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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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whjhx

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】系统进化树已有9人参与

将分离的菌种测序结果做BLAST,然后选相似度比较高的种做进化树,结果进化树里显示该分离的菌种与其它菌种并不亲,菌种间相似值非常小(BLAST结果显示相似度有99%,可进化树显示的值低于50),这是怎么回事啊?有经验的虫友不吝赐教哦!

[ Last edited by whjhx on 2010-10-28 at 10:31 ]
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whjhx

金虫 (正式写手)

顶~~~~~~~~~~
2楼2010-10-28 10:33:43
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪

虽然我不知道,但是还是帮顶了。哪位高手解决一下,我们也跟着学习学习!
青春的岁月,我们身不由己,只因这胸中燃烧的梦想!
3楼2010-10-28 10:56:27
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-28 15:21:54
这个要看你的序列长度,长度不同匹配度自然也就不同,还有就是BLAST和CLUSTAL W的算法是不同的,使用的打分矩阵也不同,用不同的算法计算,结果也就不一样了。请检查一下你用于BLAST和构建进化树的序列是否是同一条序列。
4楼2010-10-28 11:07:00
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whjhx

金虫 (正式写手)

1949stone:不是这个意思 你好好看看外文文献 2010-10-28 21:16:51
我用的是CLUSTAL X,好像说要求相似值在50以上才能发文章,有没有这种说法啊?那怎么选择才能做一个好的进化树啊?

[ Last edited by whjhx on 2010-10-28 at 14:58 ]
5楼2010-10-28 14:36:57
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dhd997:非灌水帖子,请不要纯表交流。 2010-10-28 15:22:28
6楼2010-10-28 14:40:00
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whjhx

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 带刀猎人 at 2010-10-28 11:07:00:
这个要看你的序列长度,长度不同匹配度自然也就不同,还有就是BLAST和CLUSTAL W的算法是不同的,使用的打分矩阵也不同,用不同的算法计算,结果也就不一样了。请检查一下你用于BLAST和构建进化树的序列是否是同一 ...

我把序列长度搞成一样后,再做CLUSTAL X,然后用MEGA做进化树,同样匹配度不高啊,可blast结果却有99%的相似度,真搞不明白了
7楼2010-10-28 16:28:06
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啮风

铜虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+1):那是叫50%一致树 2010-10-28 21:14:56
这个,怎么说了,进化树有不同的构建方法,不知道你用的是什么方法,另外,那个50%是指分叉的值50%才认为那个分叉是可信的
8楼2010-10-28 18:00:22
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whjhx

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 啮风 at 2010-10-28 18:00:22:
这个,怎么说了,进化树有不同的构建方法,不知道你用的是什么方法,另外,那个50%是指分叉的值50%才认为那个分叉是可信的

我用的MEGA 4.0构建的
9楼2010-10-28 18:08:01
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啮风

铜虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2010-10-28 18:08:01:


我用的MEGA 4.0构建的

我知道啊,但问题是这个软件也有几种方法啊?
10楼2010-10-28 21:06:21
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