应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】系统进化树
171/2返回列表12下一页
查看: 2631  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

whjhx

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】系统进化树 已有9人参与

将分离的菌种测序结果做BLAST，然后选相似度比较高的种做进化树，结果进化树里显示该分离的菌种与其它菌种并不亲，菌种间相似值非常小（BLAST结果显示相似度有99%，可进化树显示的值低于50），这是怎么回事啊？有经验的虫友不吝赐教哦！

[ Last edited by whjhx on 2010-10-28 at 10:31 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-27 22:54:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)
顶~~~~~~~~~~
回复此楼
2楼2010-10-28 10:33:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪
虽然我不知道，但是还是帮顶了。哪位高手解决一下，我们也跟着学习学习！
赞一下 回复此楼
青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
3楼2010-10-28 10:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

带刀猎人

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-28 15:21:54
这个要看你的序列长度，长度不同匹配度自然也就不同，还有就是BLAST和CLUSTAL W的算法是不同的，使用的打分矩阵也不同，用不同的算法计算，结果也就不一样了。请检查一下你用于BLAST和构建进化树的序列是否是同一条序列。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-10-28 11:07:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)
1949stone:不是这个意思 你好好看看外文文献 2010-10-28 21:16:51
我用的是CLUSTAL X，好像说要求相似值在50以上才能发文章，有没有这种说法啊？那怎么选择才能做一个好的进化树啊？

[ Last edited by whjhx on 2010-10-28 at 14:58 ]
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-10-28 14:36:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Elisabeth
dhd997:非灌水帖子，请不要纯表交流。 2010-10-28 15:22:28
6楼2010-10-28 14:40:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 带刀猎人 at 2010-10-28 11:07:00:
这个要看你的序列长度，长度不同匹配度自然也就不同，还有就是BLAST和CLUSTAL W的算法是不同的，使用的打分矩阵也不同，用不同的算法计算，结果也就不一样了。请检查一下你用于BLAST和构建进化树的序列是否是同一 ...

我把序列长度搞成一样后，再做CLUSTAL X，然后用MEGA做进化树，同样匹配度不高啊，可blast结果却有99%的相似度，真搞不明白了
赞一下 回复此楼
7楼2010-10-28 16:28:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

啮风

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+1):那是叫50%一致树 2010-10-28 21:14:56
这个，怎么说了，进化树有不同的构建方法，不知道你用的是什么方法，另外，那个50%是指分叉的值50%才认为那个分叉是可信的
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2010-10-28 18:00:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 啮风 at 2010-10-28 18:00:22:
这个，怎么说了，进化树有不同的构建方法，不知道你用的是什么方法，另外，那个50%是指分叉的值50%才认为那个分叉是可信的

我用的MEGA 4.0构建的
赞一下 回复此楼
9楼2010-10-28 18:08:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

啮风

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2010-10-28 18:08:01:


我用的MEGA 4.0构建的

我知道啊，但问题是这个软件也有几种方法啊？
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-10-28 21:06:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 whjhx 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-15 3/150 2026-03-16 09:10 by 哦哦123
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +4 腻腻gk 2026-03-14 4/200 2026-03-16 07:58 by Iveryant
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 274求调剂 +4 时间点 2026-03-13 4/200 2026-03-15 15:29 by Rambo13
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 288求调剂 +14 王晓阳- 2026-03-09 19/950 2026-03-14 02:05 by JourneyLucky
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:57 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +6 yfihxh 2026-03-09 6/300 2026-03-14 01:18 by JourneyLucky
[基金申请] 有必要更换申报口吗 20+3 fannyamoy 2026-03-11 3/150 2026-03-14 00:52 by zhanghaozhu
[考研] 312求调剂 +6 陌宸希 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:40 by JourneyLucky
[考研] 一志愿湖师大化学289求调剂 +6 XMCMM3.14159 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:28 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂（085602一志愿985） +12 化工人999 2026-03-09 12/600 2026-03-13 12:02 by JourneyLucky
[考研] 材料调剂，307分 +13 张泳铭1 2026-03-09 17/850 2026-03-13 11:09 by 薛云鹏
[考博] 2026年博士申请 +3 QwQwQW10 2026-03-11 3/150 2026-03-12 17:58 by gxch43
[考研] 085600 材料与化工 295 求调剂 +10 dream…… 2026-03-10 12/600 2026-03-12 13:46 by dream……
[考研] 求调剂材料专硕293 +6 段_(:з」∠)_ 2026-03-10 6/300 2026-03-10 18:22 by ms629
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭