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aloon111

金虫 (正式写手)

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[交流] 【分享】进化树制作（图文版）已有7人参与

前面大部分从虫友中粘贴过来的，就是最后一点作更详细的说明。按步骤慢慢来，一定能做出来的。
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1. 打开ClustalX软件（对序列进行比对），点击“文件”→“载入序列”；点击“比对” →“输出格式选项” →“phylip格式”前打勾；点击“比对” →“完全比对”；比对完成后，关闭程序，并将生成的带.phy后缀的文件拷贝至phylip软件包的“exe”文件夹下。
2. 打开seqboot软件，按照路径输入所拷贝的“.phy”文件，回车

3. 输入“r”，回车→输入1000，回车→输入“y”，回车→输入“5”，回车→出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序，完成seqboot（上图中的J选项代表评估方法，默认为bootstrap法进行评估，可更改选项；R选项默认多少次，输入1000表示共进行1000次的republicate）。自动生成文件“outfile”，可用记事本打开。

4. 将刚刚生成的outfile文件更名为infile1，打开dnadist软件（采用邻位相连算法构建进化树，如采用其他算法，则用其他软件），按照路径输入文件名infile1，回车

5. 输入t，回车→输入20，回车→输入m，回车→输入d，回车→输入1000，回车→输入y，回车→等待……等待……等待……时间长度视序列多寡长短及重复数多寡而不等，直到出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序（D选项为距离模式，默认为F84；T选项为点突变的“转换/颠换比率”，通常在15～30之间；M选项采用和原来一样的重复数；输入d，采用data sets）。自动生成文件outfile。

6. 将outfile重命名为infile2，打开neighnor软件（采用邻位算法），按照路径输入infile2，回车

7. 输入选项m，回车→输入1000，回车→输入奇数5，回车→输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个文件outfile和outtree。Outfile是分析结果的输出报告，可用记事本打开，outtree可用treeview打开。

8. 将outfile更名为outfile1，outtree文件更名为intree1，打开consense软件，按照路径输入intree1，回车

9. 输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个新文件outfile和outtree。Outtree就是最终结果
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2530639&fpage=3
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这里outtree没有后缀，要加上后缀才能用打开。后缀加“.ph”可用MEGA打开，后缀加“.phy”可用TREEVIEW打开。后这2种效果不一样，MEGA打开的比较好看些（图上还有数字）。如下面图1...图2为TREEVIEW打开的图.