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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 进化树及序列上传相关问题
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 进化树及序列上传相关问题

向各位咨询两个问题：
1.画进化树时，我下载的序列如果跟我的序列不一样长，是不是需要额外的处理，将它们剪成相同的长度？如果是，一般用的什么软件呢？
2.序列上传到数据库时，是所有的序列都要上传，还是需要去掉这些序列中相同的序列？比如，我一共拿到40条序列，但是这中间有十几条是很相近的，基本可以认为是一样的，那么是不是在这十几条中，我只需要上传一条就行了？如果相同的序列就可以不用上传，那么，认为两条序列相同的标准是什么？它们之间的比对超过几个碱基不一样就认为是不同的了呢？
期待各位的回复！！！万分感谢！！！
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1楼 2012-09-18 21:29:10
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redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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mahoumeimei: 金币+5, ★有帮助 2012-09-19 08:40:51
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-09-19 14:57:30
1. 不需要裁剪，软件自动分析匹配度，比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列，自己能确定来源是否相同吗？来源相同的传一个就行了吧，来源不同的话就都传上去。如果不明白，直接发信询问基因库的人，他们在这方面的经验丰富，这种情况应该也遇到过，Genebank上就有同一单位上传的相似的序列。
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2楼2012-09-19 01:35:04
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 01:35:04
1. 不需要裁剪，软件自动分析匹配度，比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列，自己能确定来源是否相同吗？来源相同的传一个就行了吧，来源不同的话就都传上去。如果不明白，直接发信询问基因库的人，他们在这方面的经 ...

1.我一般是用clustal X进行alignment，然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗？
2.我的序列都是同一个来源，主要是分析某个小环境下样品的菌群状态，做了几十个克隆，有很多都是差不多的。
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3楼2012-09-19 08:43:24
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redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-20 15:25:40
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3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-19 08:43:24
1.我一般是用clustal X进行alignment，然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗？
2.我的序列都是同一个来源，主要是分析某个小环境下样品的菌群状态，做了几十个克隆，有很多都是差不多的。...

1. 其实我也就做了那一次实验。我觉得长度也是序列差异性的一种，要是把序列裁剪了，岂不是认为地减少了差异性？如果几千KB的序列和几百KB的序列比对的话，可能会需要裁剪，这个我就不太清楚了，，
2. 你的文章需要引用多少序列你就上传多少个序列。一开始为何测序那么多个呢？需要多少序列说明你的研究问题呢？这个搞清楚了再有目的性地提交序列
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4楼2012-09-19 15:41:49
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 15:41:49
1. 其实我也就做了那一次实验。我觉得长度也是序列差异性的一种，要是把序列裁剪了，岂不是认为地减少了差异性？如果几千KB的序列和几百KB的序列比对的话，可能会需要裁剪，这个我就不太清楚了，，
2. 你的文章需 ...

谢谢回复！
1.长度确实是序列差异性的一种，但是不应该影响进化分析，所以如果因为长度问题而产生所谓的“长度吸引"（之前看到的一个名词），那就不太好了。
2.我是想测序足够多的量，然后看都是些什么菌，种类及比例是怎样的。好像貌似是可以事先做下酶切什么的，就避免测这么多了是吧？不过已经这样了。在文章里，我是想这么讲，我们一共做了40个克隆，其中20个和某某菌非常相近，剩下的20个又分别和某某菌相近。这样的话还是需要上传40条吗？
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5楼2012-09-19 16:07:19
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redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)
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5楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-19 16:07:19
谢谢回复！
1.长度确实是序列差异性的一种，但是不应该影响进化分析，所以如果因为长度问题而产生所谓的“长度吸引"（之前看到的一个名词），那就不太好了。
2.我是想测序足够多的量，然后看都是些什么菌， ...

我觉得可以全部上传，传一个和传十个费的功夫差不多
看基因库的人怎么说
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6楼2012-09-19 19:01:59
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 19:01:59
我觉得可以全部上传，传一个和传十个费的功夫差不多
看基因库的人怎么说...

好的，谢谢了！
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7楼2012-09-19 22:01:02
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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mahoumeimei: 金币+2 2012-09-20 19:46:13
1、序列长度不一样不需要剪切
2、序列相似的也不用去掉
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生物化学与分子生物学
8楼2012-09-20 08:20:21
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genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-09-20 15:25:56
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-20 19:46:24
首先，上传序列到NCBI数据库是全部序列都上传。
其次，构建系统树，由于序列长短不一，软件进行比对后两端会出现很长的不一致末端，这都可以通过软件进行删减。不用提前进行特殊处理。
mega软件是构建系统树的常用软件，用这个软件建树很方便。论坛里有这个软件和软件的使用说明，你可以参考。
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9楼2012-09-20 09:36:56
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by genolab at 2012-09-20 09:36:56
首先，上传序列到NCBI数据库是全部序列都上传。
其次，构建系统树，由于序列长短不一，软件进行比对后两端会出现很长的不一致末端，这都可以通过软件进行删减。不用提前进行特殊处理。
mega软件是构建系统树的常用 ...

不懂怎么进行删减
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10楼2012-09-20 19:46:50
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