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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】有关MEGA构建进化树
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youth1314

木虫 (职业作家)

[交流] 【求助/交流】有关MEGA构建进化树 已有9人参与

各位生物信息学的高手们，本人最近用MEGA4构建进化树的时候，最后一步的时候总是出错，软件会提示： 。这种情况怎么解决啊？提示中的编号代表什么意思啊？请各位高手不吝赐教。
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happyeveryday!
1楼 2010-09-05 21:06:56
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tuobaohua

荣誉版主 (文坛精英)

投资理财发言人

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+2):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-09-05 23:49:18
我之前也老是出问题，但是和你的不一样，最后还是没搞出来。
最后我就没用MEGA建树了，用Clustal x随便做了一个，看了看效果
希望后面能有高手解答你的问题
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2楼2010-09-05 21:49:28
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linysm

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+1):有可能吧~~~ 2010-09-05 23:49:29
是不是文件的输入格式有问题？不识别。
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3楼2010-09-05 23:15:02
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ottolzm

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢参与 2010-09-06 12:41:53
在你比对之前的TXT 文件里的序列的FASTA格式一定要正确 每两个序列之间不要空出一行或者多行 保证序列的整齐度 在每个字符的后面不要留任何的非显示的字符 比如 空格一类的 再试试 MEGA 很好用 而且用的数学模型可选择范围大 建的树也比较规范 可编辑性强 再试试 祝你好运
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4楼2010-09-06 08:43:18
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house

银虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢参与 2010-09-06 12:42:07
注意aligment后要转化为mega格式，不然不同aligment格式产生的缺失标识不一样。
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5楼2010-09-06 08:54:19
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xiaoguniang

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢参与 2010-09-06 12:42:19
四楼说的很好。
第一：fasta文件格式
第二：是否选择的是核酸。
第三：aligment后保存为mega格式。
一般就注意这些，就足够了
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6楼2010-09-06 09:10:27
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xiaoru2010

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
没有正常的单位位点？你输入的是氨基酸序列码？比对正常吗？如果都不是就成树这样的话就是你建树的对象差距太大吧，凑不到一个树里……我猜
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7楼2010-09-06 09:19:51
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樱花56

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
13287楼: Originally posted by house at 2010-09-06 08:54:19
注意aligment后要转化为mega格式，不然不同aligment格式产生的缺失标识不一样。

我都照做了 每次总出现错误

QQ截图20130118103956.png
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嘎嘎
8楼2013-01-18 10:42:43
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预谋者

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
13995楼: Originally posted by xiaoru2010 at 2010-09-06 09:19:51
没有正常的单位位点？你输入的是氨基酸序列码？比对正常吗？如果都不是就成树这样的话就是你建树的对象差距太大吧，凑不到一个树里……我猜

我之前也出现了这么个问题，很有可能是对象差距太大了，后来删掉了一个数据，树就构成了~
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9楼2013-01-21 11:49:27
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lantian1007

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2417862楼: Originally posted by 预谋者 at 2013-01-21 11:49:27
我之前也出现了这么个问题，很有可能是对象差距太大了，后来删掉了一个数据，树就构成了~...

这个是正解，我以前也遇到过，把差异太大的数据删除就可以了
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10楼2013-03-15 22:58:55
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