应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 进化树及序列上传相关问题
51/1返回列表
查看: 2752  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 进化树及序列上传相关问题

向各位咨询两个问题：
1.画进化树时，我下载的序列如果跟我的序列不一样长，是不是需要额外的处理，将它们剪成相同的长度？如果是，一般用的什么软件呢？
2.序列上传到数据库时，是所有的序列都要上传，还是需要去掉这些序列中相同的序列？比如，我一共拿到40条序列，但是这中间有十几条是很相近的，基本可以认为是一样的，那么是不是在这十几条中，我只需要上传一条就行了？如果相同的序列就可以不用上传，那么，认为两条序列相同的标准是什么？它们之间的比对超过几个碱基不一样就认为是不同的了呢？
期待各位的回复！！！万分感谢！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-09-18 21:29:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-09-20 15:25:56
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-20 19:46:24
首先，上传序列到NCBI数据库是全部序列都上传。
其次，构建系统树，由于序列长短不一，软件进行比对后两端会出现很长的不一致末端，这都可以通过软件进行删减。不用提前进行特殊处理。
mega软件是构建系统树的常用软件，用这个软件建树很方便。论坛里有这个软件和软件的使用说明，你可以参考。
赞一下 回复此楼
9楼2012-09-20 09:36:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+5, ★有帮助 2012-09-19 08:40:51
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-09-19 14:57:30
1. 不需要裁剪，软件自动分析匹配度，比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列，自己能确定来源是否相同吗？来源相同的传一个就行了吧，来源不同的话就都传上去。如果不明白，直接发信询问基因库的人，他们在这方面的经验丰富，这种情况应该也遇到过，Genebank上就有同一单位上传的相似的序列。
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-19 01:35:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 01:35:04
1. 不需要裁剪，软件自动分析匹配度，比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列，自己能确定来源是否相同吗？来源相同的传一个就行了吧，来源不同的话就都传上去。如果不明白，直接发信询问基因库的人，他们在这方面的经 ...

1.我一般是用clustal X进行alignment，然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗？
2.我的序列都是同一个来源，主要是分析某个小环境下样品的菌群状态，做了几十个克隆，有很多都是差不多的。
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-19 08:43:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-20 15:25:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-19 08:43:24
1.我一般是用clustal X进行alignment，然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗？
2.我的序列都是同一个来源，主要是分析某个小环境下样品的菌群状态，做了几十个克隆，有很多都是差不多的。...

1. 其实我也就做了那一次实验。我觉得长度也是序列差异性的一种，要是把序列裁剪了，岂不是认为地减少了差异性？如果几千KB的序列和几百KB的序列比对的话，可能会需要裁剪，这个我就不太清楚了，，
2. 你的文章需要引用多少序列你就上传多少个序列。一开始为何测序那么多个呢？需要多少序列说明你的研究问题呢？这个搞清楚了再有目的性地提交序列
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-19 15:41:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +8 wangyl_123 2026-10-10 12/600 2026-10-13 20:40 by Merryya
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +9 Isak0320 2026-10-12 13/650 2026-10-13 11:57 by Isak0320
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +4 好运来～9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭