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111602木虫 (著名写手)
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【求助/交流】如何读懂进化树 已有16人参与
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本人最近做了一个进化树，请大家参谋一下具体是什么意思。这方面本人刚接触。 一般认为都是Neighbor-joining analysis分析作的树。但本人用MEGA做的，用到这样的参数 No. of Taxa : 9 Data File : C:\Documents and Settings\607\My Documents\新建文件夹\2.meg Data Title : d Data Type : Nucleotide Analysis : Phylogeny reconstruction Tree Inference : ============================== ->Method : UPGMA ->Phylogeny Test and options : Bootstrap (1000 replicates; seed=18180) Include Sites : ============================== ->Gaps/Missing Data : Complete Deletion Substitution Model : ============================== ->Model : Nucleotide: Maximum Composite Likelihood ->Substitutions to Include : d: Transitions + Transversions ->Pattern among Lineages : Same (Homogeneous) ->Rates among sites : Uniform rates No. of Sites : 1370 No Of Bootstrap Reps = 1000 主要问题是本人对这种参数做出来的图（应该是Nucleotide: Maximum Composite Likelihood方法吧）和Neighbor-joining analysis分析作的树有何区别不太理解，是否可以一样分析进化关系呢？特别是最下面的那条刻度线是什么意思？请高手指教了！谢谢！  [ Last edited by 111602 on 2010-8-18 at 11:38 ] |
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在微生物多样性分析过程中，尤其是使用16SrDNA克隆文库法时，经常要构建系统发育树。本人在构建了多个成功以及不成功的发育树以后，算是小有收获吧。在这里跟大家分享一下。 用MEGA建树共有Neighbor-Joining、Minimum Evolution、Maximum Parsimony、UPGMA四种构建方法，其中用16S克隆文库做微生物多样性分析时通常用N-J法。N-J法中数学模型的选择有No.of Difference、P-distance、Jokes-Cantor、Kimura 2-Parameter、Tajima-Nei、Tamura 3-Parameter、Tamura-Nei、LogDet（Tamura Kumar）、Maximum Composite Likelihood共7个选项，其中，Maximum Composite Likelihood为默认选项。 通常在16S克隆文库做微生物多样性分析中常用的选项为Jokes-Cantor或Kimura 2-Parameter，以便于使分类相近的序列在树上的位置相近。但是，我在用自己的序列建树时，选择Jokes-Cantor和Kimura 2-Parameter均无法进行构建，错误提示分别为：These formulas cannot be applied if the argument in the logarithm approaches zero or becomes negative.（Kimura 2-Parameter）和 If the proportion of sites that are different (nucleotides, synonymous, or nonsynonymous) is greater than or equal to 75%, the Jukes-Cantor correction cannot be applied. （Jokes-Cantor），只有在用软件默认的选项即Maximum Composite Likelihood才能构建成功。 通过查看MEGA中的distance选项中的computer pairwise中各序列之间的n/l值，发现矩阵中有部分序列之间的相似性距离超出计算范围，于是，返回mas文件，删除部分聚类之后的纵向空格列，并调整在聚类后与大部分序列错位严重的序列的位置（可以删除，然后重新添加），再次进行聚类，然后树就建成了。 不知道大家还有没有碰到过其他问题，欢迎交流！ 摘自网络 |
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