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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 同源性与进化树的矛盾
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秋电工

新虫 (小有名气)

[交流] 同源性与进化树的矛盾

问题：分离到三个植物病原菌：1，2，3。在NCBI上blast后，结果分别为：1和欧文氏属某种同源性为98％，2和假单胞菌属某种同源性为98％，3和黄单胞菌属某种同源性为99％。再用mega 4.1构建进化树的时候，是1和2在一个分支里，bootstrapt 值为84，再和假单胞菌属构成另一个分支，bootstrapt 值为99。想请教一下，相似性更高的1和欧文氏属某种，2和假单胞菌属某种为什么不在一个分支里，这样的进化树和相似性比较是不是有矛盾，折腾半天也不大明白，请问各位看看怎么解释这种现象，谢谢！
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1楼 2011-04-24 23:19:12
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-26 11:12:36:
NCBI的结果有相似度和覆盖度；
你做树的时候，有没有将序列首尾截齐，有没有可能出现长枝吸引，还有，我觉得使用不同的罚分矩阵，是不是也有影响……

嗯，就是总分，相似度，覆盖率，国内很多文献都把最大相似度等同与同源性，没有考究其中科学性，也跟着这么说了。
序列首尾截齐?我也不知道我是否有做过这一步，在坛子里看见有师兄说mega4.0里整合了CLUSTAL，用mega4.0建的，Align by clustalW，这样算截过吗？
要是我这样不算截过，我应该用什么软件去截？截多少才算？
另外，呃，生性愚钝，您能解释下长枝吸引吗？隐隐觉得，这个很有可能。或者介绍本书或文献给我？昨天去邻校请教某博士，他说可能是保守区和可变区个数不一样，建议我把这两区域剪开，粘起来，再建树。非生物专业，该师兄建议实施起来有点举步维艰。
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8楼2011-04-26 15:40:06
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newtime007

木虫 (正式写手)
★
秋电工(金币+1):谢谢参与
不是太懂，帮你顶顶吧！
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3楼2011-04-25 15:22:05
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
秋电工(金币+1):谢谢参与
你是怎么知道同源性为98%和99%的？
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4楼2011-04-25 16:44:13
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-25 16:44:13:
你是怎么知道同源性为98%和99%的？

禀xp198766，同源性是在NCBI中两两比对得出的
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5楼2011-04-26 10:11:08
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