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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】进化树问题求助（在线等）先谢谢了
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finding1371

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】进化树问题求助（在线等）先谢谢了 已有4人参与

构建进化树，到底是基于核酸序列还是氨基酸序列，还是两者都可以用来建树呢，
比如这句话Phylogenetic tree for the strains of Acinetobacter based on the amino acid sequences of gvrB products by the neighbor-joining method.似乎是用氨基酸序列来建树吗。如果用核酸序列建树有何差异呢，关注理论讲解。真诚谢谢！
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1楼 2010-08-13 19:29:12
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
finding1371(金币+10):谢谢你呀，呵呵 2010-08-13 19:50:45
我认为，如果物种亲缘关系近的话，核酸序列会非常相似，可能建树就比较乱，物种亲缘关系远的话， amino序列也不会相关太大，可以建树，还有，有些基因不可以转化为amino，只能用核苷酸了……
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2楼2010-08-13 19:41:31
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finding1371

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2010-08-13 19:41:31:
我认为，如果物种亲缘关系近的话，核酸序列会非常相似，可能建树就比较乱，物种亲缘关系远的话， amino序列也不会相关太大，可以建树，还有，有些基因不可以转化为amino，只能用核苷酸了……

我想建的进化树是曲霉属间的，他们的氨基酸序列同源性在70%-99%不等，核酸同源性60%-90%左右，不知道是在核酸水平上建树还是在氨基酸水平上建树呢，顺便问你一下了，就是我用MEG4.0建树，树枝上怎么没有数字显示啊，bioeidt 可以建树吗，谢谢你了，呵呵

[ Last edited by finding1371 on 2010-8-13 at 19:57 ]
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3楼2010-08-13 19:50:16
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3):鼓励一下！ 2010-08-13 20:27:09
你有没有选bootstrap检验啊？数字一般是表示进行1000次建树后，多少次得到这样的结果，我个人认为，你都可以建下，看哪个结果更能说明问题，还有就是看你要发表的杂志的需要了……
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4楼2010-08-13 20:19:31
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finding1371

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2010-08-13 20:19:31:
你有没有选bootstrap检验啊？数字一般是表示进行1000次建树后，多少次得到这样的结果，我个人认为，你都可以建下，看哪个结果更能说明问题，还有就是看你要发表的杂志的需要了……

哦，好的，明白一点了，呵呵，再次谢谢你！
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5楼2010-08-13 20:42:18
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
现在已经有MEGA5了，你可以下载，那个更好一点，支持ML树，bootstrap检验一般都是要的，可以设定一下。另外，建树时还要选一下模型，根据自己的序列选择合适的，结果会更好一些。
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6楼2010-08-14 09:27:33
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jolly_2006

一般用氨基酸序列建树，可信度跟高
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7楼2010-08-14 20:02:53
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