24小时热门版块排行榜    

查看: 2949  |  回复: 16
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

whjhx

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】系统进化树 已有9人参与

将分离的菌种测序结果做BLAST,然后选相似度比较高的种做进化树,结果进化树里显示该分离的菌种与其它菌种并不亲,菌种间相似值非常小(BLAST结果显示相似度有99%,可进化树显示的值低于50),这是怎么回事啊?有经验的虫友不吝赐教哦!

[ Last edited by whjhx on 2010-10-28 at 10:31 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 带刀猎人 at 2010-10-28 11:07:00:
这个要看你的序列长度,长度不同匹配度自然也就不同,还有就是BLAST和CLUSTAL W的算法是不同的,使用的打分矩阵也不同,用不同的算法计算,结果也就不一样了。请检查一下你用于BLAST和构建进化树的序列是否是同一 ...

我把序列长度搞成一样后,再做CLUSTAL X,然后用MEGA做进化树,同样匹配度不高啊,可blast结果却有99%的相似度,真搞不明白了
7楼2010-10-28 16:28:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪

虽然我不知道,但是还是帮顶了。哪位高手解决一下,我们也跟着学习学习!
青春的岁月,我们身不由己,只因这胸中燃烧的梦想!
3楼2010-10-28 10:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

带刀猎人

新虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-28 15:21:54
这个要看你的序列长度,长度不同匹配度自然也就不同,还有就是BLAST和CLUSTAL W的算法是不同的,使用的打分矩阵也不同,用不同的算法计算,结果也就不一样了。请检查一下你用于BLAST和构建进化树的序列是否是同一条序列。
4楼2010-10-28 11:07:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)

1949stone:不是这个意思 你好好看看外文文献 2010-10-28 21:16:51
我用的是CLUSTAL X,好像说要求相似值在50以上才能发文章,有没有这种说法啊?那怎么选择才能做一个好的进化树啊?

[ Last edited by whjhx on 2010-10-28 at 14:58 ]
5楼2010-10-28 14:36:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 怎么查啊 +3 huang1991js 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:48 by lnliuchunlei
[基金申请] 系统进不去 +3 yanglien 2026-08-26 4/200 2026-08-26 10:40 by bycb2005
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 13/650 2026-08-26 09:48 by wittyboy
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +21 羊腰板 2026-08-21 24/1200 2026-08-26 07:20 by finnigan
[基金申请] 有没有大神帮我看看基金代码 28+4 1234567wang 2026-08-24 10/500 2026-08-25 19:15 by lfy8008
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 19/950 2026-08-25 17:57 by chick875
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
信息提示
请填处理意见