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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 蛋白进化树构建的序列选择原则
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zemin_fang

木虫 (正式写手)

[求助] 蛋白进化树构建的序列选择原则

小弟最近在构建蛋白的系统进化树，由于是第一次构建，有很多地方还不是很清楚，比如说选择蛋白序列的依据是什么，是blast以后选择identity值高的，还是有其他原则？是否可以选择最新的文献里已经构建好的进化树，下载其序列，将我的序列插入其中，重新构建系统进化树？
还望各位高手不吝赐教。
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1楼 2011-07-14 06:28:30
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jinbo7

铁杆木虫 (正式写手)

山寨王
沙发，路过，顶起来
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2楼2011-07-14 09:21:08
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zemin_fang

木虫 (正式写手)
有没有人帮帮我啊！
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3楼2011-07-14 21:03:11
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xumingbest

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): 鼓励 2011-07-15 10:32:23
zemin_fang(金币+2): 谢谢帮助！ 2011-07-15 14:05:53
引用回帖:
Originally posted by zemin_fang at 2011-07-14 06:28:30:
小弟最近在构建蛋白的系统进化树，由于是第一次构建，有很多地方还不是很清楚，比如说选择蛋白序列的依据是什么，是blast以后选择identity值高的，还是有其他原则？是否可以选择最新的文献里已经构建好的进化树， ...

很多软件都可以做进化树的，只要是要求不是很高的进化树，只要把你的蛋白质序列和已经在NCBI上发表的序列下载下来，然后一起输入软件，自动生成进化树，个蛋白之间的相似性高低并不重要啊，只有有高有低才能在进化树上体现出亲缘关系的远近啊，我原来只是多了一点，也不是特别清楚，上述建议仅供参考。
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4楼2011-07-14 21:32:38
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zhjia

金虫 (初入文坛)
同问啊，要全部选择吗？选择原则还没说清
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any none can be a verb
5楼2012-10-06 21:02:25
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弋小尹

铜虫 (初入文坛)
同问啊！我也想问blast以后选择identity值高的，还是有其他原则？求高手帮助
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6楼2013-11-22 11:07:03
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648949632

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 弋小尹 at 2013-11-22 11:07:03
同问啊！我也想问blast以后选择identity值高的，还是有其他原则？求高手帮助

针对我个人的案例，我做的某蛋白酶家族，蛋白酶有个知名的数据库Merops。如果综合了BlastP、NCBI已发表基因和蛋白、和我选择的Merops数据库，我得到了想要到蛋白。
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7楼2015-05-20 16:11:57
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