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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 序列比对软件的选择和进化树制作
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dxli1988

金虫 (小有名气)

[求助] 序列比对软件的选择和进化树制作

因为发文章的需要，我要对不同菌种中的三个同工酶基因序列和蛋白序列进行比对，分析其同源性和进化关系，目前我比对的有DNAMAN和DNAStar的MEGAlign两种软件，二者的分析结果不同，而且DNAMAN上给我的感觉是自动空位的，分析结果序列的相似性就较高，而MEGAlign上的分析则空位相对很少，因而相似性较低，所以，请教各位，我该如何均衡这一结果？或者说其他软件来分析呢，请各位指教~
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逆水行舟，不进则退。
1楼 2013-01-08 15:03:23
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dxli1988

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-08 15:12:47
不同软件对default设定对gap的penalty不同，所以比出来不是很一样。如果有PDB有同源序列的结构，最好做结构-based alignment。

那是什么软件呢？
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逆水行舟，不进则退。
3楼2013-01-08 15:17:39
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, ★有帮助 2013-01-08 15:50:22
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与 2013-01-09 06:20:50
不同软件对default设定对gap的penalty不同，所以比出来不是很一样。如果有PDB有同源序列的结构，最好做结构-based alignment。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2013-01-08 15:12:47
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alarace

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, ★有帮助 2013-01-08 15:50:13
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-01-08 15:45:35
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dxli1988

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by alarace at 2013-01-08 15:45:35
ClustalW或者ClustalX可以完成楼上的目的-结构-based alignment。

谢谢，我试试
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逆水行舟，不进则退。
5楼2013-01-08 15:49:58
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