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youth1314

木虫 (职业作家)

[交流] 【求助/交流】有关MEGA构建进化树 已有9人参与

各位生物信息学的高手们,本人最近用MEGA4构建进化树的时候,最后一步的时候总是出错,软件会提示: 。这种情况怎么解决啊?提示中的编号代表什么意思啊?请各位高手不吝赐教。
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happyeveryday!
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tuobaohua

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优秀版主

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+2):欢迎多来交流!:tiger06: 2010-09-05 23:49:18
我之前也老是出问题,但是和你的不一样,最后还是没搞出来。
最后我就没用MEGA建树了,用Clustal x随便做了一个,看了看效果
希望后面能有高手解答你的问题
2楼2010-09-05 21:49:28
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linysm

银虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+1):有可能吧~~~ 2010-09-05 23:49:29
是不是文件的输入格式有问题?不识别。
3楼2010-09-05 23:15:02
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ottolzm

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢参与 2010-09-06 12:41:53
在你比对之前的TXT 文件里的序列的FASTA格式一定要正确 每两个序列之间不要空出一行或者多行 保证序列的整齐度 在每个字符的后面不要留任何的非显示的字符 比如 空格一类的 再试试 MEGA 很好用 而且用的数学模型可选择范围大 建的树也比较规范 可编辑性强 再试试 祝你好运
4楼2010-09-06 08:43:18
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house

银虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢参与 2010-09-06 12:42:07
注意aligment后要转化为mega格式,不然不同aligment格式产生的缺失标识不一样。
5楼2010-09-06 08:54:19
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xiaoguniang

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢参与 2010-09-06 12:42:19
四楼说的很好。
第一:fasta文件格式
第二:是否选择的是核酸。
第三:aligment后保存为mega格式。
一般就注意这些,就足够了
6楼2010-09-06 09:10:27
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xiaoru2010


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
没有正常的单位位点?你输入的是氨基酸序列码?比对正常吗?如果都不是就成树这样的话就是你建树的对象差距太大吧,凑不到一个树里……我猜
7楼2010-09-06 09:19:51
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樱花56

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
13287楼: Originally posted by house at 2010-09-06 08:54:19
注意aligment后要转化为mega格式,不然不同aligment格式产生的缺失标识不一样。

我都照做了 每次总出现错误

QQ截图20130118103956.png

嘎嘎
8楼2013-01-18 10:42:43
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预谋者

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
13995楼: Originally posted by xiaoru2010 at 2010-09-06 09:19:51
没有正常的单位位点?你输入的是氨基酸序列码?比对正常吗?如果都不是就成树这样的话就是你建树的对象差距太大吧,凑不到一个树里……我猜

我之前也出现了这么个问题,很有可能是对象差距太大了,后来删掉了一个数据,树就构成了~
9楼2013-01-21 11:49:27
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lantian1007

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2417862楼: Originally posted by 预谋者 at 2013-01-21 11:49:27
我之前也出现了这么个问题,很有可能是对象差距太大了,后来删掉了一个数据,树就构成了~...

这个是正解,我以前也遇到过,把差异太大的数据删除就可以了
10楼2013-03-15 22:58:55
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