2楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 01:35:04
1. 不需要裁剪，软件自动分析匹配度，比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列，自己能确定来源是否相同吗？来源相同的传一个就行了吧，来源不同的话就都传上去。如果不明白，直接发信询问基因库的人，他们在这方面的经 ...

3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-19 08:43:24
1.我一般是用clustal X进行alignment，然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗？
2.我的序列都是同一个来源，主要是分析某个小环境下样品的菌群状态，做了几十个克隆，有很多都是差不多的。...

4楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 15:41:49
1. 其实我也就做了那一次实验。我觉得长度也是序列差异性的一种，要是把序列裁剪了，岂不是认为地减少了差异性？如果几千KB的序列和几百KB的序列比对的话，可能会需要裁剪，这个我就不太清楚了，，
2. 你的文章需 ...

5楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-19 16:07:19
谢谢回复！
1.长度确实是序列差异性的一种，但是不应该影响进化分析，所以如果因为长度问题而产生所谓的“长度吸引"（之前看到的一个名词），那就不太好了。
2.我是想测序足够多的量，然后看都是些什么菌， ...

6楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 19:01:59
我觉得可以全部上传，传一个和传十个费的功夫差不多
看基因库的人怎么说...

9楼: Originally posted by genolab at 2012-09-20 09:36:56
首先，上传序列到NCBI数据库是全部序列都上传。
其次，构建系统树，由于序列长短不一，软件进行比对后两端会出现很长的不一致末端，这都可以通过软件进行删减。不用提前进行特殊处理。
mega软件是构建系统树的常用 ...