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tiger86gyc

新虫 (初入文坛)

[求助] 构建进化树过程中,我如何把我的菌的序列 和我 选择同源的序列 编辑在一起进行比对?

我的细菌序列在 3-4.txt文件里,也已经处理成FASTA格式的了,另外我选取的同源比对的基因序列,也处理好了,现在遇到的问题是怎么把我的菌和这些选取的进行同源比对,然后再构建进化树呢?我的3-4插不进去啊……不知道大家看懂没,求高手指导……如何构建这组进化树呢……搞不懂,我都要疯了……
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  • 附件 1 : 3-4.txt
  • 2012-05-23 17:17:07, 1.63 K
  • 附件 2 : sequence.meg
  • 2012-05-23 17:17:16, 32.51 K
  • 附件 3 : sequence.fasta
  • 2012-05-23 17:17:23, 31.84 K

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ben1147

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
序列都放进一个fasta,用clustal对齐,用mega转成meg格式再进行聚类分析

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-05-23 18:34:25
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tiger86gyc

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ben1147 at 2012-05-23 18:34:25:
序列都放进一个fasta,用clustal对齐,用mega转成meg格式再进行聚类分析

就是用CLUSTAL对齐的步骤我没弄懂,第一次用这个软件。。。具体操作步骤应该是怎样的呢?我已经把它们放进一个FASTA了,没对齐之后做出来的进化树就很怪……求,如何进行对齐操作啊?
3楼2012-05-24 11:06:53
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tiger86gyc

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ben1147 at 2012-05-23 18:34:25:
序列都放进一个fasta,用clustal对齐,用mega转成meg格式再进行聚类分析

先送朵鲜花给你,谢谢你的提示~~
4楼2012-05-24 11:08:48
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ben1147

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
tiger86gyc: 金币+5, ★★★很有帮助, 5 2012-05-25 10:16:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by tiger86gyc at 2012-05-24 11:06:53:
就是用CLUSTAL对齐的步骤我没弄懂,第一次用这个软件。。。具体操作步骤应该是怎样的呢?我已经把它们放进一个FASTA了,没对齐之后做出来的进化树就很怪……求,如何进行对齐操作啊?

ClustalX为例
打开fasta,Alignment-Do complete alignment
结果里有个aln文件,可以用mega转成meg格式
5楼2012-05-24 16:28:40
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gpkyll

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
选择convert to mega format 既可以对比对好的aln文件进行格式转换,转换之后保存mega文件即可用于后续的进化树构建
6楼2012-05-25 09:00:06
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