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lihongyeer

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[求助] 进化树绘制求助

各位虫友，最近有mega5绘制微生物进化树，发现两个问题不知怎么处理，希望有经验的朋友能给予指导：
1.我是通过将菌株序列与ncbi比对好，选取约20个max identity最大的进行比对，结果发现未知菌与最相近的菌前边的横线只有60多，最少的20多，不知什么原因？
1.同上，一些菌株最近的是uncultured bacterium。。。这又是什么原因？
急求有经验的虫友指导！
谢谢各位！

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Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！

1楼 2011-07-11 22:33:36

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lihongyeer

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引用回帖:

Originally posted by xiadongliang at 2011-07-12 09:01:47:
横线上面的数字不代表相似性，而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌，这个很正常。

另外，请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。 ...

谢谢！我看了一些文献前边的数字都是90多，做一很疑惑，如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢？