| 查看: 3775 | 回复: 3 | ||
[求助]
你们做蛋白质同源进化树一般怎么选序列啊？
|
|
初次做进化树遇到不少疑问 1.一条蛋白序列用blastp找到400多条序列，要选多少个比较合适呢，而且选择的原则是什么啊？ 2.有些序列一样但是又被标记成几条序列是怎么回事？ 3.怎么看是不是全长序列，假想蛋白要不要选？ |
回复此楼» 猜你喜欢
His标签蛋白纯化怎么才能快？
已经有0人回复
-
WRN变构抑制剂HRO761：从D1/D2界面锁定到MSI合成致死的工具化合物深度解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有181人回复
-
KRAS G12V(ON) 选择性抑制剂 RMC-5127：从三元复合物机制到科研应用
已经有0人回复
-
SHP2 变构抑制剂 Sitneprotafib：从作用机制到科研试剂选型要点
已经有0人回复
-
PRMT5·MTA 抑制剂 MRTX1719 的科研应用
已经有0人回复
-
SW033291 科研使用解析：分子特征、储存与实验获取要点
已经有0人回复
-
泛 RAS 抑制新思路：大环肽拟似物如何同时牵住突变型与野生型 RAS？
已经有0人回复
-
TYK2/JAK1 双靶点工具化合物 Brepocitinib：激酶选择性、研究进展与实验应用全解析
已经有0人回复
-
矢车菊素-3-O-葡萄糖苷质控实录：从一张HPLC图谱读懂纯度与稳定性
已经有0人回复
-
恩诺沙星（Enrofloxacin）科研解析：分子特征、LC-MS/MS 检测与实验室使用要点
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 构建进化树过程中，我如何把我的菌的序列 和我 选择同源的序列 编辑在一起进行比对？
已经有5人回复
- 蛋白进化树构建的序列选择原则
已经有6人回复
- Heeelp: Mega4建进化树，用的是核酸推导出的氨基酸序列,有两选项不知道如何选
已经有4人回复
tu475575025
新虫 (小有名气)
- MolEPI: 1
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 416.1
- 红花: 2
- 帖子: 70
- 在线: 41小时
- 虫号: 2003636
- 注册: 2012-09-15
- 专业: 生物信息学
2楼2012-10-07 15:03:00
3楼2012-10-08 13:50:58
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- MolEPI: 4
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24660.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
|
1. about 30-50 sequences, actually it mainly depends on taxonomy. 2. It could be several reasons, e.g. different splicing pattern 3. I always use curated proteins (from swissprot), not predicted (from trembl). full length is not always important and can be found in the description field |
4楼2012-10-23 17:27:00
