应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 进化树及序列上传相关问题
101/1返回列表
查看: 2636  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 进化树及序列上传相关问题

向各位咨询两个问题：
1.画进化树时，我下载的序列如果跟我的序列不一样长，是不是需要额外的处理，将它们剪成相同的长度？如果是，一般用的什么软件呢？
2.序列上传到数据库时，是所有的序列都要上传，还是需要去掉这些序列中相同的序列？比如，我一共拿到40条序列，但是这中间有十几条是很相近的，基本可以认为是一样的，那么是不是在这十几条中，我只需要上传一条就行了？如果相同的序列就可以不用上传，那么，认为两条序列相同的标准是什么？它们之间的比对超过几个碱基不一样就认为是不同的了呢？
期待各位的回复！！！万分感谢！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-09-18 21:29:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+5, ★有帮助 2012-09-19 08:40:51
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-09-19 14:57:30
1. 不需要裁剪，软件自动分析匹配度，比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列，自己能确定来源是否相同吗？来源相同的传一个就行了吧，来源不同的话就都传上去。如果不明白，直接发信询问基因库的人，他们在这方面的经验丰富，这种情况应该也遇到过，Genebank上就有同一单位上传的相似的序列。
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-19 01:35:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 01:35:04
1. 不需要裁剪，软件自动分析匹配度，比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列，自己能确定来源是否相同吗？来源相同的传一个就行了吧，来源不同的话就都传上去。如果不明白，直接发信询问基因库的人，他们在这方面的经 ...

1.我一般是用clustal X进行alignment，然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗？
2.我的序列都是同一个来源，主要是分析某个小环境下样品的菌群状态，做了几十个克隆，有很多都是差不多的。
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-19 08:43:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-20 15:25:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-19 08:43:24
1.我一般是用clustal X进行alignment，然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗？
2.我的序列都是同一个来源，主要是分析某个小环境下样品的菌群状态，做了几十个克隆，有很多都是差不多的。...

1. 其实我也就做了那一次实验。我觉得长度也是序列差异性的一种，要是把序列裁剪了，岂不是认为地减少了差异性？如果几千KB的序列和几百KB的序列比对的话，可能会需要裁剪，这个我就不太清楚了，，
2. 你的文章需要引用多少序列你就上传多少个序列。一开始为何测序那么多个呢？需要多少序列说明你的研究问题呢？这个搞清楚了再有目的性地提交序列
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-19 15:41:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 15:41:49
1. 其实我也就做了那一次实验。我觉得长度也是序列差异性的一种，要是把序列裁剪了，岂不是认为地减少了差异性？如果几千KB的序列和几百KB的序列比对的话，可能会需要裁剪，这个我就不太清楚了，，
2. 你的文章需 ...

谢谢回复！
1.长度确实是序列差异性的一种，但是不应该影响进化分析，所以如果因为长度问题而产生所谓的“长度吸引"（之前看到的一个名词），那就不太好了。
2.我是想测序足够多的量，然后看都是些什么菌，种类及比例是怎样的。好像貌似是可以事先做下酶切什么的，就避免测这么多了是吧？不过已经这样了。在文章里，我是想这么讲，我们一共做了40个克隆，其中20个和某某菌非常相近，剩下的20个又分别和某某菌相近。这样的话还是需要上传40条吗？
赞一下 回复此楼
5楼2012-09-19 16:07:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-19 16:07:19
谢谢回复！
1.长度确实是序列差异性的一种，但是不应该影响进化分析，所以如果因为长度问题而产生所谓的“长度吸引"（之前看到的一个名词），那就不太好了。
2.我是想测序足够多的量，然后看都是些什么菌， ...

我觉得可以全部上传，传一个和传十个费的功夫差不多
看基因库的人怎么说
赞一下 回复此楼
6楼2012-09-19 19:01:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 19:01:59
我觉得可以全部上传，传一个和传十个费的功夫差不多
看基因库的人怎么说...

好的，谢谢了！
回复此楼
7楼2012-09-19 22:01:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+2 2012-09-20 19:46:13
1、序列长度不一样不需要剪切
2、序列相似的也不用去掉
赞一下 回复此楼
生物化学与分子生物学
8楼2012-09-20 08:20:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-09-20 15:25:56
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-20 19:46:24
首先，上传序列到NCBI数据库是全部序列都上传。
其次，构建系统树，由于序列长短不一，软件进行比对后两端会出现很长的不一致末端，这都可以通过软件进行删减。不用提前进行特殊处理。
mega软件是构建系统树的常用软件，用这个软件建树很方便。论坛里有这个软件和软件的使用说明，你可以参考。
赞一下 回复此楼
9楼2012-09-20 09:36:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by genolab at 2012-09-20 09:36:56
首先，上传序列到NCBI数据库是全部序列都上传。
其次，构建系统树，由于序列长短不一，软件进行比对后两端会出现很长的不一致末端，这都可以通过软件进行删减。不用提前进行特殊处理。
mega软件是构建系统树的常用 ...

不懂怎么进行删减
赞一下 回复此楼
10楼2012-09-20 19:46:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mahoumeimei 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +5 bjdxyxy 2026-08-26 5/250 2026-09-01 17:54 by 小伟大博士
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 7/350 2026-09-01 15:18 by myrtle
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭