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dxli1988

金虫 (小有名气)

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[求助] 序列比对软件的选择和进化树制作

因为发文章的需要，我要对不同菌种中的三个同工酶基因序列和蛋白序列进行比对，分析其同源性和进化关系，目前我比对的有DNAMAN和DNAStar的MEGAlign两种软件，二者的分析结果不同，而且DNAMAN上给我的感觉是自动空位的，分析结果序列的相似性就较高，而MEGAlign上的分析则空位相对很少，因而相似性较低，所以，请教各位，我该如何均衡这一结果？或者说其他软件来分析呢，请各位指教~

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逆水行舟，不进则退。

1楼 2013-01-08 15:03:23

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+5, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-01-10 20:30:07

参数选择（gap and extension) 应该根据你已知的条件来设置。
比如菌种之间进化很慢，那你应该预计到变化很少，那就要增大gap的分值，而避免gap的产生。

另外如果序列不多的话，还是手动比对比较好，可以去做点motif预测，Motif是很保守的区域，你先确保motif之间没有或者很少gap，然后在比对剩下的。