24小时热门版块排行榜    

查看: 2641  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 进化树及序列上传相关问题

向各位咨询两个问题:
1.画进化树时,我下载的序列如果跟我的序列不一样长,是不是需要额外的处理,将它们剪成相同的长度?如果是,一般用的什么软件呢?
2.序列上传到数据库时,是所有的序列都要上传,还是需要去掉这些序列中相同的序列?比如,我一共拿到40条序列,但是这中间有十几条是很相近的,基本可以认为是一样的,那么是不是在这十几条中,我只需要上传一条就行了?如果相同的序列就可以不用上传,那么,认为两条序列相同的标准是什么?它们之间的比对超过几个碱基不一样就认为是不同的了呢?
期待各位的回复!!!万分感谢!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 15:41:49
1. 其实我也就做了那一次实验。我觉得长度也是序列差异性的一种,要是把序列裁剪了,岂不是认为地减少了差异性?如果几千KB的序列和几百KB的序列比对的话,可能会需要裁剪,这个我就不太清楚了,,
2. 你的文章需 ...

谢谢回复!
1.长度确实是序列差异性的一种,但是不应该影响进化分析,所以如果因为长度问题而产生所谓的“长度吸引"(之前看到的一个名词),那就不太好了。
2.我是想测序足够多的量,然后看都是些什么菌,种类及比例是怎样的。好像貌似是可以事先做下酶切什么的,就避免测这么多了是吧?不过已经这样了。在文章里,我是想这么讲,我们一共做了40个克隆,其中20个和某某菌非常相近,剩下的20个又分别和某某菌相近。这样的话还是需要上传40条吗?
5楼2012-09-19 16:07:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+5, 有帮助 2012-09-19 08:40:51
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-09-19 14:57:30
1. 不需要裁剪,软件自动分析匹配度,比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列,自己能确定来源是否相同吗?来源相同的传一个就行了吧,来源不同的话就都传上去。如果不明白,直接发信询问基因库的人,他们在这方面的经验丰富,这种情况应该也遇到过,Genebank上就有同一单位上传的相似的序列。
2楼2012-09-19 01:35:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 01:35:04
1. 不需要裁剪,软件自动分析匹配度,比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列,自己能确定来源是否相同吗?来源相同的传一个就行了吧,来源不同的话就都传上去。如果不明白,直接发信询问基因库的人,他们在这方面的经 ...

1.我一般是用clustal X进行alignment,然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗?
2.我的序列都是同一个来源,主要是分析某个小环境下样品的菌群状态,做了几十个克隆,有很多都是差不多的。
3楼2012-09-19 08:43:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-20 15:25:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-19 08:43:24
1.我一般是用clustal X进行alignment,然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗?
2.我的序列都是同一个来源,主要是分析某个小环境下样品的菌群状态,做了几十个克隆,有很多都是差不多的。...

1. 其实我也就做了那一次实验。我觉得长度也是序列差异性的一种,要是把序列裁剪了,岂不是认为地减少了差异性?如果几千KB的序列和几百KB的序列比对的话,可能会需要裁剪,这个我就不太清楚了,,
2. 你的文章需要引用多少序列你就上传多少个序列。一开始为何测序那么多个呢?需要多少序列说明你的研究问题呢?这个搞清楚了再有目的性地提交序列
4楼2012-09-19 15:41:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +5 瞬息宇宙 2026-09-01 11/550 2026-09-02 14:15 by simwe390
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
信息提示
请填处理意见