24小时热门版块排行榜    

查看: 2578  |  回复: 9

dxli1988

金虫 (小有名气)

[求助] 序列比对软件的选择和进化树制作

因为发文章的需要,我要对不同菌种中的三个同工酶基因序列和蛋白序列进行比对,分析其同源性和进化关系,目前我比对的有DNAMAN和DNAStar的MEGAlign两种软件,二者的分析结果不同,而且DNAMAN上给我的感觉是自动空位的,分析结果序列的相似性就较高,而MEGAlign上的分析则空位相对很少,因而相似性较低,所以,请教各位,我该如何均衡这一结果?或者说其他软件来分析呢,请各位指教~
回复此楼
逆水行舟,不进则退。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, 有帮助 2013-01-08 15:50:22
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与 2013-01-09 06:20:50
不同软件对default设定对gap的penalty不同,所以比出来不是很一样。如果有PDB有同源序列的结构,最好做结构-based alignment。
2楼2013-01-08 15:12:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxli1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-08 15:12:47
不同软件对default设定对gap的penalty不同,所以比出来不是很一样。如果有PDB有同源序列的结构,最好做结构-based alignment。

那是什么软件呢?
逆水行舟,不进则退。
3楼2013-01-08 15:17:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alarace

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, 有帮助 2013-01-08 15:50:13
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。
4楼2013-01-08 15:45:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxli1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by alarace at 2013-01-08 15:45:35
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。

谢谢,我试试
逆水行舟,不进则退。
5楼2013-01-08 15:49:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxli1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by alarace at 2013-01-08 15:45:35
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。

我试了一下,不能输出那两个文件,请问是为什么呢
逆水行舟,不进则退。
6楼2013-01-08 16:06:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alarace

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dxli1988: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-08 19:39:16
引用回帖:
6楼: Originally posted by dxli1988 at 2013-01-08 16:06:53
我试了一下,不能输出那两个文件,请问是为什么呢...

嗯,有个秘密哈,依次点击Alignment→Output format options→Output order中选择Input,然后将所要保存的文件保存到硬盘的根目录下。
7楼2013-01-08 17:03:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxli1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by alarace at 2013-01-08 17:03:52
嗯,有个秘密哈,依次点击Alignment→Output format options→Output order中选择Input,然后将所要保存的文件保存到硬盘的根目录下。...

怎么还是秘密呢?嘿嘿···
逆水行舟,不进则退。
8楼2013-01-08 19:39:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+5, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-01-10 20:30:07
参数选择(gap and extension) 应该根据你已知的条件来设置。
比如菌种之间进化很慢,那你应该预计到变化很少,那就要增大gap的分值,而避免gap的产生。

另外如果序列不多的话,还是手动比对比较好,可以去做点motif预测,Motif是很保守的区域,你先确保motif之间没有或者很少gap,然后在比对剩下的。
9楼2013-01-09 06:10:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by dxli1988 at 2013-01-08 15:17:39
那是什么软件呢?...

嗯,我用的是clustalw。
10楼2013-01-09 08:14:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dxli1988 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +9 且听虎啸 2026-08-07 12/600 2026-08-07 21:53 by 理想三旬2025
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[论文投稿] 十年后又回来了,论文投稿求助 +4 哈哈114477 2026-08-01 4/200 2026-08-07 14:39 by jgy194592
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 什么时候能放榜呀? +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
请填处理意见