24小时热门版块排行榜    

查看: 1628  |  回复: 5

tiger86gyc

新虫 (初入文坛)

[求助] 构建进化树过程中,我如何把我的菌的序列 和我 选择同源的序列 编辑在一起进行比对?

我的细菌序列在 3-4.txt文件里,也已经处理成FASTA格式的了,另外我选取的同源比对的基因序列,也处理好了,现在遇到的问题是怎么把我的菌和这些选取的进行同源比对,然后再构建进化树呢?我的3-4插不进去啊……不知道大家看懂没,求高手指导……如何构建这组进化树呢……搞不懂,我都要疯了……
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 3-4.txt
  • 2012-05-23 17:17:07, 1.63 K
  • 附件 2 : sequence.meg
  • 2012-05-23 17:17:16, 32.51 K
  • 附件 3 : sequence.fasta
  • 2012-05-23 17:17:23, 31.84 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ben1147

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
序列都放进一个fasta,用clustal对齐,用mega转成meg格式再进行聚类分析

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-05-23 18:34:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiger86gyc

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ben1147 at 2012-05-23 18:34:25:
序列都放进一个fasta,用clustal对齐,用mega转成meg格式再进行聚类分析

就是用CLUSTAL对齐的步骤我没弄懂,第一次用这个软件。。。具体操作步骤应该是怎样的呢?我已经把它们放进一个FASTA了,没对齐之后做出来的进化树就很怪……求,如何进行对齐操作啊?
3楼2012-05-24 11:06:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiger86gyc

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ben1147 at 2012-05-23 18:34:25:
序列都放进一个fasta,用clustal对齐,用mega转成meg格式再进行聚类分析

先送朵鲜花给你,谢谢你的提示~~
4楼2012-05-24 11:08:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ben1147

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
tiger86gyc: 金币+5, ★★★很有帮助, 5 2012-05-25 10:16:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by tiger86gyc at 2012-05-24 11:06:53:
就是用CLUSTAL对齐的步骤我没弄懂,第一次用这个软件。。。具体操作步骤应该是怎样的呢?我已经把它们放进一个FASTA了,没对齐之后做出来的进化树就很怪……求,如何进行对齐操作啊?

ClustalX为例
打开fasta,Alignment-Do complete alignment
结果里有个aln文件,可以用mega转成meg格式
5楼2012-05-24 16:28:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gpkyll

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
选择convert to mega format 既可以对比对好的aln文件进行格式转换,转换之后保存mega文件即可用于后续的进化树构建
6楼2012-05-25 09:00:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tiger86gyc 的主题更新
信息提示
请填处理意见