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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】系统进化树
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whjhx

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】系统进化树 已有9人参与

将分离的菌种测序结果做BLAST，然后选相似度比较高的种做进化树，结果进化树里显示该分离的菌种与其它菌种并不亲，菌种间相似值非常小（BLAST结果显示相似度有99%，可进化树显示的值低于50），这是怎么回事啊？有经验的虫友不吝赐教哦！

[ Last edited by whjhx on 2010-10-28 at 10:31 ]
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1楼 2010-10-27 22:54:03
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whjhx

金虫 (正式写手)
顶~~~~~~~~~~
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2楼2010-10-28 10:33:43
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪
虽然我不知道，但是还是帮顶了。哪位高手解决一下，我们也跟着学习学习！
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青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
3楼2010-10-28 10:56:27
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带刀猎人

新虫 (小有名气)
★ ★
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dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-28 15:21:54
这个要看你的序列长度，长度不同匹配度自然也就不同，还有就是BLAST和CLUSTAL W的算法是不同的，使用的打分矩阵也不同，用不同的算法计算，结果也就不一样了。请检查一下你用于BLAST和构建进化树的序列是否是同一条序列。
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4楼2010-10-28 11:07:00
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whjhx

金虫 (正式写手)
1949stone:不是这个意思 你好好看看外文文献 2010-10-28 21:16:51
我用的是CLUSTAL X，好像说要求相似值在50以上才能发文章，有没有这种说法啊？那怎么选择才能做一个好的进化树啊？

[ Last edited by whjhx on 2010-10-28 at 14:58 ]
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5楼2010-10-28 14:36:57
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Elisabeth
dhd997:非灌水帖子，请不要纯表交流。 2010-10-28 15:22:28
6楼2010-10-28 14:40:00
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whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 带刀猎人 at 2010-10-28 11:07:00:
这个要看你的序列长度，长度不同匹配度自然也就不同，还有就是BLAST和CLUSTAL W的算法是不同的，使用的打分矩阵也不同，用不同的算法计算，结果也就不一样了。请检查一下你用于BLAST和构建进化树的序列是否是同一 ...

我把序列长度搞成一样后，再做CLUSTAL X，然后用MEGA做进化树，同样匹配度不高啊，可blast结果却有99%的相似度，真搞不明白了
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7楼2010-10-28 16:28:06
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啮风

铜虫 (小有名气)
★ ★
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1949stone(金币+1):那是叫50%一致树 2010-10-28 21:14:56
这个，怎么说了，进化树有不同的构建方法，不知道你用的是什么方法，另外，那个50%是指分叉的值50%才认为那个分叉是可信的
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8楼2010-10-28 18:00:22
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whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 啮风 at 2010-10-28 18:00:22:
这个，怎么说了，进化树有不同的构建方法，不知道你用的是什么方法，另外，那个50%是指分叉的值50%才认为那个分叉是可信的

我用的MEGA 4.0构建的
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9楼2010-10-28 18:08:01
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啮风

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2010-10-28 18:08:01:


我用的MEGA 4.0构建的

我知道啊，但问题是这个软件也有几种方法啊？
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10楼2010-10-28 21:06:21
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