24小时热门版块排行榜    

查看: 2257  |  回复: 9

dxli1988

金虫 (小有名气)

[求助] 序列比对软件的选择和进化树制作

因为发文章的需要,我要对不同菌种中的三个同工酶基因序列和蛋白序列进行比对,分析其同源性和进化关系,目前我比对的有DNAMAN和DNAStar的MEGAlign两种软件,二者的分析结果不同,而且DNAMAN上给我的感觉是自动空位的,分析结果序列的相似性就较高,而MEGAlign上的分析则空位相对很少,因而相似性较低,所以,请教各位,我该如何均衡这一结果?或者说其他软件来分析呢,请各位指教~
回复此楼
逆水行舟,不进则退。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, 有帮助 2013-01-08 15:50:22
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与 2013-01-09 06:20:50
不同软件对default设定对gap的penalty不同,所以比出来不是很一样。如果有PDB有同源序列的结构,最好做结构-based alignment。
2楼2013-01-08 15:12:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxli1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-08 15:12:47
不同软件对default设定对gap的penalty不同,所以比出来不是很一样。如果有PDB有同源序列的结构,最好做结构-based alignment。

那是什么软件呢?
逆水行舟,不进则退。
3楼2013-01-08 15:17:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alarace

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, 有帮助 2013-01-08 15:50:13
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。
4楼2013-01-08 15:45:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxli1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by alarace at 2013-01-08 15:45:35
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。

谢谢,我试试
逆水行舟,不进则退。
5楼2013-01-08 15:49:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxli1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by alarace at 2013-01-08 15:45:35
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。

我试了一下,不能输出那两个文件,请问是为什么呢
逆水行舟,不进则退。
6楼2013-01-08 16:06:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alarace

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dxli1988: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-08 19:39:16
引用回帖:
6楼: Originally posted by dxli1988 at 2013-01-08 16:06:53
我试了一下,不能输出那两个文件,请问是为什么呢...

嗯,有个秘密哈,依次点击Alignment→Output format options→Output order中选择Input,然后将所要保存的文件保存到硬盘的根目录下。
7楼2013-01-08 17:03:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxli1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by alarace at 2013-01-08 17:03:52
嗯,有个秘密哈,依次点击Alignment→Output format options→Output order中选择Input,然后将所要保存的文件保存到硬盘的根目录下。...

怎么还是秘密呢?嘿嘿···
逆水行舟,不进则退。
8楼2013-01-08 19:39:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+5, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-01-10 20:30:07
参数选择(gap and extension) 应该根据你已知的条件来设置。
比如菌种之间进化很慢,那你应该预计到变化很少,那就要增大gap的分值,而避免gap的产生。

另外如果序列不多的话,还是手动比对比较好,可以去做点motif预测,Motif是很保守的区域,你先确保motif之间没有或者很少gap,然后在比对剩下的。
9楼2013-01-09 06:10:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by dxli1988 at 2013-01-08 15:17:39
那是什么软件呢?...

嗯,我用的是clustalw。
10楼2013-01-09 08:14:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dxli1988 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 309求调剂 +5 花与叶@ 2026-03-10 5/250 2026-03-16 14:13 by 哦哦123
[考研] 070300化学学硕求调剂 +5 太想进步了0608 2026-03-16 5/250 2026-03-16 14:11 by xwxstudy
[考研] 304求调剂 +6 小熊joy 2026-03-14 6/300 2026-03-16 12:59 by Iveryant
[考研] 304求调剂 +4 素年祭语 2026-03-15 4/200 2026-03-16 09:42 by 闲人终南山
[考研] 290求调剂 +5 孔志浩 2026-03-12 10/500 2026-03-16 09:01 by 余晖&
[文学芳草园] 伙伴们,祝我生日快乐吧 +15 myrtle 2026-03-10 24/1200 2026-03-15 21:16 by 苏州_逗号
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-15 5/250 2026-03-15 20:38 by Logic2024
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家,不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 一志愿安徽大学材料工程专硕313分,求调剂的学校 +8 Yu先生 2026-03-10 10/500 2026-03-14 01:04 by JourneyLucky
[考研] 材料工程专硕,一志愿中国矿业大学,总分314,求调剂 +5 无懈可击的巨人 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:37 by JourneyLucky
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:06 by 星空星月
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[考研] (081700)化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 26考研求调剂 +5 丶宏Sir 2026-03-13 5/250 2026-03-13 13:05 by JourneyLucky
[考研] 268求调剂 +4 好运连绵不绝 2026-03-12 4/200 2026-03-13 10:45 by hyswxzs
[考研] 一志愿江南大学085701环境工程专硕总分287求调剂 +5 18266118446 2026-03-09 5/250 2026-03-11 16:51 by 2020015
[考研] 0857环境调剂 +5 熠熠_11 2026-03-10 5/250 2026-03-11 10:59 by wang_dand
信息提示
请填处理意见