| 查看: 3534 | 回复: 3 | ||
[求助]
你们做蛋白质同源进化树一般怎么选序列啊？
|
|
初次做进化树遇到不少疑问 1.一条蛋白序列用blastp找到400多条序列，要选多少个比较合适呢，而且选择的原则是什么啊？ 2.有些序列一样但是又被标记成几条序列是怎么回事？ 3.怎么看是不是全长序列，假想蛋白要不要选？ |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有271人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 构建进化树过程中，我如何把我的菌的序列 和我 选择同源的序列 编辑在一起进行比对？
已经有5人回复
- 蛋白进化树构建的序列选择原则
已经有6人回复
- Heeelp: Mega4建进化树，用的是核酸推导出的氨基酸序列,有两选项不知道如何选
已经有4人回复
tu475575025
新虫 (小有名气)
- MolEPI: 1
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 416.1
- 红花: 2
- 帖子: 70
- 在线: 41小时
- 虫号: 2003636
- 注册: 2012-09-15
- 专业: 生物信息学
2楼2012-10-07 15:03:00
3楼2012-10-08 13:50:58
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- MolEPI: 4
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
|
1. about 30-50 sequences, actually it mainly depends on taxonomy. 2. It could be several reasons, e.g. different splicing pattern 3. I always use curated proteins (from swissprot), not predicted (from trembl). full length is not always important and can be found in the description field |
4楼2012-10-23 17:27:00
