| 查看: 3944 | 回复: 24 | ||||
| 本帖产生 1 个 MicEPI ，点击这里进行查看 | ||||
[交流]
同源性与进化树的矛盾
|
||||
| 问题：分离到三个植物病原菌：1，2，3。在NCBI上blast后，结果分别为：1和欧文氏属某种同源性为98％，2和假单胞菌属某种同源性为98％，3和黄单胞菌属某种同源性为99％。再用mega 4.1构建进化树的时候，是1和2在一个分支里，bootstrapt 值为84，再和假单胞菌属构成另一个分支，bootstrapt 值为99。想请教一下，相似性更高的1和欧文氏属某种，2和假单胞菌属某种为什么不在一个分支里，这样的进化树和相似性比较是不是有矛盾，折腾半天也不大明白，请问各位看看怎么解释这种现象，谢谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 每天一点点 |
» 猜你喜欢
一志愿郑州大学085600求调剂
已经有3人回复
-
求调剂 一志愿西南交通大学085701环境工程 282分
已经有7人回复
-
求调剂
已经有15人回复
-
材料专硕283求调剂
已经有15人回复
-
（调剂）一志愿报考哈尔滨工业大学0857资源与环境专业378分考生
已经有3人回复
-
本科211，293分请求调剂
已经有9人回复
-
315求调剂
已经有4人回复
-
308求调剂
已经有4人回复
-
301求调剂
已经有4人回复
-
304求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于系统进化树构建方法的求助
已经有8人回复
- 蛋白进化树构建的序列选择原则
已经有6人回复
- 【求助/交流】请问如何用NCBI进行进化树和同源性比较？
已经有7人回复
- 【原创】原创之七：【图文】系统进化树的构建及编辑【已搜索无重复】
已经有377人回复
- 【求助】请教生物信息学方面的专家，一个进化树构建的问题？
已经有10人回复
- 【求助/交流】系统进化树的构建
已经有12人回复
- 【求助/交流】大家帮忙看看我的系统进化树怎么是这个样子的
已经有12人回复
- 【求助/交流】建了半天进化树，也不知道进化树到底是用来干嘛的，可以从里面得到什么�
已经有7人回复
- 【求助/交流】系统进化树
已经有16人回复
- 【求助/交流】MEGA4做的进化树中怎么显示bootstrap 值
已经有7人回复
- 【求助/交流】有关MEGA构建进化树
已经有9人回复
- 【求助/交流】16s 构建进化树
已经有8人回复
- 【求助/交流】如何读懂进化树
已经有21人回复
- 【求助/交流】系统进化树问题
已经有6人回复
- 【求助/交流】进化树问题求助（在线等）先谢谢了
已经有6人回复
- 【求助/交流】人的同源性
已经有14人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
苏州科技大学化生学院蒋老师课题组招收研究生
+1/499
-
中国石油大学（北京） 化学工程专业招2026级博士
+1/475
-
四川轻化工大学物理与电子工程学院 2026年硕士研究生调剂公告
+2/146
-
爆 名额多 河北大学招收生物与医药专业调剂考生
+2/90
-
尽全力让学生实现自己的梦想，让知识转化为自己发展的薪动能。
+1/84
-
济南大学吕伟明教授课题组招收物理学硕士调剂生
+1/76
-
江西科技师范大学分析化学专业段学民教授课题组招聘调剂学生
+1/41
-
抗病毒性传染病创新药物全国重点实验室—接收化学、生物、药学、生物与医药调剂考生
+1/23
-
西南科技大学杨文彬教授课题组接收材料、化工、化学类专业研究生调剂 。
+1/18
-
中国民航飞行学院先进连接团队招收航空宇航、航空机械专业硕士研究生（专硕）
+1/6
-
福建理工大学招收专业代码08开头学术型硕士研究生
+1/5
-
【上海调剂】985联合培养！别错过能送你去丹麦/交大/同济/中科院的神仙导师！
+1/5
-
军事医学研究员毒物药物研究所药理学生物技术药物代谢方向招收调剂生 4名
+1/4
-
2026年江西科技师范大学化学化工学院隋晓锋课题组招收硕士研究生调剂
+1/3
-
赣南师范大学郭维课题组招收化学类、药学类、材料类学硕、专硕考研调剂同学
+1/3
-
【博士招生】广东工业大学国家优青课题组招收2026年博士生（环境/化学/材料/微生物）
+1/2
-
齐齐哈尔大学栗洪彬老师招收2026年纺织工程调剂研究生(学术型硕士2名，专业硕士1名）
+1/2
-
渤海大学材料与化工专硕调剂
+1/2
-
江苏海洋大学环境与化学工程学院招收调剂生
+1/2
-
山东某双一流院校0857招收调剂
+1/1
★ ★ ★ ★ ★
秋电工(金币+1): 哦，哦，明白了 2011-04-26 16:34:33
scelab(金币+5, EPI+1): 很好很强大 2011-04-27 08:38:40
秋电工(金币+1): 哦，哦，明白了 2011-04-26 16:34:33
scelab(金币+5, EPI+1): 很好很强大 2011-04-27 08:38:40
|
建MEGA树的话，alignment是必须的，align by clustalw之后，你会看到有些序列首尾并不是一致的，如下图1，要截成下面的样子，如图2；首尾多的序列都要去掉； 长枝吸引就是指，建树时，由于序列没有截成首尾一致，有几条序列可能由于碱基较多而得到的距离分值比短的大，尽管相似性不是最高的，但是也聚在了一起。举个简单的例子： 下面序列： >1 AAAAAAAAAAAAAAAAA >2 AAAAAC >3 ACCCACCCCACCCAAC 一看就可以知道1和2近一些，但是由于1和3长度差不多，可能建树算分的时候，1和3得到的比分比1和2的大，那软件就会认为1和3近了…… 可能还有一些更深层的原因，个有能力有限，仅知道这一点，书和文献的话，找系统发育中英文关键词都可以找到一些吧…… 把相关区域剪开，再粘起来，就是拼序列吧，如果序列不是很多的话，你可以用复制粘贴搞定 |
9楼2011-04-26 16:03:36
2楼2011-04-25 13:26:29
3楼2011-04-25 15:22:05
4楼2011-04-25 16:44:13
5楼2011-04-26 10:11:08
6楼2011-04-26 11:12:36
7楼2011-04-26 11:13:12
8楼2011-04-26 15:40:06
10楼2011-04-26 16:04:10
11楼2011-04-26 18:10:45
12楼2011-04-26 18:30:53
13楼2011-04-26 18:40:44
14楼2011-04-26 19:53:46
15楼2011-04-26 20:25:48
16楼2011-04-26 20:36:17
17楼2011-04-26 23:05:43
18楼2011-04-26 23:55:36
19楼2011-04-27 08:58:34
20楼2011-04-27 21:44:02
21楼2011-04-29 18:34:48
22楼2011-05-03 09:32:50
23楼2011-05-17 23:14:44
ghs25372216
禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
24楼2012-04-27 23:35:43
25楼2012-04-28 11:35:21
