请填处理意见