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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 同源性与进化树的矛盾
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秋电工

新虫 (小有名气)

[交流] 同源性与进化树的矛盾

问题：分离到三个植物病原菌：1，2，3。在NCBI上blast后，结果分别为：1和欧文氏属某种同源性为98％，2和假单胞菌属某种同源性为98％，3和黄单胞菌属某种同源性为99％。再用mega 4.1构建进化树的时候，是1和2在一个分支里，bootstrapt 值为84，再和假单胞菌属构成另一个分支，bootstrapt 值为99。想请教一下，相似性更高的1和欧文氏属某种，2和假单胞菌属某种为什么不在一个分支里，这样的进化树和相似性比较是不是有矛盾，折腾半天也不大明白，请问各位看看怎么解释这种现象，谢谢！
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1楼 2011-04-24 23:19:12
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 秋电工 at 2011-04-26 23:55:36:
用Accessory application项下的ClustalW multiple alignment，比出来了，没有xp图片中的小色块。
首尾截序后，原来那个菌株与同源性高的仍然不聚在一起，是我截序没截对还是怎么了？

呃，覆盖度显示98%呀！XP，谢谢你一直跟进啊！今天拿这棵树去见老师了，很不满，我也解释不出所以然。现在不知道该怎么办了。能不能把这个怪异的序列给你，你帮我看看到底是哪出问题了？
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20楼2011-04-27 21:44:02
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newtime007

木虫 (正式写手)
★
秋电工(金币+1):谢谢参与
不是太懂，帮你顶顶吧！
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3楼2011-04-25 15:22:05
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
秋电工(金币+1):谢谢参与
你是怎么知道同源性为98%和99%的？
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4楼2011-04-25 16:44:13
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-25 16:44:13:
你是怎么知道同源性为98%和99%的？

禀xp198766，同源性是在NCBI中两两比对得出的
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5楼2011-04-26 10:11:08
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