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【求助/交流】构建进化树前序列的处理问题
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飞扬886
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[交流]
【求助/交流】构建进化树前序列的处理问题
在构建进化树之前,比对好的序列往往需要处理一下,比如去除gaps等,但是不知道通常需要处理到一个什么样的程度比较合适?序列相似性比较低的区域是否也要去除呢,去掉太多序列会不会影响结果。请有经验者指教,谢谢!
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1楼
2011-02-24 17:07:17
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秋电工
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):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by
飞扬886
at 2011-02-24 17:07:17:
在构建进化树之前,比对好的序列往往需要处理一下,比如去除gaps等,但是不知道通常需要处理到一个什么样的程度比较合适?序列相似性比较低的区域是否也要去除呢,去掉太多序列会不会影响结果。请有经验者指教,谢 ...
mega4.0及以后更新版本的全歼中都嵌合了clustal,建树前,进行clustal一下。我这求了份说明书,也是初学,你若有需要我发你一份
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2011-04-15 21:09:41
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haitian0625
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飞扬886(金币
+5
):谢谢参与
Clustal之后呢,产生的gap是不需要处理的。
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3楼
2011-04-16 09:57:56
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ottolzm
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飞扬886(金币
+5
):谢谢参与
建树前 先进性掐头去尾(用Clustal即可) 然后再利用MEGA建树时选取K-2模型,在这个二参数模型里 有一项 指的是在碰到序列的空位的时候怎么处理?一般的方法是 同时去除 而不选那个选择性去除 这个注意一下就行了
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4楼
2011-04-17 22:15:28
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飞扬886(金币+5): 谢谢参与
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2楼
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秋电工
at 2011-04-15 21:09:41
mega4.0及以后更新版本的全歼中都嵌合了clustal,建树前,进行clustal一下。我这求了份说明书,也是初学,你若有需要我发你一份...
能不能把说明书给我发一份?我要用,邮箱2515164752@qq.com谢谢
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5楼
2015-04-07 19:56:11
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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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2楼
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Originally posted by
秋电工
at 2011-04-15 21:09:41
mega4.0及以后更新版本的全歼中都嵌合了clustal,建树前,进行clustal一下。我这求了份说明书,也是初学,你若有需要我发你一份...
求一份易懂 的说明书或者权威的protocol。我用的是MEGA6
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6楼
2015-05-20 16:13:19
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