| 查看: 2848 | 回复: 8 | |||
aloon111金虫 (正式写手)
|
[交流]
【分享】进化树制作（图文版） 已有7人参与
|
|
前面大部分从虫友中粘贴过来的，就是最后一点作更详细的说明。按步骤慢慢来，一定能做出来的。 .......... 1. 打开ClustalX软件（对序列进行比对），点击“文件”→“载入序列”；点击“比对” →“输出格式选项” →“phylip格式”前打勾；点击“比对” →“完全比对”；比对完成后，关闭程序，并将生成的带.phy后缀的文件拷贝至phylip软件包的“exe”文件夹下。 2. 打开seqboot软件，按照路径输入所拷贝的“.phy”文件，回车 3. 输入“r”，回车→输入1000，回车→输入“y”，回车→输入“5”，回车→出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序，完成seqboot（上图中的J选项代表评估方法，默认为bootstrap法进行评估，可更改选项；R选项默认多少次，输入1000表示共进行1000次的republicate）。自动生成文件“outfile”，可用记事本打开。 4. 将刚刚生成的outfile文件更名为infile1，打开dnadist软件（采用邻位相连算法构建进化树，如采用其他算法，则用其他软件），按照路径输入文件名infile1，回车 5. 输入t，回车→输入20，回车→输入m，回车→输入d，回车→输入1000，回车→输入y，回车→等待……等待……等待……时间长度视序列多寡长短及重复数多寡而不等，直到出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序（D选项为距离模式，默认为F84；T选项为点突变的“转换/颠换比率”，通常在15～30之间；M选项采用和原来一样的重复数；输入d，采用data sets）。自动生成文件outfile。 6. 将outfile重命名为infile2，打开neighnor软件（采用邻位算法），按照路径输入infile2，回车 7. 输入选项m，回车→输入1000，回车→输入奇数5，回车→输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个文件outfile和outtree。Outfile是分析结果的输出报告，可用记事本打开，outtree可用treeview打开。 8. 将outfile更名为outfile1，outtree文件更名为intree1，打开consense软件，按照路径输入intree1，回车 9. 输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个新文件outfile和outtree。Outtree就是最终结果 本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2530639&fpage=3 .................. 这里outtree没有后缀，要加上后缀才能用打开。后缀加“.ph”可用MEGA打开，后缀加“.phy”可用TREEVIEW打开。后这2种效果不一样，MEGA打开的比较好看些（图上还有数字）。如下面图1...图2为TREEVIEW打开的图.   |
回复此楼» 猜你喜欢
0703化学调剂，求各位老师收留
已经有8人回复
-
070303一志愿西北大学学硕310找调剂
已经有8人回复
-
085600材料与化工 求调剂
已经有14人回复
-
本人考085602 化学工程 专硕
已经有13人回复
-
材料与化工求调剂
已经有3人回复
-
283求调剂
已经有13人回复
-
312求调剂
已经有4人回复
-
285求调剂
已经有6人回复
-
材料与化工专硕调剂
已经有3人回复
-
0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问这种图是用什么软件画的？以及大家绘图一般都用什么软件呢？
已经有12人回复
- 这样的进化树用什么软件制作?
已经有6人回复
| 支持 |
2楼2010-10-28 21:21:33
 |
3楼2010-10-28 22:57:04
小小菜青虫
木虫 (小有名气)
- 应助: 31 (小学生)
- 金币: 4648.7
- 散金: 9
- 红花: 1
- 帖子: 285
- 在线: 314.9小时
- 虫号: 1152885
- 注册: 2010-11-22
- 专业: 植物遗传学
4楼2011-03-18 11:13:54
雪剑57689
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 451.7
- 散金: 10
- 帖子: 68
- 在线: 20.4小时
- 虫号: 1084753
- 注册: 2010-08-30
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
5楼2011-04-04 11:22:09
6楼2013-04-09 15:09:58
7楼2013-04-10 09:47:16
aloon111
金虫 (正式写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 1076.3
- 散金: 81
- 红花: 22
- 帖子: 403
- 在线: 77.3小时
- 虫号: 1125061
- 注册: 2010-10-17
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
8楼2013-04-10 16:19:14
9楼2015-03-05 21:34:21
