应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】系统进化树
171/2返回列表12下一页
查看: 2992  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

whjhx

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】系统进化树 已有9人参与

将分离的菌种测序结果做BLAST，然后选相似度比较高的种做进化树，结果进化树里显示该分离的菌种与其它菌种并不亲，菌种间相似值非常小（BLAST结果显示相似度有99%，可进化树显示的值低于50），这是怎么回事啊？有经验的虫友不吝赐教哦！

[ Last edited by whjhx on 2010-10-28 at 10:31 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-27 22:54:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)
顶~~~~~~~~~~
回复此楼
2楼2010-10-28 10:33:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪
虽然我不知道，但是还是帮顶了。哪位高手解决一下，我们也跟着学习学习！
赞一下 回复此楼
青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
3楼2010-10-28 10:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

带刀猎人

新虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-28 15:21:54
这个要看你的序列长度，长度不同匹配度自然也就不同，还有就是BLAST和CLUSTAL W的算法是不同的，使用的打分矩阵也不同，用不同的算法计算，结果也就不一样了。请检查一下你用于BLAST和构建进化树的序列是否是同一条序列。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-10-28 11:07:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)
1949stone:不是这个意思 你好好看看外文文献 2010-10-28 21:16:51
我用的是CLUSTAL X，好像说要求相似值在50以上才能发文章，有没有这种说法啊？那怎么选择才能做一个好的进化树啊？

[ Last edited by whjhx on 2010-10-28 at 14:58 ]
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-10-28 14:36:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Elisabeth
dhd997:非灌水帖子，请不要纯表交流。 2010-10-28 15:22:28
6楼2010-10-28 14:40:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 带刀猎人 at 2010-10-28 11:07:00:
这个要看你的序列长度，长度不同匹配度自然也就不同，还有就是BLAST和CLUSTAL W的算法是不同的，使用的打分矩阵也不同，用不同的算法计算，结果也就不一样了。请检查一下你用于BLAST和构建进化树的序列是否是同一 ...

我把序列长度搞成一样后，再做CLUSTAL X，然后用MEGA做进化树，同样匹配度不高啊，可blast结果却有99%的相似度，真搞不明白了
赞一下 回复此楼
7楼2010-10-28 16:28:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

啮风

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+1):那是叫50%一致树 2010-10-28 21:14:56
这个，怎么说了，进化树有不同的构建方法，不知道你用的是什么方法，另外，那个50%是指分叉的值50%才认为那个分叉是可信的
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2010-10-28 18:00:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 啮风 at 2010-10-28 18:00:22:
这个，怎么说了，进化树有不同的构建方法，不知道你用的是什么方法，另外，那个50%是指分叉的值50%才认为那个分叉是可信的

我用的MEGA 4.0构建的
赞一下 回复此楼
9楼2010-10-28 18:08:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

啮风

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2010-10-28 18:08:01:


我用的MEGA 4.0构建的

我知道啊，但问题是这个软件也有几种方法啊？
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-10-28 21:06:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 whjhx 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 7/350 2026-09-01 15:18 by myrtle
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭