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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 同源性与进化树的矛盾
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
秋电工(金币+1): 哦，哦，明白了 2011-04-26 16:34:33
scelab(金币+5, EPI+1): 很好很强大 2011-04-27 08:38:40
建MEGA树的话，alignment是必须的，align by clustalw之后，你会看到有些序列首尾并不是一致的，如下图1，要截成下面的样子，如图2；首尾多的序列都要去掉；
长枝吸引就是指，建树时，由于序列没有截成首尾一致，有几条序列可能由于碱基较多而得到的距离分值比短的大，尽管相似性不是最高的，但是也聚在了一起。举个简单的例子：
下面序列：
>1
AAAAAAAAAAAAAAAAA
>2
AAAAAC
>3
ACCCACCCCACCCAAC
一看就可以知道1和2近一些，但是由于1和3长度差不多，可能建树算分的时候，1和3得到的比分比1和2的大，那软件就会认为1和3近了……
可能还有一些更深层的原因，个有能力有限，仅知道这一点，书和文献的话，找系统发育中英文关键词都可以找到一些吧……
把相关区域剪开，再粘起来，就是拼序列吧，如果序列不是很多的话，你可以用复制粘贴搞定
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2011-04-26 16:03:36
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