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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 同源性与进化树的矛盾
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秋电工

新虫 (小有名气)

[交流] 同源性与进化树的矛盾

问题：分离到三个植物病原菌：1，2，3。在NCBI上blast后，结果分别为：1和欧文氏属某种同源性为98％，2和假单胞菌属某种同源性为98％，3和黄单胞菌属某种同源性为99％。再用mega 4.1构建进化树的时候，是1和2在一个分支里，bootstrapt 值为84，再和假单胞菌属构成另一个分支，bootstrapt 值为99。想请教一下，相似性更高的1和欧文氏属某种，2和假单胞菌属某种为什么不在一个分支里，这样的进化树和相似性比较是不是有矛盾，折腾半天也不大明白，请问各位看看怎么解释这种现象，谢谢！
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1楼 2011-04-24 23:19:12
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
秋电工(金币+1): 哦，哦，明白了 2011-04-26 16:34:33
scelab(金币+5, EPI+1): 很好很强大 2011-04-27 08:38:40
建MEGA树的话，alignment是必须的，align by clustalw之后，你会看到有些序列首尾并不是一致的，如下图1，要截成下面的样子，如图2；首尾多的序列都要去掉；
长枝吸引就是指，建树时，由于序列没有截成首尾一致，有几条序列可能由于碱基较多而得到的距离分值比短的大，尽管相似性不是最高的，但是也聚在了一起。举个简单的例子：
下面序列：
>1
AAAAAAAAAAAAAAAAA
>2
AAAAAC
>3
ACCCACCCCACCCAAC
一看就可以知道1和2近一些，但是由于1和3长度差不多，可能建树算分的时候，1和3得到的比分比1和2的大，那软件就会认为1和3近了……
可能还有一些更深层的原因，个有能力有限，仅知道这一点，书和文献的话，找系统发育中英文关键词都可以找到一些吧……
把相关区域剪开，再粘起来，就是拼序列吧，如果序列不是很多的话，你可以用复制粘贴搞定
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9楼2011-04-26 16:03:36
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newtime007

木虫 (正式写手)
★
秋电工(金币+1):谢谢参与
不是太懂，帮你顶顶吧！
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3楼2011-04-25 15:22:05
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
秋电工(金币+1):谢谢参与
你是怎么知道同源性为98%和99%的？
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4楼2011-04-25 16:44:13
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秋电工

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2011-04-25 16:44:13:
你是怎么知道同源性为98%和99%的？

禀xp198766，同源性是在NCBI中两两比对得出的
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5楼2011-04-26 10:11:08
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