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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】系统进化树
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whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 啮风 at 2010-10-28 21:06:21:

我知道啊，但问题是这个软件也有几种方法啊？

Bootstrap
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11楼2010-10-28 21:11:14
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啮风

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):good！ 2010-10-29 08:40:00
我可能说的不清楚“，文献转载的
构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依靠法（distance methods）。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的（例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态，当多个序列进行进化树分析时，进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了）。而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进化树枝条的长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法（Maximum Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）；距离依靠法包括除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）。
对进化树进行评估。主要采用Bootstraping法。进化树的构建是一个统计学问题。我们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了一个适当的方法，那么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”。模拟的进化树需要一种数学方法来对其进行评估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说，最大简约性法适用于符合以下条件的多序列：i 所要比较的序列的碱基差别小，ii 对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率，iii 没有过多的颠换/转换的倾向，iv 所检验的序列的碱基数目较多（大于几千个碱基）；用最大可能性法分析序列则不需以上的诸多条件，但是此种方法计算极其耗时。如果分析的序列较多，有可能要花上几天的时间才能计算完毕。UPGMAM（Unweighted pair group method with arithmetic mean）假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有相同的变异率，也就是存在着一个分子钟。这种算法得到的进化树相对来说不是很准确，现在已经很少使用。邻位相连法是一个经常被使用的算法，它构建的进化树相对准确，而且计算快捷。其缺点是序列上的所有位点都被同等对待，而且，所分析的序列的进化距离不能太大。
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12楼2010-10-29 00:01:04
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zhaoyu2881

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 啮风 at 2010-10-29 00:01:04:
我可能说的不清楚“，文献转载的
构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依靠法（distance methods）。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸 ...

很受用！
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Thatislife,onlylifehurts.
13楼2010-10-29 10:43:41
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zhaoyu2881

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我建议楼主可以试着用DNAMAN将你的菌株和参比菌株进行一下相似度的比对，并将比对的序列掐头去尾，一般这个比对的相似度跟进化树上的遗传距离不会相差太悬殊。
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zylvws
Thatislife,onlylifehurts.
14楼2010-10-29 10:47:26
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chenxin2012
顶一下！
15楼2013-03-22 11:37:01
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zylvws

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
14楼: Originally posted by zhaoyu2881 at 2010-10-29 10:47:26
我建议楼主可以试着用DNAMAN将你的菌株和参比菌株进行一下相似度的比对，并将比对的序列掐头去尾，一般这个比对的相似度跟进化树上的遗传距离不会相差太悬殊。

怎用有DNAMAN把菌株与参比菌株进行相似度比对啊 具体步骤怎么做啊
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16楼2013-07-04 20:26:46
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donglan89

禁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
17楼2013-07-04 21:34:23
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