应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 进化树绘制求助
101/1返回列表
查看: 1808  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树绘制求助

各位虫友，最近有mega5绘制微生物进化树，发现两个问题不知怎么处理，希望有经验的朋友能给予指导：
1.我是通过将菌株序列与ncbi比对好，选取约20个max identity最大的进行比对，结果发现未知菌与最相近的菌前边的横线只有60多，最少的20多，不知什么原因？
1.同上，一些菌株最近的是uncultured bacterium。。。这又是什么原因？
急求有经验的虫友指导！
谢谢各位！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
1楼 2011-07-11 22:33:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-07-12 14:55:49
横线上面的数字不代表相似性，而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌，这个很正常。

另外，请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。如果是反向互补的，那么你做的树就不对了。
赞一下 回复此楼
2楼2011-07-12 09:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-12 09:01:47:
横线上面的数字不代表相似性，而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌，这个很正常。

另外，请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。 ...

谢谢！我看了一些文献前边的数字都是90多，做一很疑惑，如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢？
赞一下 回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
3楼2011-07-12 14:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
同志们，熟悉的出来吼两声
赞一下 回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
4楼2011-07-13 08:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-12 14:57:42:
谢谢！我看了一些文献前边的数字都是90多，做一很疑惑，如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢？

那就看相似性是多少了，如果低于97%，就不能确定是什么菌种了。
赞一下 回复此楼
5楼2011-07-13 09:09:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励交流 2011-07-13 16:07:27
你选择别的一些菌试试，60多其实还是可以的，一般50以上的都还可以，就是说比例占到一半以上了；
你的很多都很小，说明你用的这些序列之间不好分开，那就再选择不同的菌序列试试了……还有，个人认为，你用来建树的序列，尽量不要选择uncultrued,那些序列，别人都不能确定是什么东西，你选择上去能用它来证明你自己的序列是什么吗？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-07-13 09:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-13 09:23:54:
你选择别的一些菌试试，60多其实还是可以的，一般50以上的都还可以，就是说比例占到一半以上了；
你的很多都很小，说明你用的这些序列之间不好分开，那就再选择不同的菌序列试试了……还有，个人认为，你用来建树 ...

多谢你的建议，我使用MEGA做的，这种软件做出来的权威吗？发文章时别人后不会质疑这种软件？
赞一下 回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
7楼2011-07-13 10:44:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-13 09:09:05:
那就看相似性是多少了，如果低于97%，就不能确定是什么菌种了。

嗯，谢谢你的建议
回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
8楼2011-07-13 10:44:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-13 10:44:40:
多谢你的建议，我使用MEGA做的，这种软件做出来的权威吗？发文章时别人后不会质疑这种软件？

MEGA做树，软件不会受到质疑，这软件估计是现在最受欢迎的NJ软件之一了。。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lihongyeer
9楼2011-07-13 11:37:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-13 11:37:02:
MEGA做树，软件不会受到质疑，这软件估计是现在最受欢迎的NJ软件之一了。。

好的，多谢啦
回复此楼
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful！
10楼2011-07-13 11:50:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lihongyeer 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-18 3/150 2026-03-19 14:42 by peike
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +12 rare12345 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:41 by peike
[考研] 材料080500调剂求收留 +4 一颗meteor 2026-03-13 4/200 2026-03-19 10:32 by 30660438
[考研] 274求调剂 +6 S.H1 2026-03-18 6/300 2026-03-19 09:34 by 花店相见
[考研] 0703化学调剂 +8 妮妮ninicgb 2026-03-15 12/600 2026-03-19 05:55 by anny19840123
[考研] 0703化学 305求调剂 +4 FY_yy 2026-03-14 4/200 2026-03-19 05:54 by anny19840123
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 302求调剂 +10 呼呼呼。。。。 2026-03-17 10/500 2026-03-18 12:45 by Linda Hu
[基金申请] 被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了 +4 beefly 2026-03-14 4/200 2026-03-17 22:04 by 黄鸟于飞Chao
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-12 4/200 2026-03-12 19:33 by 求调剂zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭