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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 进化树及序列上传相关问题

向各位咨询两个问题:
1.画进化树时,我下载的序列如果跟我的序列不一样长,是不是需要额外的处理,将它们剪成相同的长度?如果是,一般用的什么软件呢?
2.序列上传到数据库时,是所有的序列都要上传,还是需要去掉这些序列中相同的序列?比如,我一共拿到40条序列,但是这中间有十几条是很相近的,基本可以认为是一样的,那么是不是在这十几条中,我只需要上传一条就行了?如果相同的序列就可以不用上传,那么,认为两条序列相同的标准是什么?它们之间的比对超过几个碱基不一样就认为是不同的了呢?
期待各位的回复!!!万分感谢!!!
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 15:41:49
1. 其实我也就做了那一次实验。我觉得长度也是序列差异性的一种,要是把序列裁剪了,岂不是认为地减少了差异性?如果几千KB的序列和几百KB的序列比对的话,可能会需要裁剪,这个我就不太清楚了,,
2. 你的文章需 ...

谢谢回复!
1.长度确实是序列差异性的一种,但是不应该影响进化分析,所以如果因为长度问题而产生所谓的“长度吸引"(之前看到的一个名词),那就不太好了。
2.我是想测序足够多的量,然后看都是些什么菌,种类及比例是怎样的。好像貌似是可以事先做下酶切什么的,就避免测这么多了是吧?不过已经这样了。在文章里,我是想这么讲,我们一共做了40个克隆,其中20个和某某菌非常相近,剩下的20个又分别和某某菌相近。这样的话还是需要上传40条吗?
5楼2012-09-19 16:07:19
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redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+5, 有帮助 2012-09-19 08:40:51
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-09-19 14:57:30
1. 不需要裁剪,软件自动分析匹配度,比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列,自己能确定来源是否相同吗?来源相同的传一个就行了吧,来源不同的话就都传上去。如果不明白,直接发信询问基因库的人,他们在这方面的经验丰富,这种情况应该也遇到过,Genebank上就有同一单位上传的相似的序列。
2楼2012-09-19 01:35:04
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by redbull2011 at 2012-09-19 01:35:04
1. 不需要裁剪,软件自动分析匹配度,比如MEGA 4或5
2. 对于很相似的序列,自己能确定来源是否相同吗?来源相同的传一个就行了吧,来源不同的话就都传上去。如果不明白,直接发信询问基因库的人,他们在这方面的经 ...

1.我一般是用clustal X进行alignment,然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗?
2.我的序列都是同一个来源,主要是分析某个小环境下样品的菌群状态,做了几十个克隆,有很多都是差不多的。
3楼2012-09-19 08:43:24
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redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-20 15:25:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-19 08:43:24
1.我一般是用clustal X进行alignment,然后再用MEGA 5画树。这样也不用在意长度的问题是吗?
2.我的序列都是同一个来源,主要是分析某个小环境下样品的菌群状态,做了几十个克隆,有很多都是差不多的。...

1. 其实我也就做了那一次实验。我觉得长度也是序列差异性的一种,要是把序列裁剪了,岂不是认为地减少了差异性?如果几千KB的序列和几百KB的序列比对的话,可能会需要裁剪,这个我就不太清楚了,,
2. 你的文章需要引用多少序列你就上传多少个序列。一开始为何测序那么多个呢?需要多少序列说明你的研究问题呢?这个搞清楚了再有目的性地提交序列
4楼2012-09-19 15:41:49
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