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你们做蛋白质同源进化树一般怎么选序列啊？
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初次做进化树遇到不少疑问 1.一条蛋白序列用blastp找到400多条序列，要选多少个比较合适呢，而且选择的原则是什么啊？ 2.有些序列一样但是又被标记成几条序列是怎么回事？ 3.怎么看是不是全长序列，假想蛋白要不要选？ |
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tu475575025
新虫 (小有名气)
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2楼2012-10-07 15:03:00
3楼2012-10-08 13:50:58
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
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- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
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1. about 30-50 sequences, actually it mainly depends on taxonomy. 2. It could be several reasons, e.g. different splicing pattern 3. I always use curated proteins (from swissprot), not predicted (from trembl). full length is not always important and can be found in the description field |
4楼2012-10-23 17:27:00