24小时热门版块排行榜    

查看: 1812  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

[求助] 进化树绘制求助

各位虫友,最近有mega5绘制微生物进化树,发现两个问题不知怎么处理,希望有经验的朋友能给予指导:
1.我是通过将菌株序列与ncbi比对好,选取约20个max identity最大的进行比对,结果发现未知菌与最相近的菌前边的横线只有60多,最少的20多,不知什么原因?
1.同上,一些菌株最近的是uncultured bacterium。。。这又是什么原因?
急求有经验的虫友指导!
谢谢各位!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-07-13 11:37:02:
MEGA做树,软件不会受到质疑,这软件估计是现在最受欢迎的NJ软件之一了。。

好的,多谢啦
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
10楼2011-07-13 11:50:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lihongyeer(金币+2): 2011-07-12 14:55:49
横线上面的数字不代表相似性,而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌,这个很正常。

另外,请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。如果是反向互补的,那么你做的树就不对了。
2楼2011-07-12 09:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-12 09:01:47:
横线上面的数字不代表相似性,而是代表的进化距离吧。这个不用考虑太多。

uncultured bacterium是数据库中未培养细菌,这个很正常。

另外,请确认你的DNA序列和你下载下来的NCBI中的序列是否是同一个方向。 ...

谢谢!我看了一些文献前边的数字都是90多,做一很疑惑,如果菌株和uncultured bacterium最相似这个又怎么处理呢?
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
3楼2011-07-12 14:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

同志们,熟悉的出来吼两声
Strivetomakeeverydayjoyfulandmeaningful!
4楼2011-07-13 08:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +12 陌の森林 2026-03-18 12/600 2026-03-19 17:55 by 绿色低碳化学
[考研] 一志愿天大材料与化工(085600)总分338 +5 蔡大美女 2026-03-13 5/250 2026-03-19 10:44 by 是小刘呀~
[考研] 332求调剂 +3 ydfyh 2026-03-17 3/150 2026-03-19 10:14 by 功夫疯狂
[考研] 材料专硕英一数二306 +5 z1z2z3879 2026-03-18 5/250 2026-03-19 07:43 by BruceLiu320
[考研] 330求调剂 +3 小材化本科 2026-03-18 3/150 2026-03-18 21:55 by 无懈可击111
[考研] 344求调剂 +6 knight344 2026-03-16 7/350 2026-03-18 20:13 by walc
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 085601专硕,总分342求调剂,地区不限 +5 share_joy 2026-03-16 5/250 2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 297求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-17 8/400 2026-03-18 14:30 by laoshidan
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 0703化学求调剂 总分331 +3 ZY-05 2026-03-13 3/150 2026-03-18 10:58 by macy2011
[考研] 265求调剂 +3 梁梁校校 2026-03-17 3/150 2026-03-18 09:12 by zhukairuo
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
信息提示
请填处理意见