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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】构建进化树前序列的处理问题
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飞扬886

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】构建进化树前序列的处理问题

在构建进化树之前，比对好的序列往往需要处理一下，比如去除gaps等，但是不知道通常需要处理到一个什么样的程度比较合适？序列相似性比较低的区域是否也要去除呢，去掉太多序列会不会影响结果。请有经验者指教，谢谢！
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1楼 2011-02-24 17:07:17
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秋电工

新虫 (小有名气)
★
飞扬886(金币+5):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 飞扬886 at 2011-02-24 17:07:17:
在构建进化树之前，比对好的序列往往需要处理一下，比如去除gaps等，但是不知道通常需要处理到一个什么样的程度比较合适？序列相似性比较低的区域是否也要去除呢，去掉太多序列会不会影响结果。请有经验者指教，谢 ...

mega4.0及以后更新版本的全歼中都嵌合了clustal，建树前，进行clustal一下。我这求了份说明书，也是初学，你若有需要我发你一份
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2楼2011-04-15 21:09:41
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haitian0625

金虫 (小有名气)
★
飞扬886(金币+5):谢谢参与
Clustal之后呢，产生的gap是不需要处理的。
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3楼2011-04-16 09:57:56
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ottolzm

木虫 (正式写手)
★
飞扬886(金币+5):谢谢参与
建树前 先进性掐头去尾(用Clustal即可)  然后再利用MEGA建树时选取K-2模型，在这个二参数模型里 有一项 指的是在碰到序列的空位的时候怎么处理？一般的方法是 同时去除 而不选那个选择性去除  这个注意一下就行了
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4楼2011-04-17 22:15:28
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2515164752

新虫 (初入文坛)
★
飞扬886(金币+5): 谢谢参与
引用回帖:
2楼: Originally posted by 秋电工 at 2011-04-15 21:09:41
mega4.0及以后更新版本的全歼中都嵌合了clustal，建树前，进行clustal一下。我这求了份说明书，也是初学，你若有需要我发你一份...

能不能把说明书给我发一份?我要用，邮箱2515164752@qq.com谢谢
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5楼2015-04-07 19:56:11
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648949632

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 秋电工 at 2011-04-15 21:09:41
mega4.0及以后更新版本的全歼中都嵌合了clustal，建树前，进行clustal一下。我这求了份说明书，也是初学，你若有需要我发你一份...

求一份易懂 的说明书或者权威的protocol。我用的是MEGA6
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6楼2015-05-20 16:13:19
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